[日本語] English
万見
- PDB-4faj: Structure and mode of peptide binding of pheromone receptor PrgZ -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4faj
タイトルStructure and mode of peptide binding of pheromone receptor PrgZ
要素
  • PrgZ
  • Sex pheromone cCF10
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Substrate Binding Protein / pheromone / Extracellular / membrane anchored
機能・相同性
機能・相同性情報


pheromone activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / protein transport / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle ...Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Roll / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sex pheromone cCF10 / PrgZ
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Berntsson, R.P.-A. / Schuurman-Wolters, G.K. / Dunny, K. / Slotboom, D.J. / Poolman, B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure and Mode of Peptide Binding of Pheromone Receptor PrgZ.
著者: Berntsson, R.P. / Schuurman-Wolters, G.K. / Dunny, G. / Slotboom, D.J. / Poolman, B.
履歴
登録2012年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.22012年12月12日Group: Derived calculations
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PrgZ
B: Sex pheromone cCF10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,56410
ポリマ－63,9342
非ポリマー6308
水7,566420
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area21220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.622, 74.122, 112.622
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 PrgZ


分子量: 63143.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: prgZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51643
#2: タンパク質・ペプチド Sex pheromone cCF10


分子量: 790.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized cCF10 peptide / 由来: (合成) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 参照: UniProt: P20104
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.01 M Zinc sulfate, 0.1 M MES, 25% w/v PEG 550 MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.97 Å / Num. obs: 45969 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 28.977 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 13.79
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.9-2.010.7162.2835000721198.2
2.01-2.150.4233.9134104690299.9
2.15-2.320.2755.92318516459100
2.32-2.540.1958.2829506596799.9
2.54-2.840.12612.326626540099.9
2.84-3.280.07419.423523480499.9
3.28-4.010.04131.9119886410399.8
4.01-5.660.03140.615407323299.9
5.660.02742.788514189199.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 58.86 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å45.97 Å
Translation2.5 Å45.97 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / 最高解像度: 1.9 Å / WRfactor Rfree: 0.1854 / WRfactor Rwork: 0.1497 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9171 / SU B: 4.899 / SU ML: 0.07 / SU R Cruickshank DPI: 0.1278 / SU Rfree: 0.1205 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1928 2297 5 %RANDOM
Rwork0.1557 ---
obs0.1575 45929 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.3 Å2 / Biso mean: 23.2727 Å2 / Biso min: 10.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4038 0 28 420 4486
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224220
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1151.975712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82937051
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5495533
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.79426.72186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.3515789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.91158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024674
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5591.52622
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1231.51059
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05724252
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.70931598
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9034.51460
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 166 -
Rwork0.164 3156 -
all-3322 -
obs--99.46 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.9728 Å / Origin y: 4.3213 Å / Origin z: 11.5281 Å
111213212223313233
T0.0188 Å2-0.0158 Å2-0.0036 Å2-0.0149 Å2-0.0011 Å2--0.0338 Å2
L0.4824 °2-0.1277 °2-0.1805 °2-0.3818 °2-0.0779 °2--0.558 °2
S-0.0173 Å °0.0228 Å °-0.0442 Å °0.0121 Å °0.0006 Å °0.0107 Å °0.0377 Å °-0.0255 Å °0.0167 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A58 - 564
2X-RAY DIFFRACTION1A601 - 608
3X-RAY DIFFRACTION1A701 - 1111

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る