PDB-4f7k: Crystal structure of Lac15 from a marine microbial metagenome

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f7k

タイトル

Crystal structure of Lac15 from a marine microbial metagenome

要素

Laccase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / extracellular

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Ge, H. / Xiao, Y.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Lac15 from a marine microbial metagenome
著者: Ge, H. / Xiao, Y.

履歴

登録	2012年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f7k.cif.gz	299.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f7k.ent.gz	244.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f7k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4f7k_validation.pdf.gz	454.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4f7k_full_validation.pdf.gz	471.8 KB	表示
XML形式データ	4f7k_validation.xml.gz	32.7 KB	表示
CIF形式データ	4f7k_validation.cif.gz	45.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/4f7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/4f7k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2yxwS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4lm2-2 3qye-1 5z34-d 2aek-2 5wqa-1 3sl4-2 3wd9-1 6ru1-1 3w5e-2 4lm3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Laccase

B: Laccase

ヘテロ分子

93.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Laccase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Laccase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.410, 91.360, 86.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.10, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-698- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 24 - 437 / Label seq-ID: 2 - 415

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Laccase 分子量: 46531.277 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 23-439 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1ACR6, laccase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES, 18% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97916 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 44251 / Num. obs: 41974 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0072	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2YXW

2yxw

解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 15.161 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26534	2234	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21429	-	-	-
obs	0.21687	41974	98.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.471 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.63 Å²	0 Å²	0.55 Å²
2-	-	1.96 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5742	0	30	249	6021

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	5876
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.461	1.956	8028
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.986	5	748
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.928	23.708	267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.114	15	841
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.306	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	898
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.022	4596
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.654	1.5	3736
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.144	2	6029
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.764	3	2140
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.809	4.5	1996
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2770 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.45	0.5
medium thermal	1.22	2

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.376	180	-
R_work	0.29	3000	-
obs	-	-	97.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.796	0.7219	0.0848	2.1222	-0.1051	2.036	-0.1676	0.2146	-0.0904	-0.1711	0.1073	-0.143	-0.0243	0.2351	0.0604	0.0937	-0.06	0.0181	0.1349	0.0015	0.0132	6.1787	42.5168	-20.799
2	3.1927	0.7	-0.3586	3.2671	0.1393	1.6396	-0.1804	0.6539	0.3313	-0.3194	0.1475	0.4468	-0.1181	-0.006	0.0328	0.1628	-0.0952	-0.0772	0.2094	0.0896	0.0864	-9.4086	49.2953	-28.291
3	3.3501	0.4719	-0.483	2.5396	0.8627	2.29	-0.3289	0.7619	-0.5115	-0.6846	0.182	0.2252	0.1687	-0.0169	0.1469	0.3493	-0.1299	-0.017	0.3471	-0.1403	0.1214	-6.7011	29.4144	-36.3242
4	10.4002	1.9858	-4.1227	0.396	-0.6267	3.1698	0.2216	0.4902	-0.9852	-0.0011	0.1021	-0.2625	-0.5088	-0.0888	-0.3237	0.1197	-0.0183	0.1734	0.0304	-0.0953	0.4232	1.0322	27.2839	-30.4184
5	3.4767	-0.1112	-0.451	1.9396	-0.1027	1.6882	-0.0209	-0.3061	0.0418	0.0506	0.1518	0.4643	0.155	-0.2221	-0.1309	0.0611	-0.0626	0.0149	0.1242	0.0542	0.2152	-38.2425	32.6103	-4.6298
6	3.4035	-1.9746	0.7903	4.4161	-1.4702	1.7016	0.0442	-0.044	0.1853	-0.5322	0.3058	1.4318	-0.0563	-0.693	-0.3501	0.2936	-0.0278	-0.1767	0.5167	0.0916	0.7856	-52.0003	43.4338	-17.9552
7	6.0537	0.3625	-0.0706	2.9321	-0.8193	2.2194	0.0143	0.5937	0.7748	-0.3756	0.2979	0.6585	-0.2984	-0.4315	-0.3121	0.1404	0.0195	-0.0359	0.23	0.1615	0.5698	-45.8467	50.644	-16.5929
8	0.4098	1.6493	-2.3045	6.657	-9.2995	12.991	0.5291	0.0338	0.0829	2.2619	0.1066	0.4421	-3.1588	-0.1896	-0.6356	0.7727	0.0457	0.2011	0.0028	0.0045	0.6411	-45.0051	52.1412	-7.3977

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	24 - 169
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	170 - 348
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	349 - 410
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	411 - 438
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	24 - 295
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	296 - 319
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	346 - 410
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	411 - 438

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