PDB-4f82: X-ray crystal structure of a putative thioredoxin reductase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f82

タイトル

X-ray crystal structure of a putative thioredoxin reductase from Burkholderia cenocepacia

要素

Thioredoxin Reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to oxidative stress / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: X-ray crystal structure of a putative thioredoxin reductase from Burkholderia cenocepacia
著者: Fairman, J.W. / Davies, D.R. / Sankaran, B. / Staker, B.L. / Stewart, L.

履歴

登録	2012年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f82.cif.gz	144.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f82.ent.gz	111.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f82.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4f82_validation.pdf.gz	415.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4f82_full_validation.pdf.gz	415 KB	表示
XML形式データ	4f82_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	4f82_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/4f82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/4f82	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1tp9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1b0o-1 6jf8-1 5k06-1 4ib6-1 4zsk-d 4omw-1 6qpe-1 3uma-4 6fxb-2 1yup-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BuceA.01231.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thioredoxin Reductase

B: Thioredoxin Reductase

37.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.650, 61.970, 69.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.850, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN

#1: タンパク質	Thioredoxin Reductase 分子量: 18701.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (バクテリア) 株: J2315 / 遺伝子: BceJ2315_33940, BCAL3456 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4E5Y6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.83 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 200 mM magnesium chloride, 25% PEG3350, 100 BIS-TRIS pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977408 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.977408 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 27247 / Num. obs: 26023 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 18.146 Å² / R_merge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 6.36

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.85-1.9		0.4	2.23	4686	1948	95.5
1.9-1.95		0.328	2.61	4489	1874	96.6
1.95-2.01		0.289	2.94	4414	1852	96.6
2.01-2.07		0.27	3.25	4226	1761	97
2.07-2.14		0.234	3.69	4150	1729	96.6
2.14-2.21		0.2	4.12	4013	1700	97.5
2.21-2.29		0.16	5.1	3875	1607	96.7
2.29-2.39		0.167	5.05	3707	1560	96.7
2.39-2.49		0.132	6.01	3595	1508	97.5
2.49-2.62		0.127	6.34	3389	1409	96.6
2.62-2.76		0.115	6.78	3243	1345	94.7
2.76-2.93		0.098	7.85	3079	1282	96.4
2.93-3.13		0.078	9.41	2889	1204	96.2
3.13-3.38		0.074	10.57	2654	1102	94.7
3.38-3.7		0.066	12.1	2465	1004	93.6
3.7-4.14		0.057	13.06	2226	914	93.1
4.14-4.78		0.059	14.44	1928	790	90.7
4.78-5.85		0.06	13.53	1634	659	90.6
5.85-8.27		0.057	12.98	1303	501	87.7
	8.27	0.042	16.71	715	274	82.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	dev_1048	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1TP9

1tp9

解像度: 1.85→46.099 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.05 / FOM work R set: 0.8489 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2235	1299	4.99 %	RANDOM
R_work	0.1756	-	-	-
obs	0.178	26008	95.49 %	-
all	-	27247	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 52.45 Å² / B_iso mean: 14.3402 Å² / B_iso min: 0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.099 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2486	0	0	368	2854

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	2557
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.524	3478
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.104	402
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	457
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.415	900

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.85-1.9239	0.2757	135	0.2241	2755	2890	96
1.9239-2.0114	0.2775	149	0.2102	2761	2910	97
2.0114-2.1175	0.2616	147	0.1918	2773	2920	97
2.1175-2.2502	0.2627	133	0.1882	2774	2907	97
2.2502-2.4239	0.2349	154	0.182	2772	2926	97
2.4239-2.6678	0.2444	148	0.1801	2763	2911	96
2.6678-3.0538	0.2275	136	0.1755	2765	2901	96
3.0538-3.8471	0.1994	145	0.1542	2722	2867	94
3.8471-46.099	0.164	152	0.1466	2624	2776	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7968	-0.0009	-0.6563	8.6148	0.3257	3.198	-0.3553	0.3802	-0.1844	-0.6614	-0.0512	-0.0134	0.2349	-0.426	0.2702	0.1763	0.0112	-0.0032	0.1773	-0.0548	0.1314	13.1257	6.7203	-12.801
2	0.1679	0.1916	0.3228	1.0796	0.4912	1.3082	-0.01	-0.0044	0.1999	-0.0711	0.0378	-0.0187	-0.0574	0.0795	-0.0414	0.0552	0.0005	-0.0057	0.0715	-0.0064	0.1072	0.0992	11.5918	-15.9695
3	0.0002	0.0167	-0.0197	2.0153	-2.3093	2.6461	0.2497	-0.444	0.3174	0.3192	0.2638	0.6061	-0.5392	-0.3997	-0.3991	0.2803	0.0837	0.0049	0.2313	0.0006	0.2723	-18.6959	14.1154	-20.3625
4	0.6709	0.2444	0.2486	0.9644	0.2548	1.0296	-0.037	0.0243	0.0412	-0.0487	0.0283	-0.0111	-0.1176	-0.0699	0.0101	0.0731	0.0093	-0.0217	0.0738	-0.0067	0.0762	-6.1368	8.0483	-10.5037
5	4.4829	0.7391	1.2489	6.2019	1.9917	4.2795	-0.1934	-0.0002	-0.0142	0.2829	-0.1858	0.1972	0.0881	-0.4393	0.2075	0.0894	0.0206	0.0277	0.107	-0.0157	0.1371	-11.5954	13.1629	1.2113
6	0.6674	-0.0577	0.223	0.9625	0.166	0.9055	0.0215	-0.0514	0.0106	-0.0078	-0.0016	-0.0624	-0.0162	-0.0071	-0.0122	0.0637	-0.0096	-0.0068	0.0486	0.0092	0.057	-2.1302	5.7681	-7.9878
7	0.8598	0.1212	0.1387	1.0699	1.0541	2.1033	-0.2497	0.1573	-0.2621	-0.2367	0.0792	-0.2058	0.1148	0.2301	0.032	0.2129	-0.0169	0.0483	0.1095	-0.0287	0.1368	-1.8628	-21.3427	-24.6394
8	0.1641	0.393	-0.4573	1.7554	-1.6157	1.6083	-0.0248	0.1948	-0.3738	-0.0148	0.2254	0.2644	0.2995	-0.245	-0.1699	0.4061	-0.0402	-0.095	0.1737	-0.0184	0.4418	-13.8527	-24.009	-6.9904
9	0.5859	0.2194	0.3639	1.1158	0.616	1.4957	0.0501	-0.0319	-0.1137	-0.0411	0.0243	0.0842	0.1229	0.016	-0.0647	0.12	-0.0034	-0.0288	0.0678	0.0016	0.0826	-12.852	-19.1332	-23.486
10	1.6215	2.0111	0.9477	3.1329	2.01	1.6466	-0.0577	-0.0499	-0.0239	-0.0207	-0.0813	0.1967	0.1897	-0.0815	0.0134	0.2365	0.0236	-0.0702	0.0084	-0.0278	0.1222	-15.9268	-27.5161	-25.422
11	1.0442	0.1099	0.0299	1.1625	0.065	1.7682	0.0055	0.0067	-0.051	0.0007	-0.0151	-0.0541	-0.0036	-0.0072	0.0104	0.0951	0.0009	-0.0205	0.0421	-0.0041	0.0599	-7.8125	-11.8753	-22.8457
12	0.845	0.0867	0.2869	1.217	0.4129	0.5597	0.0683	0.0043	-0.0584	-0.4479	-0.0262	-0.0566	0.0655	-0.0138	-0.0408	0.1849	0.0138	0.0065	0.0932	-0.0137	0.0661	-11.6164	-20.7353	-35.904

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid -2:2)	A	-2 - 2
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 3:17)	A	3 - 17
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 18:24)	A	18 - 24
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 25:63)	A	25 - 63
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 64:71)	A	64 - 71
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 72:168)	A	72 - 168
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 0:17)	B	0 - 17
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 18:24)	B	18 - 24
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 25:70)	B	25 - 70
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 71:79)	B	71 - 79
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 80:136)	B	80 - 136
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 137:168)	B	137 - 168

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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