PDB-4fb9: Structure of mutant RIP from barley seeds

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fb9

タイトル

Structure of mutant RIP from barley seeds

要素

Protein synthesis inhibitor I

キーワード

HYDROLASE / Ribosome Inactivating Protein / rRNA N-glycosylase activity / ribosome

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response to fungus / toxin activity / killing of cells of another organism / negative regulation of translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Hordeum vulgare (オオムギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Lee, B.-G. / Kim, M.K. / Suh, S.W. / Song, H.K.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structures of the ribosome-inactivating protein from barley seeds reveal a unique activation mechanism.
著者: Lee, B.G. / Kim, M.K. / Kim, B.W. / Suh, S.W. / Song, H.K.

履歴

登録	2012年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月23日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fb9.cif.gz	253.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fb9.ent.gz	203.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fb9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/4fb9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/4fb9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fbaC 4fbbC 4fbcC 4fbhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fbb-4 2vc4-d 4hv7-d 4fbc-4 4fba-2 1uq5-d 2ahs-2 4fbb-1 2e3m-d 4mx5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (9) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Protein synthesis inhibitor I

B: Protein synthesis inhibitor I

C: Protein synthesis inhibitor I

D: Protein synthesis inhibitor I

120 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein synthesis inhibitor I

登録者が定義した集合体
30 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein synthesis inhibitor I

登録者が定義した集合体
30 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Protein synthesis inhibitor I

登録者が定義した集合体
30 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Protein synthesis inhibitor I

登録者が定義した集合体
30 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.284, 141.908, 84.819
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 126.92, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-603- HOH
2	1	A-679- HOH

#1: タンパク質	Protein synthesis inhibitor I / Ribosome-inactivating protein I / rRNA N-glycosidase 分子量: 30037.818 Da / 分子数: 4 / 変異: E196A, K197A, K198A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hordeum vulgare (オオムギ) / 遺伝子: RIP30 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22244, rRNA N-glycosylase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1822 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M MES, 0.2M calcium acetate, 20%(w/v) PEG 8000, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 0.97913 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月27日

放射

モノクロメーター: Numerical link type Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97913 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 123296 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 10.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.75-1.81	3.1	0.488	1	98.6
1.81-1.89	3.1	0.386	1	98.8
1.89-1.97	3.2	0.297	1	99
1.97-2.07	3.3	0.234	1	99.2
2.07-2.2	3.4	0.194	1	99.4
2.2-2.38	3.5	0.16	1	99.7
2.38-2.61	3.7	0.133	1	99.8
2.61-2.99	3.9	0.098	1	99.5
2.99-3.77	3.8	0.065	1	99.3
3.77-50	3.6	0.049	1	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→41.295 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1967	1993	1.62 %
R_work	0.1707	-	-
obs	0.1711	123236	98.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 32.544 Å² / k_sol: 0.327 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.2198 Å²	0 Å²	2.0458 Å²
2-	-	1.7616 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.1339 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→41.295 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8346	0	0	1822	10168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8542
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.072	11630
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.201	3094
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	1334
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1510

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7887	0.3265	130	0.2625	8230	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7887-1.837	0.2687	150	0.2191	8626	X-RAY DIFFRACTION	99
1.837-1.8911	0.2325	144	0.1892	8659	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8911-1.9521	0.2114	129	0.1734	8605	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9521-2.0219	0.221	151	0.1739	8679	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0219-2.1028	0.2001	135	0.1735	8707	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1028-2.1985	0.1996	136	0.1699	8673	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1985-2.3144	0.1856	149	0.1631	8702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3144-2.4594	0.2153	145	0.1725	8739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4594-2.6493	0.2009	149	0.1775	8717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6493-2.9158	0.2094	143	0.1709	8747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9158-3.3376	0.175	141	0.16	8694	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3376-4.2044	0.1735	144	0.1502	8742	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2044-41.3066	0.1658	147	0.1662	8723	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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