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- PDB-4f7m: Crystal Structure of HLA-A*2402 Complexed with a Newly Identified... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f7m
タイトルCrystal Structure of HLA-A*2402 Complexed with a Newly Identified Peptide from 2009 H1N1 PA (649-658)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
  • PA polymerase subunit
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA-A*2402 / Influenza A virus / 2009 H1N1 / HLA-A3 supertype
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / cap snatching / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I ...T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / cap snatching / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / antibacterial humoral response / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / endonuclease activity / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / viral RNA genome replication / innate immune response / focal adhesion / signaling receptor binding / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus H3N2 (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Liu, J. / Zhang, S. / Tan, S. / Yi, Y. / Wu, B. / Zhu, F. / Wang, H. / Qi, J. / George, F.G.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Cross-Allele Cytotoxic T Lymphocyte Responses against 2009 Pandemic H1N1 Influenza A Virus among HLA-A24 and HLA-A3 Supertype-Positive Individuals.
著者: Liu, J. / Zhang, S. / Tan, S. / Yi, Y. / Wu, B. / Cao, B. / Zhu, F. / Wang, C. / Wang, H. / Qi, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2012年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: PA polymerase subunit
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: PA polymerase subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3736
ポリマ－89,3736
非ポリマー00
水7,242402
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: PA polymerase subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6873
ポリマ－44,6873
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19060 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: PA polymerase subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6873
ポリマ－44,6873
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.272, 67.092, 87.668
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain / Aw-24 / HLA class I histocompatibility antigen / A-9 alpha chain / MHC class I antigen A*24


分子量: 31683.086 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 25-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05534, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド PA polymerase subunit


分子量: 1124.243 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 649-658 / 由来タイプ: 合成
詳細: in vitro synthesized peptide from influenza A virus polymerase
由来: (合成) Influenza A virus H3N2 (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: Q9YXL3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M sodium nitrate and 20% (w/v) polyethylene glycol 3,350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月13日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 33037 / Num. obs: 33004 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Rsym value: 0.18 / Net I/σ(I): 9.06
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Num. unique all: 3267 / Rsym value: 0.483 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3I6L

3i6l


解像度: 2.4→40.671 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 29.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 1581 5.08 %random
Rwork0.2392 ---
obs0.2417 31150 93.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 24.263 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.5793 Å2-0 Å23.6486 Å2
2---1.8467 Å20 Å2
3----3.7326 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40.671 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6262 0 0 402 6664
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046448
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7088732
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3662346
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05885
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031154
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4035-2.4810.33061460.2742304X-RAY DIFFRACTION83
2.481-2.56970.3681400.27282544X-RAY DIFFRACTION89
2.5697-2.67260.33851220.272578X-RAY DIFFRACTION90
2.6726-2.79420.34691370.26672624X-RAY DIFFRACTION92
2.7942-2.94150.31581320.26022653X-RAY DIFFRACTION93
2.9415-3.12570.29531450.2592720X-RAY DIFFRACTION95
3.1257-3.36690.2981450.23842770X-RAY DIFFRACTION97
3.3669-3.70550.27691430.21962832X-RAY DIFFRACTION98
3.7055-4.24130.2481490.20262807X-RAY DIFFRACTION98
4.2413-5.34160.23271420.18682852X-RAY DIFFRACTION99
5.3416-40.67640.25421800.24112885X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.3064 Å / Origin y: -6.7243 Å / Origin z: -21.5987 Å
111213212223313233
T0.0505 Å20.0024 Å20.0058 Å2-0.0383 Å20.005 Å2--0.0428 Å2
L0.0754 °20.0343 °2-0.0149 °2-0.0724 °20.0084 °2--0.0329 °2
S-0.0042 Å °0.0244 Å °0.0293 Å °-0.008 Å °0.0052 Å °0.0133 Å °-0.0027 Å °0.0009 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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