[日本語] English
万見
- PDB-5wwi: Crystal Structure of HLA-A*2402 in complex with avian influenza A... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wwi
タイトルCrystal Structure of HLA-A*2402 in complex with avian influenza A(H7N9) virus-derived peptide H7-25 (data set 1)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
  • LEU-TYR-LYS-LYS-LEU-LYS-ARG-GLU-MET-THR-PHE
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA-A*2402 / H7N9
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding ...positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / : / : / viral budding from plasma membrane / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / positive regulation of type II interferon production / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / antibacterial humoral response / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / structural constituent of virion / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Matrix protein 1 / Influenza matrix M1, N-terminal / Influenza matrix M1, C-terminal / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza virus matrix protein M1 / Influenza Matrix protein (M1) / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal ...Matrix protein 1 / Influenza matrix M1, N-terminal / Influenza matrix M1, C-terminal / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza virus matrix protein M1 / Influenza Matrix protein (M1) / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix protein 1 / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.194 Å
データ登録者Zhao, M. / Liu, K. / Chai, Y. / Qi, J. / Liu, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of HLA-A*2402 in complex with avian influenza A(H7N9) virus-derived peptide H7-25 (data set 1).
著者: Zhao, M. / Liu, K. / Chai, Y. / Qi, J. / Liu, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2017年1月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.unpublished_flag
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
E: LEU-TYR-LYS-LYS-LEU-LYS-ARG-GLU-MET-THR-PHE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8323
ポリマ－44,8323
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.444, 79.004, 88.048
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain / Aw-24 / HLA class I histocompatibility antigen / A-9 alpha chain / MHC class I antigen A*24


分子量: 31551.889 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 25-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05534, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11819.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド LEU-TYR-LYS-LYS-LEU-LYS-ARG-GLU-MET-THR-PHE


分子量: 1460.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: A0A0X9JHC1*PLUS
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 14% w/v Polyethylene glycol 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: SDMS / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.194→50 Å / Num. obs: 51132 / % possible obs: 94.69 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 33.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
CNSデータ削減
CNSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 3.194→44.322 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3095 392 5.04 %
Rwork0.1894 --
obs0.1955 7779 94.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.194→44.322 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3155 0 0 0 3155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013242
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.284389
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.5181212
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068446
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009574
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1944-3.65650.3861150.27852145X-RAY DIFFRACTION85
3.6565-4.6060.31741330.19462561X-RAY DIFFRACTION99
4.606-44.32630.28051440.15822681X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8164-0.45662.09921.6919-0.64632.3238-0.29260.47260.10410.1348-0.0095-0.1583-0.510.72630.25931.11510.0871-0.03110.69340.03830.650123.5586156.8519-2.6869
23.696-0.5374-0.01432.05580.24242.8573-0.11880.4939-0.3536-0.30510.02450.02421.12780.46320.08971.06250.0860.12080.6729-0.06590.719321.4705150.4154-3.6354
32.98830.6453-0.29230.1267-0.01732.5270.1894-0.8252-0.12060.4637-0.01890.0330.4303-0.84230.44751.20550.0818-0.01010.7475-0.02160.693516.6156156.262110.2397
40.94130.42141.84193.93932.28775.9196-0.1306-1.0294-0.3760.9437-0.0348-0.35151.4082-1.33930.06671.18920.00850.24720.69390.02620.7086.5447148.323110.9377
51.39280.7577-0.67356.75752.29611.7513-0.5045-0.42740.0143-0.91750.5412-0.41620.62520.01030.00890.79430.2686-0.15320.77760.00450.650230.3669165.72739.1899
63.13462.18241.08581.66810.23434.49860.0225-0.27190.0684-0.03560.16590.4935-0.5905-0.3682-0.1070.78450.0850.09170.66930.00270.584226.3586186.22729.4379
72.28631.0931.6374.5283-0.88625.3014-0.2353-1.1969-1.22190.24350.35530.1685-0.68550.82870.03710.8361-0.06940.14990.56330.09890.636717.242174.2983-5.5137
80.0628-0.0435-0.11690.02490.07490.121-0.25950.20910.77170.6659-0.0319-0.73070.21832.44140.15931.6173-0.2048-0.02361.1604-0.02040.92940.2493182.4721-7.5735
94.13680.4523-1.25012.254-1.10333.4265-0.5316-0.7761-0.7206-0.3530.0446-0.33710.15050.43520.06940.726-0.1519-0.06610.6407-0.01910.6726.8252174.1676-7.1216
104.75995.8883-4.89868.5659-5.21165.4952-1.26560.76320.8732-1.05381.02420.34420.1817-0.4350.45440.842-0.26420.06841.03140.08110.62720.3412170.9464-14.2405
111.8565-2.18291.62588.9243-5.45933.40530.65681.91510.8427-0.9634-2.0749-0.4521-0.8206-0.0402-0.0820.9780.15170.07431.1352-0.05940.493930.0001172.9064-19.536
121.658-1.07840.94823.31910.47130.9818-0.09990.344-1.1828-0.38330.09260.1653-0.2058-0.23660.07161.1228-0.03330.13670.49510.0060.386819.2307163.7602-0.2375
137.90751.3125-1.01934.4526-0.89032.227-0.50890.2259-0.03690.23930.0743-0.27261.50530.77920.13280.8772-0.138-0.07920.66580.04840.632328.7504170.6882-9.0351
140.6906-0.6145-1.7151.13592.13154.8452-0.20731.0194-0.28350.2074-0.6071.0738-0.1028-1.3470.48030.8566-0.4645-0.00561.09060.08251.293135.9451187.8113-17.1236
151.56521.6380.2962.11920.18311.4138-0.01140.9694-0.7696-0.50850.4543-0.1368-0.4243-0.1872-0.35050.5793-0.1518-0.10560.8195-0.03950.820316.812176.3523-15.2901
162.87262.87562.77555.84710.05945.215-0.8225-0.35641.8454-0.1842-0.31580.72211.18670.05190.65861.5778-0.0702-0.17280.7112-0.1290.931426.0428185.5065-10.0968
170.3864-0.72260.15641.1894-0.21520.10910.71851.0877-0.0398-0.68820.0243-0.06890.4476-0.3473-0.83041.57030.14620.07480.88460.13180.732818.6083142.65493.4264
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 37 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 103 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 104 through 126 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 127 through 151 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 152 through 197 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 198 through 274 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 20 through 31 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 32 through 40 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 41 through 50 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 51 through 61 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 62 through 71 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 72 through 81 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 82 through 90 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 91 through 97 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 98 through 110 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 111 through 119 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 1 through 11 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る