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- PDB-4f8j: The structure of an aromatic compound transport protein from Rhod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f8j
タイトルThe structure of an aromatic compound transport protein from Rhodopseudomonas palustris in complex with p-coumarate
要素Putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / lignin degratation / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha/beta
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid transport
類似検索 - 分子機能
: / Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / ABC transporter substrate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Mack, J.C. / Zerbs, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: Structural and functional characterization of solute binding proteins for aromatic compounds derived from lignin: p-Coumaric acid and related aromatic acids.
著者: Tan, K. / Chang, C. / Cuff, M. / Osipiuk, J. / Landorf, E. / Mack, J.C. / Zerbs, S. / Joachimiak, A. / Collart, F.R.
履歴
登録2012年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22013年7月24日Group: Database references
改定 1.32013年8月7日Group: Database references
改定 1.42013年9月25日Group: Database references
改定 1.52017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.62025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,25411
ポリマ－39,1551
非ポリマー1,09810
水6,954386
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.872, 69.012, 91.307
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein


分子量: 39155.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: CGA009 / 遺伝子: LivK, RPA1789 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q6N8W4

-
非ポリマー , 6種, 396分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / p-クマル酸


分子量: 164.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8O3
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.44 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES: NaOH pH 7.5, 2M ammonium sulfate, p-coumarate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月2日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 10.3 % / Av σ(I) over netI: 42.8 / 数: 428255 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.9 / D res high: 1.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 41416 / % possible obs: 99.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.345097.210.0685.9119.2
3.454.3499.910.0613.8219.9
3.013.4510010.0733.58310.1
2.743.0110010.0843.17110.3
2.542.7410010.0912.84810.4
2.392.5410010.0952.54610.4
2.272.3910010.0962.14610.4
2.172.2710010.1012.00110.5
2.092.1710010.1081.70710.5
2.022.0910010.1191.56910.5
1.952.0210010.1341.40310.5
1.91.9510010.1491.21510.5
1.851.910010.1691.08910.5
1.81.8510010.1980.94710.5
1.761.810010.2340.85810.5
1.721.7610010.270.76610.5
1.691.7210010.2950.71410.5
1.661.6910010.340.69910.5
1.631.6610010.3940.64910.4
1.61.6310010.4940.64910.4
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 41416 / Num. obs: 41416 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 23.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.901 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.6-1.6310.40.49420460.6491100
1.63-1.6610.40.39420370.6491100
1.66-1.6910.50.3420640.6991100
1.69-1.7210.50.29520260.7141100
1.72-1.7610.50.2720400.7661100
1.76-1.810.50.23420290.8581100
1.8-1.8510.50.19820490.9471100
1.85-1.910.50.16920481.0891100
1.9-1.9510.50.14920801.2151100
1.95-2.0210.50.13420321.4031100
2.02-2.0910.50.11920611.5691100
2.09-2.1710.50.10820541.7071100
2.17-2.2710.50.10120562.0011100
2.27-2.3910.40.09620882.1461100
2.39-2.5410.40.09520862.5461100
2.54-2.7410.40.09120682.8481100
2.74-3.0110.30.08421033.1711100
3.01-3.4510.10.07321143.5831100
3.45-4.349.90.06121313.821199.9
4.34-509.20.06822045.911197.2

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.394 / FOM acentric: 0.449 / FOM centric: 0 / 反射: 21410 / Reflection acentric: 18776 / Reflection centric: 2634
Phasing MAD setR cullis acentric: 1.5 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc acentric: 0.2 / Loc centric: 0.2 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 18776 / Reflection centric: 2634
Phasing MAD set shell

ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0

解像度 (Å)R cullis acentricLoc acentricLoc centricReflection acentricReflection centric
12.5-501.60.50.24639
7.14-12.51.340.50.3258108
5-7.141.660.50.3737202
3.85-51.070.40.31392284
3.13-3.851.160.30.22261381
2.63-3.131.630.20.13340459
2.27-2.631.930.20.14629541
2-2.272.010.106113620
Phasing MAD set site

Atom type symbol: Se / Occupancy iso: 0

IDB isoFract xFract yFract zOccupancy
121.33790.1280.1280.1624.947
223.2886-0.186-0.0120.2844.985
323.8171-0.0670.1410.2734.825
425.1166-0.110.0130.2174.255
530.0717-0.4640.1710.3373.893
627.5195-0.3040.1830.3483.864
740.58640.160.2160.2223.53
849.7612-0.183-0.110.243.589
954.08890.021-0.0110.342.89
1034.150.06-0.0130.3291.361
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
12.5-500.2590.4790854639
7.14-12.50.3270.4640366258108
5-7.140.4210.5370939737202
3.85-50.4410.531016761392284
3.13-3.850.4360.509026422261381
2.63-3.130.4290.488037993340459
2.27-2.630.410.458051704629541
2-2.270.3340.368067336113620
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 45428
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
6.86-10077.50.372517
5.31-6.86660.842639
4.49-5.3159.90.886778
3.96-4.4958.70.895886
3.58-3.96610.887982
3.3-3.5859.80.8831082
3.07-3.3610.8751146
2.88-3.0763.10.8561226
2.73-2.8862.30.8541291
2.59-2.7363.70.8611383
2.48-2.5961.60.8541433
2.38-2.4862.10.8451508
2.29-2.3863.60.8311524
2.21-2.2962.20.851607
2.13-2.2164.30.8191664
2.07-2.1363.60.8081711
2.01-2.0764.40.8061756
1.95-2.0184.90.8021790
1.9-1.9590.80.7711871
1.86-1.991.10.7891909
1.81-1.8688.30.7771930
1.77-1.8188.10.7452015
1.73-1.7794.30.7292024
1.7-1.7390.80.7512079
1.66-1.790.20.6882119
1.63-1.66890.6972138
1.6-1.63910.6152202
1.55-1.690.30.4824218

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法6.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→36.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / WRfactor Rfree: 0.1966 / WRfactor Rwork: 0.161 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.9204 / SU B: 2.744 / SU ML: 0.05 / SU R Cruickshank DPI: 0.0911 / SU Rfree: 0.0907 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.091
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 2075 5 %RANDOM
Rwork0.1572 ---
all0.159 41229 --
obs0.159 41229 99.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.94 Å2 / Biso mean: 26.3713 Å2 / Biso min: 14.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20 Å20 Å2
2---0.5 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→36.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2695 0 66 386 3147
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022959
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022002
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7131.9974038
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03234928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9925392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.74224.234111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.41115495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2961518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1810.2463
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02564
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 126 -
Rwork0.172 2591 -
all-2717 -
obs--96.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4810.2284-0.04230.8909-0.13520.665-0.0127-0.0479-0.0007-0.03190.0066-0.0653-0.00380.08280.00610.07060.0045-0.00030.0520.00820.042824.782449.169219.0807
20.73420.1384-0.01110.608-0.13270.85350.0036-0.1442-0.0340.0923-0.03290.10710.0752-0.06310.02930.0856-0.00040.00520.08420.03550.11161.35440.711433.9579
30.43990.1018-0.03190.8538-0.16030.47150.00850.0344-0.0287-0.14130.03510.10940.05070.0004-0.04350.0914-0.0019-0.0350.04670.01520.058912.698643.755111.2656
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 139
2X-RAY DIFFRACTION2A140 - 268
3X-RAY DIFFRACTION3A269 - 385

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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