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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4f6d | ||||||
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タイトル | Oxy structure of His100Phe Cerebratulus lacteus mini-hemoglobin | ||||||
要素 | Neural hemoglobin | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT / oxygen-storage / apolar tunnel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Cerebratulus lacteus (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Soman, J. / Salter, M.D. / Olson, J.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Oxy structure of His100Phe Cerebratulus lacteus mini-hemoglobin 著者: Soman, J. / Salter, M.D. / Olson, J.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4f6d.cif.gz | 39.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4f6d.ent.gz | 25.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4f6d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4f6d_validation.pdf.gz | 792.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4f6d_full_validation.pdf.gz | 793.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4f6d_validation.xml.gz | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4f6d_validation.cif.gz | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/4f6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/4f6d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11555.977 Da / 分子数: 1 / 変異: His100Phe / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cerebratulus lacteus (無脊椎動物) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O76242 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-OXY / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.33 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: Protein crystallized from 2.5 mM Ammonium Sulfate and 0.1M sodium Citrate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5412 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5412 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→100 Å / Num. obs: 10039 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 3.639 / Net I/σ(I): 41.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.8→27.074 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8803 / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.01 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.641 Å2 / ksol: 0.385 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 42.84 Å2 / Biso mean: 16.1123 Å2 / Biso min: 6.46 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→27.074 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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