PDB-4f46: Crystal structure of wild type human CD38 in complex with NAADP a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f46

タイトル

Crystal structure of wild type human CD38 in complex with NAADP and ADPRP

要素

ADP-ribosyl cyclase 1

キーワード

HYDROLASE / CD38 / ADP-ribosyl cyclase / NAADP / Calcium signaling

機能・相同性

機能・相同性情報

2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / artery smooth muscle contraction / Nicotinate metabolism / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / NAD metabolic process / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / long-term synaptic depression / negative regulation of bone resorption ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Zhang, H. / Lee, H.C. / Hao, Q.

引用

ジャーナル: MESSENGER / 年: 2013
タイトル: Crystal Structures of Human CD38 in Complex with NAADP and ADPRP
著者: Zhang, H. / Graeff, R. / Lee, H.C. / Hao, Q.

履歴

登録	2012年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f46.cif.gz	228.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f46.ent.gz	184.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f46.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4f46_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4f46_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	4f46_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	4f46_validation.cif.gz	35.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/4f46 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/4f46	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4f45C 1yh3S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3i9m-2 3i9n-2 2o3s-1 3dzg-2 3dzh-1 3i9n-1 3i9m-1 3rom-2 3rop-2 1yh3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ADP-ribosyl cyclase 1

B: ADP-ribosyl cyclase 1

ヘテロ分子

61 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ADP-ribosyl cyclase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ADP-ribosyl cyclase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.848, 53.683, 63.380
Angle α, β, γ (deg.)	110.350, 91.420, 94.530
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	ADP-ribosyl cyclase 1 / Cyclic ADP-ribose hydrolase 1 / cADPr hydrolase 1 / T10 分子量: 29812.738 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 46-300 / 変異: Q49T, N100D, N164A, N209D, N219D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD38 / プラスミド: pPICZalpha / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: P28907, NAD+ glycohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-DVN / [[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-oxidanyl-4-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate 分子量: 639.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₅O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-DN4 / [[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-oxidanyl-4-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4R,5R)-5-(3-carboxypyridin-1-ium-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl phosphate / Nicotinic acid adenine dinucleotide phosphate 分子量: 744.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₆O₁₈P₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.8 % / Mosaicity: 0.389 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.0, 15% PEG 10K, 0.2M ammonium acetate, 3% isopropanol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.97623 Å

検出器

タイプ: MX225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97623 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.69→100 Å / Num. obs: 53940 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Χ²: 1.649 / Net I/σ(I): 17.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.76	4.3	0.213	3904	1.006	1	68.5
1.76-1.83	5.1	0.184	4755	1.103	1	83.6
1.83-1.91	6.2	0.166	5614	1.113	1	99.2
1.91-2.02	7.3	0.144	5665	1.28	1	100
2.02-2.14	7.5	0.119	5683	1.417	1	100
2.14-2.31	7.6	0.101	5672	1.515	1	100
2.31-2.54	7.7	0.089	5681	1.659	1	100
2.54-2.91	7.8	0.08	5646	2.25	1	100
2.91-3.66	8	0.082	5683	2.479	1	100
3.66-100	7.8	0.067	5637	1.779	1	99.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YH3

1yh3

解像度: 1.69→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / WR_factor R_free: 0.2202 / WR_factor R_work: 0.1852 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8856 / SU B: 3.825 / SU ML: 0.065 / SU R Cruickshank DPI: 0.1084 / SU R_free: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1948	2718	5 %	RANDOM
R_work	0.1664	-	-	-
obs	0.1679	53915	94.14 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.07 Å² / B_iso mean: 31.0308 Å² / B_iso min: 10.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.12 Å²	-0.06 Å²	0.08 Å²
2-	-	0.4 Å²	0.45 Å²
3-	-	-	1.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4058	0	66	392	4516

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.02	4268
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2935
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.209	1.954	5812
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.867	3.012	7117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.57	5	506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.896	24.272	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.033	15	734
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.669	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	630
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4653
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	882

LS精密化シェル

解像度: 1.694→1.738 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	127	-
R_work	0.225	2304	-
all	-	2431	-
obs	-	-	57.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1352	0.1249	-0.5586	1.6905	-1.2439	3.5417	0.0538	-0.0208	0.161	-0.0347	-0.0462	-0.0721	-0.215	0.1096	-0.0075	0.0997	0.0059	0.0017	0.0232	-0.0178	0.0728	-399.8	-918.431	8.491
2	6.8586	-0.2498	1.9958	5.2371	-1.2799	5.8814	-0.1199	0.2539	-0.1074	0.0599	-0.0307	-0.5635	0.0622	0.4461	0.1505	0.1404	-0.0204	0.003	0.1157	-0.0505	0.1306	-396.099	-932.806	-7.713
3	3.0833	0.4185	-0.6226	1.3035	-0.3124	6.1528	-0.0413	-0.1261	-0.1232	-0.0361	-0.0096	0.0277	0.1495	-0.102	0.051	0.0272	0.0114	-0.0102	0.0168	0.0069	0.0536	-401.522	-926.037	9.723
4	5.7006	-0.7587	-0.204	4.5937	-0.117	3.2814	-0.2063	-0.3467	-0.3074	0.3582	0.1639	0.142	0.1486	-0.2738	0.0423	0.1614	-0.0496	0.0105	0.1252	-0.0205	0.1027	-407.347	-937.138	-3.74
5	5.1397	-2.5957	0.1666	2.4564	0.0405	1.1442	-0.0652	0.136	-0.2202	-0.0232	-0.0251	-0.0074	0.1719	0.0532	0.0904	0.2484	-0.0227	0.0413	0.1512	-0.0497	0.1699	-400.044	-945.76	-10.227
6	3.8285	-1.4705	0.1935	2.4726	-0.0057	0.4697	0.2085	0.224	-1.0172	-0.0719	-0.0846	0.1667	0.1496	0.0465	-0.124	0.149	0.0064	-0.0589	0.1597	-0.0303	0.3474	-418.427	-952.341	24.609
7	7.676	3.8184	-3.392	8.6064	0.1921	6.2432	0.1147	-0.3938	-0.0498	0.7379	-0.1391	0.4813	0.2746	-0.1847	0.0243	0.1721	0.0196	0.0298	0.0736	0.0335	0.0873	-428.163	-937.424	33.962
8	13.8985	-1.6211	1.5358	1.4839	-1.1328	2.0184	0.2455	-0.247	-1.3317	0.0693	-0.1834	-0.0913	0.106	0.335	-0.062	0.1378	-0.0059	-0.0654	0.1171	0.0623	0.2752	-411.478	-951.572	29.268
9	8.8212	-7.6313	1.9526	7.7281	-2.1657	1.2982	0.2591	0.4647	-0.145	-0.2624	-0.2859	-0.0374	0.1077	0.1774	0.0269	0.0654	-0.0058	0.0028	0.0865	-0.0024	0.0592	-416.371	-940.117	22.525
10	2.5739	-0.1327	-1.613	2.1612	0.0749	3.9132	0.0234	-0.2591	0.1188	0.3117	0.016	0.057	-0.1575	0.1159	-0.0394	0.1292	-0.0045	-0.0021	0.1006	-0.0009	0.0591	-424.079	-925.093	33.62

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	44 - 116
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	117 - 140
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	141 - 193
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	194 - 233
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	234 - 291
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	45 - 123
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	124 - 145
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	146 - 178
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	179 - 203
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	204 - 296

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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