PDB-3fgn: Crystal structure of dethiobiotin synthetase in Mycobacterium tub...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fgn

タイトル

Crystal structure of dethiobiotin synthetase in Mycobacterium tuberculosis

要素

Dethiobiotin synthetase

キーワード

LIGASE / dethiobiotin synthetase / biotin biosynthesis / bioD / ATP-binding / Magnesium / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

dethiobiotin synthase / dethiobiotin synthase activity / biotin biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Dey, S. / Sacchettini, J.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural characterization of the Mycobacterium tuberculosis biotin biosynthesis enzymes 7,8-diaminopelargonic acid synthase and dethiobiotin synthetase .
著者: Dey, S. / Lane, J.M. / Lee, R.E. / Rubin, E.J. / Sacchettini, J.C.

履歴

登録	2008年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fgn.cif.gz	172.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fgn.ent.gz	137.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fgn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3fgn_validation.pdf.gz	464 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3fgn_full_validation.pdf.gz	481.2 KB	表示
XML形式データ	3fgn_validation.xml.gz	35.2 KB	表示
CIF形式データ	3fgn_validation.cif.gz	50.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/3fgn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/3fgn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bv0C 3dodC 3drdC 3du4C 3fmfC 3fmiC 3fpaC 3lv2C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nwn-1 6nn0-2 3fmf-2 6e06-2 6nwg-2 6cvf-2 6nnz-2 6nkb-2 6nmz-1 6nve-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dethiobiotin synthetase

B: Dethiobiotin synthetase

C: Dethiobiotin synthetase

D: Dethiobiotin synthetase

101 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Dethiobiotin synthetase

B: Dethiobiotin synthetase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Dethiobiotin synthetase

D: Dethiobiotin synthetase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	55.383, 104.684, 151.392
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Dethiobiotin synthetase / Dethiobiotin synthase / DTB synthetase / DTBS 分子量: 25315.891 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: bioD, MT1621, MTCY336.33c, Rv1570 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: O06620, UniProt: P9WPQ5*PLUS, dethiobiotin synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Dethiobiotin synthetase / Dethiobiotin synthase / DTB synthetase / DTBS

分子量: 25315.891 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: bioD, MT1621, MTCY336.33c, Rv1570 / プラスミド: pET28b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O06620, UniProt: P9WPQ5*PLUS, dethiobiotin synthase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.24 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1M sodium citrate, 0.1M imidazole, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.541 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→31.7 Å / Num. obs: 73740 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
SHARP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.85→31.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 8.527 / SU ML: 0.131 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: SAD (SAMARIUM) USED FOR STRUCTURE DETERMINATION

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25332	3705	5 %	RANDOM
R_work	0.21436	-	-	-
obs	0.21632	70111	97.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.247 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.48 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.8 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→31.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6318	0	0	320	6638

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	6407
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.26	1.978	8763
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.822	5	903
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.979	23.317	205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.127	15	933
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.881	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	1105
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4772
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.3	2914
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.5	4389
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.5	592
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.228	0.3	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.246	0.5	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.295	5	4570
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.196	7	7077
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.588	9	2008
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.161	11	1686
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.523	190	-
R_work	0.446	3858	-
obs	-	-	73.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6424	0.4776	0.1913	0.3581	0.195	0.987	-0.0079	-0.0523	-0.0666	0.0153	-0.0146	-0.0496	-0.0256	-0.0394	0.0225	-0.0913	0.0272	0.0026	-0.0665	-0.0198	-0.0986	-8.9484	27.5628	-16.429
2	0.7488	0.5448	-0.2809	0.4386	0.025	1.351	-0.0237	-0.0351	-0.0536	0.0327	0.0128	0.0507	0.0999	0.1035	0.0108	-0.0726	0.0123	0.0068	-0.0962	-0.0177	-0.1118	4.6122	17.1703	-42.6046
3	2.1541	0.1712	0.0029	0.8619	0.3944	1.249	0.0047	0.0528	0.0594	-0.0252	-0.0676	0.0252	-0.1093	-0.0893	0.0629	-0.0677	0.0481	-0.0144	-0.1402	-0.0241	-0.1498	-28.6497	-4.8633	-22.6574
4	0.1278	-0.0949	-0.2782	0.5367	-0.218	2.2623	0.1033	0.0128	0.0509	0.0058	-0.1035	-0.0762	0.1828	0.2441	0.0002	0.0391	0.0368	-0.0137	0.0396	0.0311	-0.0382	-16.6625	-7.078	6.6339

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 226
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 225
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 226
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 225

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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