PDB-4f7o: Crystal structure of CSN5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f7o

タイトル

Crystal structure of CSN5

要素

COP9 signalosome complex subunit 5

キーワード

HYDROLASE / MPN / JAMM / isopeptidase cullin deneddylase / Cop9 subunits / p27

機能・相同性

機能・相同性情報

macrophage migration inhibitory factor binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / exosomal secretion / deNEDDylase activity / protein deneddylation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / regulation of protein neddylation / COP9 signalosome / protein neddylation / metal-dependent deubiquitinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Echalier, A. / Birol, M. / Hoh, F. / Dumas, C.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Insights into the regulation of the human COP9 signalosome catalytic subunit, CSN5/Jab1.
著者: Echalier, A. / Pan, Y. / Birol, M. / Tavernier, N. / Pintard, L. / Hoh, F. / Ebel, C. / Galophe, N. / Claret, F.X. / Dumas, C.

履歴

登録	2012年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月6日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f7o.cif.gz	201 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f7o.ent.gz	164.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f7o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4f7o_validation.pdf.gz	452.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4f7o_full_validation.pdf.gz	469.4 KB	表示
XML形式データ	4f7o_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	4f7o_validation.cif.gz	30.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/4f7o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/4f7o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5mfv-d 4hcc-1 5ejd-2 5ybg-1 2xx8-2 4bdr-d 3lsl-2 4lln-1 4hcb-1 1m5e-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (5) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (5) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: COP9 signalosome complex subunit 5

B: COP9 signalosome complex subunit 5

ヘテロ分子

59.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: COP9 signalosome complex subunit 5

B: COP9 signalosome complex subunit 5

ヘテロ分子

A: COP9 signalosome complex subunit 5

B: COP9 signalosome complex subunit 5

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
119 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	161.734, 46.505, 71.261
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.27, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	COP9 signalosome complex subunit 5 / SGN5 / Signalosome subunit 5 / Jun activation domain-binding protein 1 分子量: 29540.973 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-257 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COPS5, CSN5, JAB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q92905, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION 分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG3350, KSCN, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979408 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月19日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) or Si(311) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979408 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→29 Å / Num. all: 16305 / Num. obs: 15164 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 2.6→2.74 Å / R_merge(I) obs: 0.367 / % possible all: 68.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
Superflip		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
Superflip		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→29 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 29.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2742	897	5.94 %	random
R_work	0.2157	-	-	-
obs	0.2194	15092	92.24 %	-
all	-	16305	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.359 Å² / k_sol: 0.302 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.5444 Å²	-0 Å²	-1.0141 Å²
2-	-	-2.1204 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.6648 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3728	0	11	52	3791

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3988
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.161	5205
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.536	1402
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	554
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	654

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.7628	0.4337	104	0.3172	1709	X-RAY DIFFRACTION	68
2.7628-2.976	0.3566	150	0.2864	2413	X-RAY DIFFRACTION	95
2.976-3.2751	0.3117	133	0.2315	2509	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2751-3.7483	0.2852	171	0.2182	2487	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7483-4.7194	0.2215	163	0.1797	2521	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7194-29	0.2592	176	0.2046	2556	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2449	-0.0898	-0.8656	1.7832	0.3699	0.9886	-0.2017	0.0785	-0.5528	0.07	-0.0104	0.2023	0.1898	-0.097	0.1925	0.1012	-0.0549	0.0998	0.0784	0.0073	0.2561	46.081	-15.6234	81.2538
2	2.1043	-0.0964	-0.529	0.8597	-0.2425	0.7764	-0.0569	0.0601	0.1153	-0.0234	0.1992	0.0953	-0.0013	-0.2334	-0.021	0.0049	-0.0223	-0.0134	0.161	0.08	0.3319	37.6263	2.0851	77.6239
3	1.6135	0.3377	-0.2469	2.3772	-0.2232	1.4565	0.1151	-0.109	0.2538	-0.1634	0.0038	-0.1442	0.0724	-0.004	-0.1212	0.2666	-0.0706	-0.0502	0.1366	0.0547	0.4013	50.5057	14.8098	69.013
4	1.7946	-0.4995	0.1595	2.4827	-0.5313	1.3007	0.0157	0.0651	0.1553	0.1113	0.03	0.1295	-0.1173	-0.0242	-0.0172	0.1145	-0.0178	0.0115	0.0775	-0.0206	0.0074	47.2063	7.3991	78.1054
5	1.4419	0.5624	0.3555	1.479	0.1134	1.6658	-0.1624	-0.0879	0.0591	0.2129	0.0108	0.1485	-0.2482	-0.1066	0.0776	0.0262	-0.002	0.0585	0.0537	-0.0282	0.1372	39.8016	6.9478	85.2049
6	4.3503	1.23	3.6417	1.9156	1.0775	3.687	0.379	-0.0792	-0.1265	0.0832	-0.198	0.0665	0.4569	-0.1256	-0.1925	0.2436	-0.091	0.1111	0.1927	-0.2101	0.3509	57.8821	-13.6663	75.9792
7	2.2006	-0.6202	1.1402	0.1737	-0.322	2.185	-0.2449	0.1258	0.6736	-0.3255	-0.151	0.1753	-0.4861	0.0739	0.3986	0.4328	0.1229	0.0023	0.1115	0.0937	0.4157	56.8557	17.7863	48.2634
8	0.5281	-0.038	-0.0356	0.7483	0.3157	1.4131	0.0301	0.1562	0.0167	-0.284	0.0151	0.2926	-0.0084	-0.4372	0.1146	0.0566	-0.0033	-0.1992	0.1257	0.0442	0.1614	48.1741	0.2927	46.998
9	3.7085	-0.0628	-0.4215	4.2878	1.1084	4.1899	0.1718	0.1093	-0.1793	0.0784	0.0698	-0.1764	0.3102	0.1749	-0.1988	0.3044	0.0752	-0.0401	0.2263	0.0716	0.3719	51.962	-12.4893	60.8582
10	0.5474	0.4359	0.2524	2.8547	-0.1188	2.1489	0.0281	-0.0048	0.014	-0.2041	0.0483	0.0535	0.3172	-0.1723	0.0206	0.042	-0.0248	0.0239	0.0963	0.042	0.0283	54.9174	-9.0408	51.3907
11	1.4489	0.0396	0.1587	1.1269	0.0494	1.3751	-0.0885	0.1148	-0.0546	-0.3048	0.0732	0.001	0.0852	0.058	-0.0605	0.1057	-0.0131	-0.1265	0.042	-0.032	-0.0227	57.4081	-3.2401	44.0872
12	2.4272	-0.0138	-1.3604	2.2197	0.3848	2.1725	0.1984	0.1785	0.3274	0.0231	-0.1284	0.2597	-0.0252	-0.1684	-0.051	0.0764	0.0606	0.132	0.049	-0.0492	0.2352	62.3227	15.9241	59.0774

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 2:26)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 27:92)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 98:124)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 125:182)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 183:234)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 235:257)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 2:26)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 27:97)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 98:127)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 128:161)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 162:232)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 233:257)

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