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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4faw | ||||||
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タイトル | Structure of Oceanobacillus iheyensis group II intron in the presence of K+, Mg2+ and a hydrolyzed oligonucleotide fragment | ||||||
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![]() | RNA / ribozyme / self-splicing / retrotransposition / spliceosome | ||||||
機能・相同性 | : / SPERMINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Marcia, M. / Pyle, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Visualizing Group II Intron Catalysis through the Stages of Splicing. 著者: Marcia, M. / Pyle, A.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 448.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 360.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4e8kC ![]() 4e8mC ![]() 4e8nC ![]() 4e8pC ![]() 4e8qC ![]() 4e8rC ![]() 4e8tC ![]() 4e8vC ![]() 4faqC ![]() 4farC ![]() 4fauC ![]() 4faxC ![]() 4fb0C ![]() 3igiS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#1: RNA鎖 | 分子量: 127991.789 Da / 分子数: 1 / 断片: domains 1-5 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcription / 由来: (合成) ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 2473.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-非ポリマー , 5種, 78分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-K / #5: 化合物 | ChemComp-SPM / | #6: 化合物 | ChemComp-EPE / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % |
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結晶化 | 温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM magnesium acetate, 200 mM potassium chloride, 50 mM HEPES sodium, pH 7.0, 6% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月8日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→47.77 Å / Num. obs: 50854 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 12.39 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.2 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3IGI 解像度: 2.7→47.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 24.604 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.399 / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 94.105 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 25.196 Å / Origin y: 8.585 Å / Origin z: 25.611 Å
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精密化 TLSグループ |
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