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- PDB-4f8i: Three-dimensional DNA lattices with non-canonical base pairs -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f8i
タイトルThree-dimensional DNA lattices with non-canonical base pairs
要素DNA (5'-D(*G*CP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*CP*CP*T)-3')
キーワードDNA / non-canonical DNA / DNA nanotechnology / crystal design / parallel DNA
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Paukstelis, P.J. / Muser, S.E.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Three-Dimensional DNA Crystals with pH-Responsive Noncanonical Junctions.
著者: Muser, S.E. / Paukstelis, P.J.
履歴
登録2012年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月15日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*G*CP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*CP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1783
ポリマ－5,8561
非ポリマー3222
水1,47782
1
A: DNA (5'-D(*G*CP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*CP*CP*T)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*G*CP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*CP*CP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3566
ポリマ－11,7122
非ポリマー6444
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area7450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.574, 44.836, 85.267
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*G*CP*GP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*CP*CP*CP*T)-3')


分子量: 5855.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.26 %
結晶化pH: 5.5 / 詳細: pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 4023 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 20.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 4.36 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24434 181 4.5 %RANDOM
Rwork0.19158 ---
obs0.1938 3848 92.64 %-
all-4023 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 1.4 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.888 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.55 Å20 Å20 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3---1.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 367 14 82 463
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.021424
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.02175
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0973664
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1773439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0410.271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.0236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6853424
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8754.5664
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.15 10 -
Rwork0.19 174 -
obs--58.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
162.389632.829369.1848-20.445314.8606100.3258-1.48632.77112.0278-1.10020.486-1.2903-1.82231.5691.00030.64270.04850.01340.5589-0.1180.33234.39225.471-1.428
213.5081-7.90155.78890.1137-5.1312-0.147-0.13170.0120.24730.19270.0126-0.4857-0.20460.04320.11910.4228-0.0358-0.06590.2802-0.03090.2843.2321.204-6.873
30.4261-0.21860.2740.7976-0.30840.2152-0.0736-0.11570.01860.16870.06930.0294-0.0722-0.07740.00430.04270.01270.00340.038-0.00320.005613.8220.3-17.502
411.01859.30780.380311.9846-4.10439.7671-0.7320.38310.025-1.22720.3508-0.14120.6524-0.11490.38120.1940.03330.02370.1136-0.00680.043918.773-15.015-29.787
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2
2X-RAY DIFFRACTION2A3 - 4
3X-RAY DIFFRACTION3A5 - 18
4X-RAY DIFFRACTION4A19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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