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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4far | ||||||
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タイトル | Structure of Oceanobacillus iheyensis group II intron in the presence of K+, Mg2+ and 5'-exon | ||||||
![]() | (Group IIC intron) x 2 | ||||||
![]() | RNA / ribozyme / self-splicing / retrotransposition / Spliceosome | ||||||
機能・相同性 | : / SPERMINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Marcia, M. / Pyle, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Visualizing Group II Intron Catalysis through the Stages of Splicing. 著者: Marcia, M. / Pyle, A.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 449.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 360.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 445.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 506.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4e8kC ![]() 4e8mC ![]() 4e8nC ![]() 4e8pC ![]() 4e8qC ![]() 4e8rC ![]() 4e8tC ![]() 4e8vC ![]() 4faqC ![]() 4fauC ![]() 4fawC ![]() 4faxC ![]() 4fb0C ![]() 3igiS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#1: RNA鎖 | 分子量: 126610.977 Da / 分子数: 1 / 断片: domains 1-5 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcription / 由来: (合成) ![]() |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 2583.569 Da / 分子数: 1 / 断片: 5'-exon / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcription / 由来: (合成) ![]() |
-非ポリマー , 5種, 105分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/SPM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-K / #5: 化合物 | ChemComp-EPE / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.65 % |
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結晶化 | 温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM magnesium acetate, 150 mM potassium chloride, 10 mM lithium chloride, 50 mM HEPES sodium, pH 7.0, 4% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月28日 |
放射 | モノクロメーター: single crystal Si(220) side bounce プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.86→50 Å / Num. all: 44966 / Num. obs: 44966 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 18.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.86→2.93 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.784 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3IGI 解像度: 2.86→48.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 27.653 / SU ML: 0.254 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.588 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 83.832 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.86→48.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.859→2.933 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -24.786 Å / Origin y: 8.309 Å / Origin z: -25.494 Å
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