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- PDB-4f8b: Crystal Structure of the Covalent Thioimide Intermediate of Unimo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f8b
タイトルCrystal Structure of the Covalent Thioimide Intermediate of Unimodular Nitrile Reductase QueF
要素NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / beta barrel / protein thioimide complex / pterin binding fold / tunnel fold / tRNA modification enzyme / 7-cyano-7-deazaguanine / NADPH
機能・相同性
機能・相同性情報


preQ1 synthase / preQ1 synthase activity / tRNA modification / queuosine biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, QueF type 1 / NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase QueF / : / QueF-like protein / GTP Cyclohydrolase I, domain 2 / GTP cyclohydrolase I, C-terminal domain/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal domain / GTP cyclohydrolase I, C-terminal/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GD1 / PHOSPHATE ION / NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.502 Å
データ登録者Stec, B. / Swairjo, M.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural basis of biological nitrile reduction.
著者: Chikwana, V.M. / Stec, B. / Lee, B.W. / de Crecy-Lagard, V. / Iwata-Reuyl, D. / Swairjo, M.A.
履歴
登録2012年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月1日Group: Database references
改定 1.22012年9月19日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
B: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
C: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
D: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
E: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,24015
ポリマ－96,9855
非ポリマー1,25510
水2,972165
1
A: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
B: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
C: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
D: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
E: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
ヘテロ分子

A: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
B: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
C: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
D: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
E: NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,48030
ポリマ－193,97010
非ポリマー2,51120
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area41190 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area48840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.507, 93.507, 193.696
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質
NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase / QueF / 7-cyano-7-carbaguanine reductase / NADPH-dependent nitrile oxidoreductase / PreQ(0) reductase


分子量: 19396.955 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: BSU13750, queF, ykvM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O31678, preQ1 synthase

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非ポリマー , 5種, 175分子

#2: 化合物
ChemComp-GD1 / 2-amino-5-[(Z)-iminomethyl]-3,7-dihydro-4H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one / 7-cyano-7-deazaguanine, bound form


分子量: 177.163 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7N5O
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 16-20% PEG500 MME, 60 mM imidazole, 40 mM imidazolium chloride, pH 7.4, 30 mM calcium chloride or magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 1.000003 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Side-scattering cuberoot I-beam bent single crystal, asymmetric cut 12.2 degrees
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.502→41.56 Å / Num. all: 34623 / Num. obs: 34623 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 54.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.502→2.57 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 89.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BP1

3bp1


解像度: 2.502→41.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 9.355 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.445 / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27195 1720 5 %RANDOM
Rwork0.18918 ---
obs0.19334 32475 98.72 %-
all-33897 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.536 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.93 Å20.96 Å20 Å2
2--1.93 Å20 Å2
3----2.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.502→41.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6013 0 85 165 6263
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0226292
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0571.9778508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5335714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.63924.08326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.63151045
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1211529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2837
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024933
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2510.22963
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3290.24190
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2380.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2540.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1780.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3391.53740
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2125898
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.92333031
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3484.52610
LS精密化 シェル解像度: 2.502→2.567 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 96 -
Rwork0.275 2153 -
obs--89.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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