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万見
- PDB-4f60: Crystal structure of Rhodococcus rhodochrous haloalkane dehalogen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f60
タイトルCrystal structure of Rhodococcus rhodochrous haloalkane dehalogenase mutant (T148L, G171Q, A172V, C176F).
要素Haloalkane dehalogenase
キーワードHYDROLASE / mutation in access tunnel
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / response to toxic substance
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLUORIDE ION / Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus rhodochrous (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Plevaka, M. / Kuta-Smatanova, I. / Rezacova, P.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: Engineering enzyme stability and resistance to an organic cosolvent by modification of residues in the access tunnel.
著者: Koudelakova, T. / Chaloupkova, R. / Brezovsky, J. / Prokop, Z. / Sebestova, E. / Hesseler, M. / Khabiri, M. / Plevaka, M. / Kulik, D. / Kuta Smatanova, I. / Rezacova, P. / Ettrich, R. / ...著者: Koudelakova, T. / Chaloupkova, R. / Brezovsky, J. / Prokop, Z. / Sebestova, E. / Hesseler, M. / Khabiri, M. / Plevaka, M. / Kulik, D. / Kuta Smatanova, I. / Rezacova, P. / Ettrich, R. / Bornscheuer, U.T. / Damborsky, J.
履歴
登録2012年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2852
ポリマ－34,2661
非ポリマー191
水9,008500
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.018, 69.930, 85.352
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Haloalkane dehalogenase


分子量: 34266.082 Da / 分子数: 1 / 変異: T148L, G171Q, A172V, C176F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus rhodochrous (バクテリア)
遺伝子: dhaA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A3G2, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド


分子量: 18.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M BisTris propane pH6.5, 0.2M Sodium Fluoride,20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月18日
放射モノクロメーター: Si 111 double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 56080 / Num. obs: 53781 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 65.84
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 74.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MarDBデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.3.0037精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3FBW

3fbw


解像度: 1.45→29.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.908 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17109 2721 5.1 %RANDOM
Rwork0.15 ---
all0.15108 53223 --
obs0.15108 50998 95.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.683 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→29.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2342 0 1 500 2843
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222473
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4671.9593396
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4845305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.43823.607122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.63615380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8961517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.21257
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.21694
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2390
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.150.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2210.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7541.51515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0922426
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74531093
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6774.5962
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.486 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 160 -
Rwork0.179 2698 -
obs--70.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6288-0.5244-0.318811.2964-0.77192.04330.0418-0.1039-0.0812-0.09830.0120.6348-0.0036-0.1254-0.0538-0.0788-0.00030.0354-0.1010.0188-0.0672-33.1649.35320.73
21.60330.25910.0171.5604-0.65851.52420.0178-0.0575-0.1649-0.0074-0.0208-0.0930.18220.12920.003-0.01940.00860.0146-0.11420.0215-0.082-19.906-3.53720.679
30.86890.01890.09731.4702-0.06570.9275-0.0083-0.0333-0.06210.0134-0.00660.04640.0812-0.00180.0149-0.0892-0.00150.009-0.13910.0117-0.1464-22.346.61716.293
41.23091.1906-1.15193.0422-0.18612.4858-0.0061-0.2332-0.10740.2624-0.0585-0.29510.16980.37640.0647-0.02420.0336-0.0581-0.01750.0473-0.0925-7.8966.08127.429
51.0477-0.1493-0.18631.2256-0.26551.2563-0.0508-0.037-0.1129-0.0479-0.0333-0.09440.18060.10380.0842-0.08780.02030.017-0.11810.0174-0.1142-11.2236.31711.337
62.10532.14240.698211.19435.20932.72860.08820.21730.4557-0.18490.1603-0.4129-0.40530.1341-0.2485-0.0251-0.03650.0286-0.02120.0008-0.0025-5.34226.18813.753
71.6955-0.0015-0.05191.4413-0.08041.3810.0104-0.20260.22360.26180.0177-0.1509-0.14440.1476-0.0281-0.0106-0.0073-0.0337-0.0623-0.0499-0.0667-13.57126.35928.068
80.53021.5854-1.16898.4467-5.46614.58640.0698-0.33020.11640.4274-0.03480.3444-0.08720.146-0.0349-0.05090.00810.039-0.0745-0.019-0.0573-31.3622.1223.957
93.24850.17971.78351.42530.53273.44110.0179-0.2488-0.11050.27750.03970.08560.15680.0049-0.05770.02070.00390.0333-0.06730.0121-0.1266-24.04713.03232.433
101.35870.3363-2.01292.2809-0.86175.14110.0628-0.18780.10590.20240.0449-0.1857-0.10.3345-0.1077-0.0640.004-0.0572-0.0268-0.0195-0.0921-7.39218.35227.224
111.9296-0.4088-0.51650.7620.21890.8128-0.0107-0.02610.0889-0.0398-0.0004-0.1384-0.01810.13970.0111-0.1001-0.00360.0118-0.11040.0243-0.1115-8.76917.5798.328
128.1211-7.553-5.68219.84213.09298.61180.1447-0.15850.4769-0.22040.1888-0.6798-0.54480.2047-0.3335-0.0658-0.02760.0346-0.07980.0233-0.0357-14.09426.6895.265
133.9023-2.7244-1.91593.05811.19771.37890.12670.3840.3406-0.2355-0.1423-0.3126-0.1311-0.06780.0155-0.05380.00750.0099-0.05070.0441-0.0837-16.87919.5420.247
140.77850.0696-0.18611.44960.6091.64710.00340.00040.06170.0242-0.04170.10770.0162-0.10570.0384-0.11370.0090.0007-0.13650.003-0.135-26.34317.60610.959
1516.3442-0.24251.086812.76711.38515.1974-0.09440.7079-0.3691-0.82540.1603-0.24510.27860.1265-0.0659-0.05-0.00260.0145-0.0766-0.0386-0.1183-21.7026.645-0.735
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2A11 - 32
3X-RAY DIFFRACTION3A33 - 70
4X-RAY DIFFRACTION4A71 - 87
5X-RAY DIFFRACTION5A88 - 132
6X-RAY DIFFRACTION6A133 - 137
7X-RAY DIFFRACTION7A138 - 177
8X-RAY DIFFRACTION8A178 - 183
9X-RAY DIFFRACTION9A184 - 197
10X-RAY DIFFRACTION10A198 - 214
11X-RAY DIFFRACTION11A215 - 246
12X-RAY DIFFRACTION12A247 - 255
13X-RAY DIFFRACTION13A256 - 267
14X-RAY DIFFRACTION14A268 - 288
15X-RAY DIFFRACTION15A289 - 293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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