PDB-4f62: Crystal structure of a putative farnesyl-diphosphate synthase fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f62

タイトル

Crystal structure of a putative farnesyl-diphosphate synthase from Marinomonas sp. MED121 (Target EFI-501980)

要素

Geranyltranstransferase

キーワード

TRANSFERASE / Enzyme Function Initiative / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

prenyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Marinomonas sp. MED121 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.101 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. ...

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Prediction of function for the polyprenyl transferase subgroup in the isoprenoid synthase superfamily.
著者: Wallrapp, F.H. / Pan, J.J. / Ramamoorthy, G. / Almonacid, D.E. / Hillerich, B.S. / Seidel, R. / Patskovsky, Y. / Babbitt, P.C. / Almo, S.C. / Jacobson, M.P. / Poulter, C.D.

履歴

登録	2012年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月3日	Group: Database references
改定 1.2	2013年4月10日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2018年1月31日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.5	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f62.cif.gz	217.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f62.ent.gz	175.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f62.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4f62_validation.pdf.gz	460.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4f62_full_validation.pdf.gz	463.4 KB	表示
XML形式データ	4f62_validation.xml.gz	21 KB	表示
CIF形式データ	4f62_validation.cif.gz	29.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/4f62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/4f62	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lomC 3lvsC 3mzvC 3nf2C 3oyrC 3p41C 3p8lC 3p8rC 3pdeC 3pkoC 3q1oC 3q2qC 3qqvC 3rmgC 3ts7C 3ucaC 4dhdC 4fp4C 3lsnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3hqp-8 3hqp-13 3hqp-16 3hqp-4 6sxl-d 3e0w-d 3hqp-3 5gnh-3 5xn6-1 3hqp-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-501980

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Geranyltranstransferase

B: Geranyltranstransferase

ヘテロ分子

70.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.491, 96.491, 156.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Geranyltranstransferase / isoprenoid synthase 分子量: 35103.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Marinomonas sp. MED121 (バクテリア) 遺伝子: MED121_18165 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A3YCB7, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.91 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: protein: 10 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 1 mM DTT, 5 mM magnesium chloride, reservoir: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 1.6 M ammonium sulfate, ...詳細: protein: 10 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 1 mM DTT, 5 mM magnesium chloride, reservoir: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 1.6 M ammonium sulfate, cryoprotectant: reservoir + 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.91 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: protein: 10 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 1 mM DTT, 5 mM magnesium chloride, reservoir: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 1.6 M ammonium sulfate, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月3日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 49760 / Num. obs: 49760 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.8 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Χ²: 1.319 / Net I/σ(I): 10.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	11.7	0.751	2470	1.057	1	100
2.14-2.18	11.7	0.659	2436	1.086	1	100
2.18-2.22	11.7	0.591	2447	1.133	1	100
2.22-2.26	11.6	0.518	2455	1.274	1	100
2.26-2.31	11.8	0.466	2446	1.197	1	100
2.31-2.37	11.8	0.378	2463	1.3	1	100
2.37-2.42	11.9	0.324	2464	1.33	1	100
2.42-2.49	11.8	0.276	2466	1.401	1	100
2.49-2.56	11.9	0.236	2454	1.473	1	100
2.56-2.65	11.9	0.198	2459	1.516	1	100
2.65-2.74	11.8	0.176	2503	1.695	1	100
2.74-2.85	11.9	0.144	2472	1.565	1	100
2.85-2.98	11.9	0.117	2471	1.547	1	100
2.98-3.14	11.9	0.1	2487	1.438	1	100
3.14-3.33	12	0.086	2489	1.304	1	100
3.33-3.59	11.9	0.08	2507	1.275	1	100
3.59-3.95	11.8	0.072	2496	1.465	1	100
3.95-4.52	11.8	0.056	2539	1.316	1	100
4.52-5.7	11.5	0.04	2561	0.963	1	99.9
5.7-50	11.4	0.034	2675	1.038	1	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LSN

3lsn

解像度: 2.101→41.059 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / FOM work R set: 0.862 / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.53 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2029	1897	4.01 %	RANDOM
R_work	0.1771	-	-	-
all	0.1782	47352	-	-
obs	0.1782	47352	95.19 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.814 Å² / k_sol: 0.354 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 132.89 Å² / B_iso mean: 53.5003 Å² / B_iso min: 26.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.3175 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.3175 Å²	0 Å²
3-	-	-	6.6351 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.101→41.059 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3985	0	18	157	4160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4082
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.012	5522
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	650
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	712
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.624	1497

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.101-2.1539	0.2469	123	0.2145	3023	3146	90
2.1539-2.2121	0.2655	128	0.2002	3008	3136	90
2.2121-2.2772	0.2032	118	0.1877	3025	3143	90
2.2772-2.3507	0.2239	128	0.1886	3113	3241	92
2.3507-2.4347	0.2026	131	0.1902	3118	3249	93
2.4347-2.5321	0.293	135	0.1948	3171	3306	94
2.5321-2.6474	0.2311	140	0.1948	3198	3338	95
2.6474-2.7869	0.2208	137	0.1941	3280	3417	96
2.7869-2.9615	0.2468	137	0.1976	3276	3413	97
2.9615-3.1901	0.2324	141	0.1944	3338	3479	98
3.1901-3.5109	0.2427	141	0.1836	3395	3536	99
3.5109-4.0186	0.1723	148	0.1638	3432	3580	100
4.0186-5.0615	0.1656	143	0.1444	3469	3612	100
5.0615-41.0671	0.1771	147	0.1785	3609	3756	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8736	0.1151	1.173	1.5901	0.5235	4.81	0.0766	0.1885	-0.4631	0.0397	0.0005	-0.1027	0.4883	-0.1846	-0.0845	0.1797	0.0064	-0.0379	0.2834	-0.1251	0.3347	26.8882	32.4853	37.9775
2	4.2132	-0.2815	0.8573	1.2144	0.2711	1.3017	-0.0648	0.1488	-0.0694	-0.0075	0.0445	0.0665	-0.0056	-0.127	0.0448	0.2728	0.031	-0.0373	0.3849	-0.0809	0.3168	11.772	44.1015	30.9979
3	4.4017	1.1556	2.6019	1.161	0.2581	3.3518	-0.4812	-0.7098	1.2668	0.4524	-0.2563	0.422	-0.5694	-0.5226	0.6683	0.52	0.1269	-0.1469	0.4458	-0.2202	0.5351	30.6006	56.0386	57.5983
4	8.5955	0.7503	-2.1593	2.9613	-1.1502	4.2438	-0.0103	-0.4459	0.6988	0.2616	-0.2552	-0.0716	-0.928	0.2676	0.2638	0.4743	-0.0231	-0.1861	0.3503	-0.0551	0.3662	42.9597	51.7561	58.8931
5	4.5441	1.8371	0.0399	3.704	-1.3952	3.4405	-0.015	-0.4558	-0.1119	0.3329	-0.0888	0.0238	-0.1224	-0.3545	0.0537	0.3277	0.0579	-0.0333	0.4618	-0.0868	0.3128	27.4583	43.8103	54.6276
6	3.441	-0.171	0.7882	2.4308	-0.4544	4.0474	0.0283	0.2157	-0.4638	0.1635	0.0738	-0.2448	0.0844	-0.2071	-0.1824	0.2018	-0.0065	-0.0888	0.2275	-0.0867	0.3043	38.0502	34.8431	53.8229
7	3.5443	0.1874	-0.8686	5.7766	-2.1765	5.735	0.0317	0.2369	-0.0288	0.1211	-0.1109	-0.5293	-0.2061	0.3503	0.0882	0.3331	-0.0556	-0.1248	0.4376	-0.0127	0.376	47.3459	45.4456	52.4121
8	2.3203	-0.2069	-0.2807	3.7213	-2.0211	3.2343	-0.1428	0.1505	-0.2003	0.3499	-0.0217	-0.0478	-0.1765	-0.0276	0.1557	0.4519	-0.0502	-0.1366	0.3159	0.005	0.4113	49.9913	38.6503	68.3226

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 0:146)	A	0 - 146
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 147:290)	A	147 - 290
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resseq 0:39)	B	0 - 39
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 40:62)	B	40 - 62
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 63:125)	B	63 - 125
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 126:179)	B	126 - 179
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 180:198)	B	180 - 198
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 199:290)	B	199 - 290

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)