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- PDB-4f8c: Structure of the Cif:Nedd8 complex - Yersinia pseudotuberculosis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f8c
タイトルStructure of the Cif:Nedd8 complex - Yersinia pseudotuberculosis Cycle Inhibiting Factor in complex with human Nedd8
要素
  • Cycle Inhibiting Factor
  • NEDD8
キーワードCELL CYCLE/PROTEIN BINDING / Effector-Host target complex / Glutamine deamidase / Deamidation / BACTERIAL EFFECTOR / CELL CYCLE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-glutamine glutaminase / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / regulation of proteolysis / regulation of postsynapse assembly / anatomical structure morphogenesis / Iron uptake and transport / modification-dependent protein catabolic process / protein modification process ...protein-glutamine glutaminase / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / protein neddylation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / regulation of proteolysis / regulation of postsynapse assembly / anatomical structure morphogenesis / Iron uptake and transport / modification-dependent protein catabolic process / protein modification process / protein tag activity / UCH proteinases / intracellular protein localization / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Neddylation / toxin activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / hydrolase activity / postsynapse / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / host cell nucleus / glutamatergic synapse / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein-glutamine deamidase Cif / Cycle inhibiting factor (CIF) / Nedd8-like ubiquitin / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family ...Protein-glutamine deamidase Cif / Cycle inhibiting factor (CIF) / Nedd8-like ubiquitin / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein-glutamine deamidase Cif / Uncharacterized protein / Ubiquitin-like protein NEDD8
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Crow, A. / Banfield, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: The molecular basis of Nedd8 deamidation by the bacterial effector protein Cif
著者: Crow, A. / Hughes, R.K. / Taieb, F. / Oswald, E. / Banfield, M.J.
履歴
登録2012年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cycle Inhibiting Factor
B: NEDD8
C: Cycle Inhibiting Factor
D: NEDD8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,9568
ポリマ－81,7084
非ポリマー2484
水5,729318
1
A: Cycle Inhibiting Factor
B: NEDD8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9784
ポリマ－40,8542
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area14140 Å2
手法PISA
2
C: Cycle Inhibiting Factor
D: NEDD8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,9784
ポリマ－40,8542
非ポリマー1242
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area13900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.359, 125.359, 169.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Cycle Inhibiting Factor


分子量: 30809.465 Da / 分子数: 2 / 断片: Effector domain, UNP residues 33-288 / 変異: C117A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
株: YPIII / 遺伝子: YPK_1971 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SoluBL21 / 参照: UniProt: B1JJZ9, UniProt: A0A0H3B1Q8*PLUS
#2: タンパク質 NEDD8 / Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / ...Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / Ubiquitin-like protein Nedd8


分子量: 10044.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rossetta / 参照: UniProt: Q15843
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.85 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.2M sodium malonate, 44mM bis-tris propane (pH 7.0), 66mM bis-tris propane (pH 8.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 1.0072 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月14日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→66.9 Å / Num. all: 57931 / Num. obs: 57931 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11.1 % / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 9.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.463 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0025精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FBJ

4fbj


解像度: 1.95→58.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23479 2938 5.1 %RANDOM
Rwork0.18681 ---
obs0.18923 54900 99.83 %-
all-54900 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20.05 Å2-0 Å2
2--0.1 Å2-0 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→58.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5097 0 16 318 5431
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0195543
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.951.9587530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6825709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.58725.169267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.039151024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.771532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1520.2855
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214220
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 221 -
Rwork0.223 3972 -
obs--99.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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