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- PDB-4f6b: Aquomet structure of His100Phe Cerebratulus lacteus mini-hemoglobin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f6b
タイトルAquomet structure of His100Phe Cerebratulus lacteus mini-hemoglobin
要素Neural hemoglobin
キーワードOXYGEN TRANSPORT / oxygen-storage / apolar tunnel
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Neural hemoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Cerebratulus lacteus (無脊椎動物)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Soman, J. / Salter, M.D. / Olson, J.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Aquomet structure of His100Phe Cerebratulus lacteus mini-hemoglobin
著者: Soman, J. / Salter, M.D. / Olson, J.S.
履歴
登録2012年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neural hemoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3614
ポリマ－11,5561
非ポリマー8053
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.680, 43.470, 59.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Neural hemoglobin / NrHb


分子量: 11555.977 Da / 分子数: 1 / 変異: His100Phe / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cerebratulus lacteus (無脊椎動物)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O76242
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: Protein crystallized from 2.5 mM Ammonium Sulfate and 0.1M sodium Citrate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5412 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5412 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 13828 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.343 / Net I/σ(I): 49.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.64-1.673.40.1126761.992198.1
1.67-1.73.50.1016791.919198.3
1.7-1.733.50.0876721.807198.4
1.73-1.773.50.0866551.734197.9
1.77-1.813.50.0836941.833197.5
1.81-1.853.40.0766801.652197.3
1.85-1.893.40.0716691.637197
1.89-1.943.30.0646671.619197.4
1.94-23.30.066671.405198.2
2-2.073.30.0567001.41197.8
2.07-2.143.20.0536831.225198.6
2.14-2.233.20.0516801.223198.1
2.23-2.333.20.0486911.129197.6
2.33-2.453.20.0517081.14199.4
2.45-2.63.20.0516851.064198.7
2.6-2.83.30.0496960.957198.4
2.8-3.093.30.0497160.9198.5
3.09-3.533.30.0467130.774198.3
3.53-4.453.40.0457180.706198.6
4.45-503.30.0487790.737196.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.64→24.545 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8827 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2019 1379 10 %
Rwork0.1801 --
obs0.1823 13789 97.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.958 Å2 / ksol: 0.381 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 50.56 Å2 / Biso mean: 18.6798 Å2 / Biso min: 5.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8472 Å2-0 Å20 Å2
2---3.0707 Å20 Å2
3---3.9178 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→24.545 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数815 0 54 148 1017
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007904
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9431235
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069119
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004157
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8300
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6404-1.6990.31071350.30211208134397
1.699-1.7670.28631330.24051195132898
1.767-1.84740.2611370.21611232136997
1.8474-1.94470.19521340.17871203133797
1.9447-2.06650.18791360.16821226136298
2.0665-2.2260.18581370.16431232136998
2.226-2.44980.18231400.17151254139499
2.4498-2.80390.19051380.18051241137999
2.8039-3.53090.20741430.17821278142198
3.5309-24.54810.18861460.16521341148798
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.6975 Å / Origin y: 35.8164 Å / Origin z: 10.5637 Å
111213212223313233
T0.0684 Å2-0.0034 Å20.0005 Å2-0.0893 Å20.0011 Å2--0.0814 Å2
L0.4003 °20.2391 °2-0.6015 °2-0.7054 °2-0.1412 °2--0.9945 °2
S0.0005 Å °-0.0459 Å °0.024 Å °0.0295 Å °0.018 Å °-0.0168 Å °0.011 Å °0.1309 Å °-0.0191 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA0 - 1112
2X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 448

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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