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- PDB-4f5x: Location of the dsRNA-dependent polymerase, VP1, in rotavirus par... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f5x
タイトルLocation of the dsRNA-dependent polymerase, VP1, in rotavirus particles
要素
  • Intermediate capsid protein VP6
  • RNA-directed RNA polymerase
  • VP2 protein
キーワードVIRUS / beta-jellyroll / polymerase / transcriptase
機能・相同性
機能・相同性情報


viral intermediate capsid / T=2 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral genome replication / virion component / viral nucleocapsid / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / RNA-directed RNA polymerase / nucleotide binding ...viral intermediate capsid / T=2 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / viral genome replication / virion component / viral nucleocapsid / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / RNA-directed RNA polymerase / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / viral envelope / DNA-templated transcription / structural molecule activity / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP1 RNA-directed RNA polymerase, C-terminal / Viral RNA-directed RNA polymerase, 4-helical domain / Rotavirus VP1 C-terminal domain / RNA-directed RNA polymerase, luteovirus / Viral RNA-directed RNA-polymerase / Rotavirus VP2 / Rotavirus VP2 protein / Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Virus capsid protein, alpha-helical ...Rotavirus VP1 RNA-directed RNA polymerase, C-terminal / Viral RNA-directed RNA polymerase, 4-helical domain / Rotavirus VP1 C-terminal domain / RNA-directed RNA polymerase, luteovirus / Viral RNA-directed RNA-polymerase / Rotavirus VP2 / Rotavirus VP2 protein / Rotavirus A/C, major capsid protein VP6 / Rotavirus major capsid protein VP6 / Virus capsid protein, alpha-helical / RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile. / Viral capsid/haemagglutinin protein / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Intermediate capsid protein VP6 / Inner capsid protein VP2 / RNA-directed RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine rotavirus A (ウイルス)
Bovine rotavirus (ウイルス)
Simian 11 rotavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5 Å
データ登録者Estrozi, L.F. / Settembre, E.C. / Goret, G. / McClain, B. / Zhang, X. / Chen, J.Z. / Grigorieff, N. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2013
タイトル: Location of the dsRNA-dependent polymerase, VP1, in rotavirus particles.
著者: Leandro F Estrozi / Ethan C Settembre / Gaël Goret / Brian McClain / Xing Zhang / James Z Chen / Nikolaus Grigorieff / Stephen C Harrison /
要旨: Double-stranded RNA (dsRNA) viruses transcribe and replicate RNA within an assembled, inner capsid particle; only plus-sense mRNA emerges into the intracellular milieu. During infectious entry of a ...Double-stranded RNA (dsRNA) viruses transcribe and replicate RNA within an assembled, inner capsid particle; only plus-sense mRNA emerges into the intracellular milieu. During infectious entry of a rotavirus particle, the outer layer of its three-layer structure dissociates, delivering the inner double-layered particle (DLP) into the cytosol. DLP structures determined by X-ray crystallography and electron cryomicroscopy (cryoEM) show that the RNA coils uniformly into the particle interior, avoiding a "fivefold hub" of more structured density projecting inward from the VP2 shell of the DLP along each of the twelve 5-fold axes. Analysis of the X-ray crystallographic electron density map suggested that principal contributors to the hub are the N-terminal arms of VP2, but reexamination of the cryoEM map has shown that many features come from a molecule of VP1, randomly occupying five equivalent and partly overlapping positions. We confirm here that the electron density in the X-ray map leads to the same conclusion, and we describe the functional implications of the orientation and position of the polymerase. The exit channel for the nascent transcript directs the nascent transcript toward an opening along the 5-fold axis. The template strand enters from within the particle, and the dsRNA product of the initial replication step exits in a direction tangential to the inner surface of the VP2 shell, allowing it to coil optimally within the DLP. The polymerases of reoviruses appear to have similar positions and functional orientations.
履歴
登録2012年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月7日Group: Database references
改定 1.22013年1月16日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: VP2 protein
B: VP2 protein
C: Intermediate capsid protein VP6
D: Intermediate capsid protein VP6
E: Intermediate capsid protein VP6
F: Intermediate capsid protein VP6
G: Intermediate capsid protein VP6
H: Intermediate capsid protein VP6
I: Intermediate capsid protein VP6
J: Intermediate capsid protein VP6
K: Intermediate capsid protein VP6
L: Intermediate capsid protein VP6
M: Intermediate capsid protein VP6
N: Intermediate capsid protein VP6
O: Intermediate capsid protein VP6
W: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)915,00721
ポリマ－914,68016
非ポリマー3275
水00
1
A: VP2 protein
B: VP2 protein
C: Intermediate capsid protein VP6
D: Intermediate capsid protein VP6
E: Intermediate capsid protein VP6
F: Intermediate capsid protein VP6
G: Intermediate capsid protein VP6
H: Intermediate capsid protein VP6
I: Intermediate capsid protein VP6
J: Intermediate capsid protein VP6
K: Intermediate capsid protein VP6
L: Intermediate capsid protein VP6
M: Intermediate capsid protein VP6
N: Intermediate capsid protein VP6
O: Intermediate capsid protein VP6
W: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,900,4271260
ポリマ－54,880,804960
非ポリマー19,623300
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: VP2 protein
B: VP2 protein
C: Intermediate capsid protein VP6
D: Intermediate capsid protein VP6
E: Intermediate capsid protein VP6
F: Intermediate capsid protein VP6
G: Intermediate capsid protein VP6
H: Intermediate capsid protein VP6
I: Intermediate capsid protein VP6
J: Intermediate capsid protein VP6
K: Intermediate capsid protein VP6
L: Intermediate capsid protein VP6
M: Intermediate capsid protein VP6
N: Intermediate capsid protein VP6
O: Intermediate capsid protein VP6
W: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 4.58 MDa, 80 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,575,036105
ポリマ－4,573,40080
非ポリマー1,63525
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: VP2 protein
B: VP2 protein
C: Intermediate capsid protein VP6
D: Intermediate capsid protein VP6
E: Intermediate capsid protein VP6
F: Intermediate capsid protein VP6
G: Intermediate capsid protein VP6
H: Intermediate capsid protein VP6
I: Intermediate capsid protein VP6
J: Intermediate capsid protein VP6
K: Intermediate capsid protein VP6
L: Intermediate capsid protein VP6
M: Intermediate capsid protein VP6
N: Intermediate capsid protein VP6
O: Intermediate capsid protein VP6
W: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 5.49 MDa, 96 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,490,043126
ポリマ－5,488,08096
非ポリマー1,96230
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: VP2 protein
B: VP2 protein
C: Intermediate capsid protein VP6
D: Intermediate capsid protein VP6
E: Intermediate capsid protein VP6
F: Intermediate capsid protein VP6
G: Intermediate capsid protein VP6
H: Intermediate capsid protein VP6
I: Intermediate capsid protein VP6
J: Intermediate capsid protein VP6
K: Intermediate capsid protein VP6
L: Intermediate capsid protein VP6
M: Intermediate capsid protein VP6
N: Intermediate capsid protein VP6
O: Intermediate capsid protein VP6
W: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 54.9 MDa, 960 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,900,4271260
ポリマ－54,880,804960
非ポリマー19,623300
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)740.750, 1198.070, 1345.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.49847401, -0.78340814, 0.37120795), (0.83204271, 0.31213818, -0.45855718), (0.24336926, 0.53743971, 0.8074218)69.78711, -140.57816, -31.90219
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17generate(0.33929298, -0.51880776, -0.78467748), (-0.51880777, -0.79902717, 0.30396394), (-0.78467751, 0.30396395, -0.54026581)330.10482, 89.6037, 504.18164
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19generate(-0.99849028, -0.05482283, 0.0034076), (-0.05482284, 0.99079896, -0.12374117), (0.0034076, -0.12374115, -0.99230868)548.12027, 38.32974, 373.82304
20generate(-0.54250709, 0.7669445, -0.34275676), (0.7669445, 0.28571143, -0.57459996), (-0.34275676, -0.57459996, -0.74320434)486.0367, -100.83326, 423.11296
21generate(-0.49991079, -0.83007134, -0.24712498), (0.8231746, -0.36670028, -0.43349104), (0.26920771, -0.42013387, 0.86661107)460.19545, -141.22833, -47.82575
22generate(-0.99998997, -0.00027755, -0.00446979), (-0.00027755, -0.99231814, 0.12371188), (-0.00446978, 0.12371187, 0.99230811)549.88185, -18.40199, 2.37634
23generate(-0.49978775, 0.78091141, -0.37468596), (-0.79568176, -0.24303527, 0.55481925), (0.34220278, 0.57542264, 0.74282302)480.27705, 117.13022, -46.98358
24generate(0.3094334, 0.43391895, -0.84614733), (-0.46381645, 0.84566488, 0.26405532), (0.8301357, 0.31074951, 0.46293571)347.57253, 78.06739, -127.69177
25generate(0.30935736, -0.56172314, -0.76731031), (0.5366918, 0.7692357, -0.34675402), (0.78502226, -0.30453825, 0.53944094)335.16142, -81.60697, -128.21226
26generate(0.02976412, -0.0634285, -0.99754243), (-0.998959, 0.03262723, -0.03188099), (0.03456921, 0.9974529, -0.06239135)453.99489, 282.54628, 187.80042
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-
要素

#1: タンパク質 VP2 protein


分子量: 102595.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bovine rotavirus A (ウイルス) / 参照: UniProt: H9N1A6
#2: タンパク質
Intermediate capsid protein VP6


分子量: 44922.645 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bovine rotavirus (ウイルス) / 株: RV-A / 参照: UniProt: A7J3A1
#3: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase / Protein VP1


分子量: 125495.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 10922 / 由来: (天然) Simian 11 rotavirus (ウイルス) / 株: SA11 / 参照: UniProt: O37061, RNA-directed RNA polymerase
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 150

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→223 Å / Num. obs: 1823596 / % possible obs: 20.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KZ4 AND 2R7S

3kz4

2r7s


解像度: 5→30 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
Rfree0.2958 -
Rwork0.2931 -
obs-908231
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数62009 0 5 0 62014

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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