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- PDB-6nkb: Crystal structure of Dethiobiotin Synthetase from Mycobacterium t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nkb
タイトルCrystal structure of Dethiobiotin Synthetase from Mycobacterium tuberculosis in complex with 2'-deoxycytidine diphosphate
要素ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
キーワードTRANSFERASE / enzyme / synthetase / nucleotide binding / antibiotic target
機能・相同性
機能・相同性情報


dethiobiotin synthase / dethiobiotin synthase activity / biotin biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dethiobiotin synthase BioD / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEOXYCYTIDINE DIPHOSPHATE / Dethiobiotin synthetase BioD
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Thompson, A.P. / Polyak, S.W. / Wegener, K.L. / Bruning, J.B.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Dethiobiotin Synthetase from Mycobacterium tuberculosis in complex with 2'-deoxycytidine diphosphate
著者: Thompson, A.P. / Polyak, S.W. / Wegener, K.L. / Bruning, J.B.
履歴
登録2019年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
B: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
C: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
D: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,76411
ポリマ－93,1434
非ポリマー1,6227
水17,168953
1
A: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
B: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3705
ポリマ－46,5712
非ポリマー7993
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area17790 Å2
手法PISA
2
C: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
D: ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3946
ポリマ－46,5712
非ポリマー8234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area17710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.800, 105.200, 154.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD / DTB synthetase / DTBS / Dethiobiotin synthase


分子量: 23285.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: bioD, Rv1570, MTCY336.33c / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WPQ5, dethiobiotin synthase
#2: 化合物
ChemComp-YYY / DEOXYCYTIDINE DIPHOSPHATE / dCDP


分子量: 387.177 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N3O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 953 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.45 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.7M Sodium Citrate, 0.1M Tris pH 7, 20% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.7108 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7108 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→51.64 Å / Num. obs: 56996 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 19.56 Å2 / CC1/2: 0.973 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.195 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2-2.054.11.8244600.5881.0142.09199.4
8.94-51.643.90.0487880.9930.0270.05699.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→46.18 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 28.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2648 2707 5.05 %
Rwork0.2092 --
obs0.2121 53605 87.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 96.35 Å2 / Biso mean: 23.5434 Å2 / Biso min: 4.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→46.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6272 0 99 953 7324
Biso mean--23.11 27.13 -
残基数----907
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076472
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9318875
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491113
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061155
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3083833
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.03640.36351440.31262713285794
2.0364-2.07560.50841070.3811915202291
2.0756-2.11790.3934990.3692155225494
2.1179-2.1640.37071500.2652978312899
2.164-2.21430.34431360.27062611274798
2.2143-2.26970.5223510.3991121117283
2.2697-2.3310.30061020.24581992209467
2.331-2.39960.28751490.209630383187100
2.3996-2.47710.27641670.214330103177100
2.4771-2.56560.28161680.222530333201100
2.5656-2.66830.31621460.231330443190100
2.6683-2.78970.28041440.23452435257981
2.7897-2.93680.29341520.225530663218100
2.9368-3.12080.3121620.220530503212100
3.1208-3.36170.26621550.198830713226100
3.3617-3.69980.25541330.20332471260480
3.6998-4.23490.21521570.16842862301992
4.2349-5.33420.17461950.1330863281100
5.3342-46.19220.17431900.15063247343799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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