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- PDB-4f3l: Crystal Structure of the Heterodimeric CLOCK:BMAL1 Transcriptiona... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f3l
タイトルCrystal Structure of the Heterodimeric CLOCK:BMAL1 Transcriptional Activator Complex
要素
  • BMAL1b
  • Circadian locomoter output cycles protein kaput
キーワードTRANSCRIPTION/ACTIVATOR / bHLH / PAS / Circadian rhythm proteins / TRANSCRIPTION-ACTIVATOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CLOCK-BMAL transcription complex / positive regulation of skeletal muscle cell differentiation / regulation of hair cycle / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of protein acetylation / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / maternal process involved in parturition / regulation of type B pancreatic cell development / bHLH transcription factor binding / regulation of cellular senescence ...CLOCK-BMAL transcription complex / positive regulation of skeletal muscle cell differentiation / regulation of hair cycle / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of protein acetylation / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / maternal process involved in parturition / regulation of type B pancreatic cell development / bHLH transcription factor binding / regulation of cellular senescence / aryl hydrocarbon receptor complex / perichromatin fibrils / chromatoid body / positive regulation of circadian rhythm / negative regulation of TOR signaling / oxidative stress-induced premature senescence / negative regulation of cold-induced thermogenesis / response to redox state / negative regulation of fat cell differentiation / protein acetylation / regulation of protein catabolic process / E-box binding / regulation of insulin secretion / regulation of neurogenesis / histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / DNA damage checkpoint signaling / cellular response to ionizing radiation / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / chromatin DNA binding / PML body / autophagy / positive regulation of inflammatory response / circadian rhythm / protein import into nucleus / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / gene expression / spermatogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / nuclear body / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily ...: / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Nuclear translocator / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Circadian locomoter output cycles protein kaput / BMAL1b / Basic helix-loop-helix ARNT-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.268 Å
データ登録者Huang, N. / Chelliah, Y. / Shan, Y. / Taylor, C. / Yoo, S. / Partch, C. / Green, C.B. / Zhang, H. / Takahashi, J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the heterodimeric CLOCK:BMAL1 transcriptional activator complex.
著者: Huang, N. / Chelliah, Y. / Shan, Y. / Taylor, C.A. / Yoo, S.H. / Partch, C. / Green, C.B. / Zhang, H. / Takahashi, J.S.
履歴
登録2012年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月1日Group: Database references
改定 1.22018年12月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: BMAL1b
A: Circadian locomoter output cycles protein kaput


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,2762
ポリマ－86,2762
非ポリマー00
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9610 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area30300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.242, 71.955, 173.306
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 BMAL1b


分子量: 44192.676 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 62-447 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pFASTBac1 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Arntl, BMAL1, bmal1b / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6F6D6, UniProt: Q9WTL8*PLUS
#2: タンパク質 Circadian locomoter output cycles protein kaput / mCLOCK


分子量: 42083.410 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-384 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Clock / プラスミド: pFASTBacHT / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O08785, histone acetyltransferase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 100 mM Hepes pH 8.0, 6% PEG 3350 and 75 mM NaF., VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1771
2771
3771
放射光源
由来サイトビームラインID
シンクロトロンAPS 19-ID1
シンクロトロンALS 8.2.12
シンクロトロンAPS 19-ID3
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2011年6月15日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2011年5月10日
ADSC QUANTUM 3153CCD2011年4月15日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.268→50 Å / Num. obs: 39307 / % possible obs: 99.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.268→37.117 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 22.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2171 1849 5.03 %
Rwork0.1843 --
obs0.186 36738 92.26 %
all-39307 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.7601 Å2-0 Å20 Å2
2---3.545 Å2-0 Å2
3---10.3051 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.268→37.117 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5068 0 0 177 5245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055220
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8897041
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0411943
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064769
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003892
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.268-2.32910.29381000.24212056X-RAY DIFFRACTION71
2.3291-2.39760.26641380.22492458X-RAY DIFFRACTION86
2.3976-2.4750.29131340.21692539X-RAY DIFFRACTION89
2.475-2.56350.27221310.20152595X-RAY DIFFRACTION91
2.5635-2.66610.22841370.22594X-RAY DIFFRACTION90
2.6661-2.78740.21051500.19492628X-RAY DIFFRACTION92
2.7874-2.93430.2591470.19272751X-RAY DIFFRACTION95
2.9343-3.1180.24441350.1922806X-RAY DIFFRACTION97
3.118-3.35860.21971550.1822826X-RAY DIFFRACTION98
3.3586-3.69630.17731410.16372854X-RAY DIFFRACTION97
3.6963-4.23060.19241490.15062895X-RAY DIFFRACTION98
4.2306-5.32750.15731650.1432916X-RAY DIFFRACTION99
5.3275-37.12210.23921670.20442971X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4761-0.1382-0.60021.22370.35151.27060.1195-0.87230.77380.2661-0.34910.71050.0343-0.55740.19540.4567-0.0710.02291.0982-0.20260.6882-18.9878-20.5324137.6171
22.9393-0.3116-0.32380.69950.80833.2245-0.0802-0.1461-0.61240.312-0.08340.3910.6164-0.20870.13470.3385-0.05890.07250.1734-0.0780.4045.4777-6.7005163.8574
31.8314-0.17610.35481.3575-0.48051.88960.0206-0.0042-0.27730.3895-0.17340.0074-0.15560.18560.13340.34870.0162-0.0520.2533-0.02060.333212.5864-3.9216166.0318
45.27173.9745-2.23093.502-3.12576.20540.24760.9136-1.53650.2012-0.414-1.3674-0.43741.1365-0.07410.40570.0997-0.06740.7431-0.33010.676734.6861-3.9592152.7657
59.00715.40322.00036.16397.57391.99960.6649-0.128-0.2359-0.3643-0.00780.17430.2670.8687-0.53430.378-0.1194-0.1130.347-0.04180.209929.09589.7434164.3853
60.2903-0.0552-0.05871.0394-0.07460.2850.2227-0.03470.4459-0.1022-0.3784-0.48230.1628-0.38670.10940.4384-0.0848-0.04940.8180.0120.4-10.1111-21.0796135.3357
70.2319-0.1180.1241.9960.91633.15110.05570.4922-0.3026-0.2443-0.31080.2044-0.2479-0.08780.23590.31870.1005-0.02360.5862-0.25820.404416.5606-7.9082141.4219
81.4852-0.08850.70012.3355-0.27711.6444-0.03620.4145-0.1349-0.32530.0439-0.15510.11980.1433-0.03930.39070.05720.02820.554-0.35060.57219.0232-12.1482140.8076
90.31130.00820.38760.28480.11490.3454-0.08550.11870.1390.1016-0.0323-0.1394-0.1417-0.02960.10840.43210.096-0.07360.4979-0.1120.450814.94076.3958150.3805
103.93940.8370.75572.3907-0.42521.5990.02160.30840.5115-0.2378-0.15980.0779-0.1910.0670.10130.26730.05280.01790.22690.04080.261617.259425.0398156.2887
11-0.19760.18620.1744-0.26270.0369-0.12950.010.14-0.0496-0.06020.0023-0.00010.01210.04540.00130.32710.0395-0.01810.3726-0.03930.325522.536711.5393161.6305
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND RESID 71:139 )B71 - 139
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 140:239 )B140 - 239
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 240:326 )B240 - 326
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 327:340 )B327 - 340
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 341:342 )B341 - 342
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 42:97 )A42 - 97
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 98:177 )A98 - 177
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 178:255 )A178 - 255
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 256:275 )A256 - 275
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 276:384 )A276 - 384
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 401:488 ) OR ( CHAIN B AND RESID 501:589 )A401 - 488
12X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 401:488 ) OR ( CHAIN B AND RESID 501:589 )B501 - 589

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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