PDB-4f91: Brr2 Helicase Region

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f91

タイトル

Brr2 Helicase Region

要素

U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase

キーワード

HYDROLASE / RNP remodeling / pre-mRNA splicing / spliceosome catalytic activation / DEXD/H-box RNA Helicase / RNA and ATP binding / Nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

cis assembly of pre-catalytic spliceosome / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U2-type catalytic step 1 spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / mRNA Splicing - Minor Pathway / U5 snRNP / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / helicase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.697 Å

データ登録者

Santos, K.F. / Jovin, S.M. / Weber, G. / Pena, V. / Luehrmann, R. / Wahl, M.C.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis for functional cooperation between tandem helicase cassettes in Brr2-mediated remodeling of the spliceosome.
著者: Santos, K.F. / Jovin, S.M. / Weber, G. / Pena, V. / Luhrmann, R. / Wahl, M.C.

履歴

登録	2012年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月24日	Group: Database references
改定 1.2	2012年11月7日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f91.cif.gz	706.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f91.ent.gz	581.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f91.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/4f91 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f9/4f91	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4f92C 4f93C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4f92-d 5urm-1 6s8o-d 5urk-d 4f93-d 5urj-d 5k18-d 5urm-2 1ekm-d 5z68-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1)

登録構造単位

B: U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase

197 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	146.260, 150.500, 141.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 120.21, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1 / BRR2 homolog / U5 snRNP-specific 200 ...Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1 / BRR2 homolog / U5 snRNP-specific 200 kDa protein / U5-200KD 分子量: 197238.234 Da / 分子数: 1 / 断片: Brr2 Helicase Region / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRNP200, ASCC3L1, HELIC2, KIAA0788 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O75643, RNA helicase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1 / BRR2 homolog / U5 snRNP-specific 200 ...

分子量: 197238.234 Da / 分子数: 1 / 断片: Brr2 Helicase Region / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRNP200, ASCC3L1, HELIC2, KIAA0788
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75643, RNA helicase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.06 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M sodium citrate, 1.2 M sodium Malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 1.127 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月23日
放射	モノクロメーター: Double mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.69→50 Å / Num. obs: 140336 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1.6 / Observed criterion σ(I): 1.6
反射シェル	解像度: 2.69→2.84 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.697→48.394 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 0.73 / 位相誤差: 35.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2716	7158	5.1 %
R_work	0.2236	-	-
obs	0.2261	140334	97.34 %
all	-	144169	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 64.161 Å² / k_sol: 0.328 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-16.1944 Å²	0 Å²	6.9023 Å²
2-	-	37.9788 Å²	0 Å²
3-	-	-	-21.7844 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.697→48.394 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13859	0	0	6	13865

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	14153
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.329	19177
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.609	5340
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	2177
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2454

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.697-2.7277	0.5494	144	0.4971	2614	X-RAY DIFFRACTION	57
2.7277-2.7597	0.4607	247	0.4051	4515	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7597-2.7934	0.4391	256	0.3902	4415	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7934-2.8288	0.4485	236	0.3758	4587	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8288-2.866	0.4266	208	0.3582	4450	X-RAY DIFFRACTION	99
2.866-2.9052	0.381	226	0.3497	4533	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9052-2.9467	0.4087	251	0.3462	4512	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9467-2.9907	0.4077	218	0.3445	4548	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9907-3.0374	0.405	245	0.3277	4479	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0374-3.0872	0.3573	221	0.3158	4594	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0872-3.1404	0.3827	203	0.3038	4493	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1404-3.1975	0.4039	246	0.3029	4552	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1975-3.259	0.3866	263	0.2898	4485	X-RAY DIFFRACTION	99
3.259-3.3255	0.3099	291	0.2758	4435	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3255-3.3978	0.3754	238	0.2711	4559	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3978-3.4768	0.3247	224	0.2509	4500	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4768-3.5638	0.31	273	0.2438	4487	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5638-3.6601	0.2897	238	0.2276	4499	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6601-3.7678	0.2586	219	0.2124	4525	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7678-3.8893	0.2574	281	0.2111	4472	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8893-4.0283	0.2631	238	0.1966	4442	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0283-4.1895	0.2312	244	0.1917	4444	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1895-4.38	0.2372	221	0.1837	4508	X-RAY DIFFRACTION	98
4.38-4.6108	0.245	224	0.1868	4487	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6108-4.8994	0.2604	244	0.1862	4409	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8994-5.2772	0.2116	229	0.1905	4504	X-RAY DIFFRACTION	98
5.2772-5.8075	0.2505	252	0.1978	4512	X-RAY DIFFRACTION	99
5.8075-6.646	0.263	256	0.192	4526	X-RAY DIFFRACTION	100
6.646-8.3663	0.1587	250	0.1376	4559	X-RAY DIFFRACTION	100
8.3663-48.4015	0.1829	272	0.181	4533	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -10.3749 Å / Origin y: 0.978 Å / Origin z: 30.9515 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2614 Å²	-0.1753 Å²	-0.0171 Å²	-	0.0654 Å²	-0.0155 Å²	-	-	0.2268 Å²
L	0.8994 °²	0.1438 °²	-0.4357 °²	-	0.3547 °²	-0.0439 °²	-	-	1.0686 °²
S	-0.0154 Å °	0.0855 Å °	0.1998 Å °	0.0764 Å °	0.0041 Å °	0.0618 Å °	-0.0859 Å °	-0.2062 Å °	0.0184 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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