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- PDB-4f7f: Structure of Anopheles gambiae odorant binding protein 20 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f7f
タイトルStructure of Anopheles gambiae odorant binding protein 20
要素AGAP005208-PA
キーワードODORANT-BINDING PROTEIN / insect / odoroant binding protein / transport / secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


odorant binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Pheromone/general odorant binding protein domain / Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PG6 / AGAP005208-PA
類似検索 - 構成要素
生物種Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Jones, D.N. / Ziemba, B.P.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: A novel mechanism of ligand binding and release in the odorant binding protein 20 from the malaria mosquito Anopheles gambiae.
著者: Ziemba, B.P. / Murphy, E.J. / Edlin, H.T. / Jones, D.N.
履歴
登録2012年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月7日Group: Database references
改定 1.22012年12月26日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / software / Item: _audit_author.name / _software.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AGAP005208-PA
B: AGAP005208-PA
C: AGAP005208-PA
D: AGAP005208-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0178
ポリマ－53,8044
非ポリマー1,2134
水5,441302
1
A: AGAP005208-PA
B: AGAP005208-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5834
ポリマ－26,9022
非ポリマー6812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: AGAP005208-PA
D: AGAP005208-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4354
ポリマ－26,9022
非ポリマー5332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: AGAP005208-PA
ヘテロ分子

D: AGAP005208-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8495
ポリマ－26,9022
非ポリマー9473
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_565x+1/2,y+3/2,z1
Buried area950 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12340 Å2
手法PISA
4
B: AGAP005208-PA

C: AGAP005208-PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1683
ポリマ－26,9022
非ポリマー2661
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
Buried area870 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.794, 36.374, 96.154
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-266-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
AGAP005208-PA


分子量: 13450.953 Da / 分子数: 4 / 断片: OBP20 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
遺伝子: OBP20, AgaP_AGAP005208 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Q9J3
#2: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.12 %
結晶化温度: 276 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.57
詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate, 0.1 M sodium citrate, 1.9 M ammonium sulfate, pH 5.57, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 276K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→34 Å / Num. all: 54923 / Num. obs: 48493 / % possible obs: 88.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 1.66→1.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
JBluIce-EPICSデータ収集
Blu-IceICEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QDI

3qdi
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.8→24.033 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2508 1859 5.04 %Random
Rwork0.1954 ---
all0.1982 36854 --
obs0.1982 36854 86.59 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.545 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3819 Å20 Å2-2.8249 Å2
2--2.1674 Å20 Å2
3----0.7855 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→24.033 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3636 0 70 302 4008
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113798
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2765067
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5421509
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076582
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006649
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.84870.40981490.3232831X-RAY DIFFRACTION93
1.8487-1.9030.37171530.30582842X-RAY DIFFRACTION92
1.903-1.96440.30781400.21652777X-RAY DIFFRACTION91
1.9644-2.03460.27711480.21662746X-RAY DIFFRACTION88
2.0346-2.1160.25711350.19452655X-RAY DIFFRACTION86
2.116-2.21230.27321300.19762640X-RAY DIFFRACTION86
2.2123-2.32880.28591430.20532630X-RAY DIFFRACTION84
2.3288-2.47460.31211490.20312478X-RAY DIFFRACTION81
2.4746-2.66540.31011250.20972470X-RAY DIFFRACTION79
2.6654-2.93320.25311270.20662458X-RAY DIFFRACTION79
2.9332-3.35670.27871360.20372507X-RAY DIFFRACTION80
3.3567-4.22540.20341490.17282777X-RAY DIFFRACTION88
4.2254-24.03530.18741750.16283184X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2733-5.1001-0.17018.01550.02812.76020.0484-0.5691-0.68070.2512-0.07040.7623-0.015-0.25670.11730.2183-0.04670.00280.1890.01040.160366.892143.123874.7057
25.7005-1.0374-0.89194.6403-1.81642.55050.0045-0.30650.40350.2908-0.01290.3786-0.4583-0.06750.02730.18240.0244-0.02860.1485-0.0430.273179.290350.511469.2118
32.96232.10950.54414.08560.94854.5339-0.1503-0.1267-0.7065-0.04020.0316-0.06270.2253-0.29980.08750.1180.0006-0.00010.09650.00130.176676.821640.307366.9163
44.83451.6557-0.21518.8636-4.22586.711-0.34840.1177-0.5079-0.20720.2081-0.41480.46020.10470.01570.12870.0238-0.01840.23230.00670.323269.584534.523459.8882
52.3217-0.80420.86215.32161.78472.3723-0.1881-0.21150.17830.3478-0.14320.59830.1387-0.44130.33070.1984-0.0106-0.01060.2431-0.05520.179759.945944.415559.7015
64.6294-0.21442.06580.8028-1.11763.1098-0.14850.72650.0882-0.05750.0135-0.2188-0.04930.42160.09930.1413-0.0303-0.00720.2241-0.01640.123275.267843.13955.7639
77.6384-3.0495-0.01278.6778-6.6797.4092-0.4002-0.69430.55790.1333-0.2-0.4189-0.5667-0.04260.50240.25630.0567-0.06370.171-0.05190.184666.91751.624963.9205
86.36512.73471.55843.9311.10163.3032-0.1380.27090.05850.0888-0.0967-0.8412-0.3590.4090.13870.1979-0.0249-0.04110.16410.05720.291762.479925.160768.727
95.00360.8249-0.13293.9043-0.20882.54780.0284-0.27670.44250.05920.0178-0.2168-0.86760.4102-0.05820.263-0.0582-0.00630.1438-0.00430.199849.746232.566274.0973
108.9023-4.3250.54854.7715-0.78123.3935-0.107-0.2303-0.09180.03940.0711-0.21250.13180.13720.0570.1566-0.02270.00510.1236-0.00040.13652.32422.146676.0796
116.77143.3562-3.45275.3576-2.83576.1207-0.6090.0904-0.4451-0.18290.1522-0.45320.67760.36630.25770.19990.0314-0.00610.1570.05570.270859.462916.382983.2372
121.6674-0.0951.9553.2578-0.8752.471-0.27520.66180.6009-0.0483-0.3356-0.8522-0.54620.6943-0.03830.2248-0.0741-0.21030.36480.18860.395368.264626.756184.9371
133.94780.09962.06561.37390.6014.0894-0.1557-0.41050.26330.3371-0.1344-0.1257-0.2002-0.31990.26620.2020.022-0.05260.1908-0.00220.151352.82724.39387.2415
140.34480.08160.59020.01920.13941.0125-0.6660.20940.06310.0151-0.034-0.4378-0.57070.3353-0.14690.4604-0.1505-0.11940.23930.03190.399861.031133.284681.2429
151.3110.0151-0.02567.2724-2.04051.5455-0.2826-0.16920.09540.10790.2998-0.4722-0.34030.1212-0.02260.1744-0.019-0.02460.1522-0.05090.207940.58762.262670.413
164.9202-1.12290.59055.1417-0.06876.1293-0.29480.17290.3212-0.1090.2901-0.1974-0.2942-0.37570.00460.2162-0.04490.03380.1637-0.01790.136435.12710.929862.4393
175.65070.8159-2.07664.4320.52472.46-0.1169-0.25150.2076-0.04590.9099-0.894-0.91510.6493-0.34050.51440.01820.15090.3675-0.10250.2945.50011.930854.4348
182.4245-0.45040.13071.16910.26931.83130.0940.2262-0.1278-0.43670.0469-0.2662-0.20570.3084-0.01170.2298-0.02450.04870.1531-0.03290.14936.1156-1.566555.4918
192.1535-2.4906-1.44038.47825.94265.07730.1106-0.0520.134-0.309-0.20950.0432-0.3956-0.33860.05560.11450.0008-0.02240.12160.02840.119721.68482.286173.6882
207.37120.02282.43485.1516-1.73545.93480.17940.3625-0.0111-0.6121-0.07460.0804-0.08560.2778-0.06630.2446-0.00850.0350.0843-0.01380.107429.530512.610178.5208
215.55792.1940.49684.90130.8894.1582-0.0275-0.36060.3496-0.1852-0.11840.3329-0.0194-0.44040.12120.13250.0120.00420.17240.00380.098624.29849.266285.8509
223.7543-1.0756-4.82273.53090.90517.70820.18830.09320.2736-0.31410.17940.07010.2884-0.6789-0.32550.2214-0.11220.02880.35980.02560.193318.386-1.391489.5023
231.16690.1392-0.04752.86530.70391.63750.0948-0.1356-0.09290.0943-0.0687-0.01470.2437-0.342-0.02530.1631-0.0474-0.02590.17960.03440.103727.7275-3.17488.0649
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 2:21)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 22:39)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 40:52)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 53:62)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 63:88)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 89:113)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 114:120)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resseq 2:21)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resseq 22:39)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 40:52)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 53:62)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 63:89)
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14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resseq 113:120)
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17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resseq 53:62)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resseq 63:120)
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resseq 2:21)
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resseq 22:33)
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resseq 34:52)
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resseq 53:62)
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resseq 63:120)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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