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万見
- PDB-4f3m: Crystal structure of CRISPR-associated protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f3m
タイトルCrystal structure of CRISPR-associated protein
要素BH0337 protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / CRISPR / ferredoxin fold / endoribonuclease / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclease activity / maintenance of CRISPR repeat elements / RNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2660 / CRISPR pre-crRNA endoribonuclease Cas5d / CRISPR-associated protein, Cas5 / CRISPR-associated protein (Cas_Cas5) / CRISPR-associated protein Cas5, N-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
pre-crRNA processing endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Ke, A. / Nam, K.H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Cas5d Protein Processes Pre-crRNA and Assembles into a Cascade-like Interference Complex in Subtype I-C/Dvulg CRISPR-Cas System.
著者: Nam, K.H. / Haitjema, C. / Liu, X. / Ding, F. / Wang, H. / Delisa, M.P. / Ke, A.
履歴
登録2012年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Data collection / Database references
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BH0337 protein
B: BH0337 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7129
ポリマ－54,2432
非ポリマー4687
水7,837435
1
A: BH0337 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2803
ポリマ－27,1221
非ポリマー1582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: BH0337 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4326
ポリマ－27,1221
非ポリマー3105
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area20980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.509, 46.687, 129.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細AUTHORS STATE THAT THE OLIGOMERIC STATE HAS BEEN CHARACTERIZED AS MONOMER USING GEL-FILTRATION CHROMATOGRAPHY.

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要素

#1: タンパク質 BH0337 protein


分子量: 27121.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
株: ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125
遺伝子: BH0337 / プラスミド: modified pSUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KFY3
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化温度: 291.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES, 0.8 M Ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.5K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンCHESS A110.977
シンクロトロンAPS 24-ID-C21
シンクロトロンAPS 24-ID-E30.98
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2010年10月29日
ADSC QUANTUM 3152CCD2011年7月11日
ADSC QUANTUM 3153CCD2011年3月24日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Cryo-Cooled double crystal. Si (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3Cyrogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce monochromamtorSINGLE WAVELENGTHMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9771
211
30.981
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 50063 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / % possible all: 76.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.71→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 5.72 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2301 2553 5.1 %RANDOM
Rwork0.1525 ---
obs0.1565 50063 91.35 %-
all-50063 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 105.34 Å2 / Biso mean: 25.535 Å2 / Biso min: 8.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.46 Å20 Å20.72 Å2
2---1.44 Å20 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3486 0 29 435 3950
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.023604
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6851.9554850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3465421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.07323.37184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.89215595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3761524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212788
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.433603
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29.3515144
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded19.07753821
LS精密化 シェル解像度: 1.71→1.75 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 153 -
Rwork0.195 2771 -
all-2924 -
obs--74.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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