PDB-4f9f: Crystal Structure of VldE, the pseudo-glycosyltransferase, in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f9f

タイトル

Crystal Structure of VldE, the pseudo-glycosyltransferase, in complex with GDP and Trehalose

要素

VldE

キーワード

TRANSFERASE / Twin Rossmann Fold

機能・相同性

機能・相同性情報

validamine 7-phosphate valienyltransferase / trehalose biosynthetic process / hexosyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces hygroscopicus subsp. limoneus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.807 Å

データ登録者

Cavalier, M.C. / Yim, Y.-S. / Asamizu, S. / Neau, D. / Almabruk, K.H. / Mahmud, T. / Lee, Y.-H.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Mechanistic Insights into Validoxylamine A 7'-Phosphate Synthesis by VldE Using the Structure of the Entire Product Complex.
著者: Cavalier, M.C. / Yim, Y.S. / Asamizu, S. / Neau, D. / Almabruk, K.H. / Mahmud, T. / Lee, Y.H.

履歴

登録	2012年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f9f.cif.gz	545.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f9f.ent.gz	448.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f9f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4f9f_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4f9f_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	4f9f_validation.xml.gz	104.6 KB	表示
CIF形式データ	4f9f_validation.cif.gz	139.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/4f9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/4f9f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4f96C 4f97C 3vdm 3vdn C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fgn-d 6ytr-d 5hvo-1 5c00-d 6jbw-d 2xwd-d 6nve-d 1aov-d 1crx-d 3c28-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: VldE

B: VldE

C: VldE

D: VldE

E: VldE

F: VldE

ヘテロ分子

333 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: VldE

B: VldE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: VldE

F: VldE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 2 ポリマー
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3

D: VldE

E: VldE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	320.821, 122.823, 93.857
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.62, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2
1	3
2	3

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'A'
2	1	1	chain 'D'
1	1	2	chain 'B'
2	1	2	chain 'E'
1	1	3	chain 'C'
2	1	3	chain 'F'

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質

VldE / pseudo-glycosyltransferase

分子量: 55006.535 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptomyces hygroscopicus subsp. limoneus (バクテリア)
遺伝子: vldE / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q15JG1, 転移酵素; グリコシル基を移すもの

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose / trehalose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose

#3: 化合物

ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP

タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 8.0, 18-28% PEG3350, 200-500 mM sodium chloride, 20 mM magnesium chloride, 3% trehalose, 1 mM GDP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月3日
放射	モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.807→49.153 Å / Num. all: 88665 / Num. obs: 88243 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 2.5
反射シェル	解像度: 2.807→2.96 Å / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.807→49.153 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2582	4421	5.02 %	RANDOM
R_work	0.2112	-	-	-
obs	0.2136	88139	99.05 %	-
all	-	88665	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.29 Å² / k_sol: 0.316 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.5543 Å²	0 Å²	14.595 Å²
2-	-	-0.8098 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.3641 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.807→49.153 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21796	0	214	202	22212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	22520
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.466	30713
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.326	8141
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.177	3371
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	4042

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3678	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	D	3678	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.534
2	1	B	3610	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	E	3610	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.691
3	1	C	3605	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	F	3605	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.481

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.807-2.8391	0.3367	138	0.3194	2629	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8391-2.8725	0.338	145	0.3077	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8725-2.9076	0.3413	130	0.3021	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9076-2.9444	0.441	138	0.2975	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9444-2.9831	0.3793	140	0.2976	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9831-3.024	0.3478	157	0.2869	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
3.024-3.0672	0.3243	134	0.2819	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0672-3.1129	0.366	153	0.274	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1129-3.1616	0.3208	144	0.2644	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1616-3.2134	0.3226	132	0.261	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2134-3.2688	0.3129	150	0.248	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2688-3.3282	0.2882	136	0.2418	2837	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3282-3.3922	0.2837	158	0.2457	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3922-3.4614	0.3195	134	0.2786	2710	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4614-3.5367	0.3376	138	0.2395	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5367-3.6189	0.266	161	0.2316	2795	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6189-3.7094	0.3178	141	0.2653	2687	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7094-3.8097	0.2796	153	0.2064	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8097-3.9217	0.2944	125	0.2322	2700	X-RAY DIFFRACTION	95
3.9217-4.0482	0.2653	136	0.184	2807	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0482-4.1929	0.211	157	0.1636	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1929-4.3606	0.2197	135	0.1547	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3606-4.559	0.1868	177	0.1484	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
4.559-4.7991	0.1851	135	0.153	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7991-5.0995	0.2131	178	0.1648	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0995-5.4928	0.2121	164	0.1806	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4928-6.0447	0.2723	178	0.2151	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0447-6.9173	0.2523	127	0.2157	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9173-8.7071	0.1912	168	0.1682	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
8.7071-49.1604	0.1994	159	0.1744	2854	X-RAY DIFFRACTION	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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