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- PDB-4f37: Structure of the tethered N-terminus of Alzheimer's disease A peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f37
タイトルStructure of the tethered N-terminus of Alzheimer's disease A peptide
要素
  • Colicin-E7 immunity protein
  • Fab WO2 anti-amyloid-beta antibody Fab fragment
  • Im7 immunity protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / amyloid-beta / Alzheimer's disease
機能・相同性
機能・相同性情報


bacteriocin immunity / toxic substance binding / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / immune response / extracellular space ...bacteriocin immunity / toxic substance binding / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / immune response / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Colicin E immunity protein / Colicin immunity protein/pyocin immunity protein / Colicin E immunity protein superfamily / Colicin immunity protein / pyocin immunity protein / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...Colicin E immunity protein / Colicin immunity protein/pyocin immunity protein / Colicin E immunity protein superfamily / Colicin immunity protein / pyocin immunity protein / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
If kappa light chain / Ig gamma-2A chain C region, A allele / Colicin-E7 immunity protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Nisbet, R.M. / Nuttall, S.D. / Caine, J.M. / Rober, R. / Hittaki, M. / Pearce, L.A. / Davydova, N. / Masters, C.L. / Varghese, J.N. / Streltsov, V.A.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2013
タイトル: Structural studies of the tethered N-terminus of the Alzheimer's disease amyloid-beta peptide.
著者: Nisbet, R.M. / Nuttall, S.D. / Robert, R. / Caine, J.M. / Dolezal, O. / Hattarki, M. / Pearce, L.A. / Davydova, N. / Masters, C.L. / Varghese, J.N. / Streltsov, V.A.
履歴
登録2012年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月3日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Colicin-E7 immunity protein
B: Colicin-E7 immunity protein
F: Im7 immunity protein
H: Im7 immunity protein
K: Fab WO2 anti-amyloid-beta antibody Fab fragment
L: Fab WO2 anti-amyloid-beta antibody Fab fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,3806
ポリマ－126,3806
非ポリマー00
水4,774265
1
A: Colicin-E7 immunity protein
H: Im7 immunity protein
L: Fab WO2 anti-amyloid-beta antibody Fab fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1903
ポリマ－63,1903
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Colicin-E7 immunity protein
F: Im7 immunity protein
K: Fab WO2 anti-amyloid-beta antibody Fab fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1903
ポリマ－63,1903
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.642, 82.836, 89.196
Angle α, β, γ (deg.)90.05, 92.51, 90.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Colicin-E7 immunity protein / ImmE7 / Microcin-E7 immunity protein


分子量: 14154.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03708
#2: 抗体 Im7 immunity protein


分子量: 24841.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: in vitro / Cell: HYBRIDOMA / 参照: UniProt: P01863*PLUS
#3: 抗体 Fab WO2 anti-amyloid-beta antibody Fab fragment


分子量: 24193.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: serum free medium (Invitrogen) / Cell: HYBRIDOMA / 参照: UniProt: A2NHM3*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Sodium malonate, 20% (w/v) PEG 3350, 0.1M Bis-tris propane pH 8.5, 0.2M 1-methylimidazolium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.94721 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94721 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.489
11-H, K, -L20.391
11-h,-k,l30.12
反射解像度: 2.57→44.56 Å / Num. all: 28836 / Num. obs: 28836 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.57→2.64 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.57→44.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 23.477 / SU ML: 0.234 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26885 1374 4.7 %RANDOM
Rwork0.22341 ---
obs0.22564 27954 77.9 %-
all-28836 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.459 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--74.14 Å29.37 Å2-0.97 Å2
2---53.25 Å25.2 Å2
3---127.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→44.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8504 0 0 265 8769
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0228712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5871.95111850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.62251084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.95124.202376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.915151436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7461544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0216580
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.31.55428
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.54228828
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.96333284
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5034.53022
LS精密化 シェル解像度: 2.469→2.533 Å / Num. reflection Rwork: 0 / Total num. of bins used: 20
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.03280.0128-0.01240.0286-0.0182-0.03680.0353-0.0520.06280.1207-0.02010.0101-0.0691-0.0081-0.01520.50330.06250.04710.4628-0.01290.0979-30.23570.222468.6793
2-0.0344-0.00190.034-0.0080.0266-0.0274-0.02040.0360.0212-0.08240.01510.0201-0.05060.08370.00530.48660.04190.04560.48240.02770.111826.733141.613520.2852
30.53570.1657-0.00110.39890.0567-0.07080.0133-0.05560.03680.0599-0.0092-0.02510.00770.0111-0.00410.36150.05390.02840.32290.00790.0046-9.22934.195452.2736
40.87120.51950.28260.24110.12870.559-0.0182-0.00320.03190.0439-0.01780.0231-0.0685-0.1020.03610.44330.03240.05670.440.00590.0055-34.236850.374476.0249
50.7556-0.0495-0.11371.0329-0.0676-0.016-0.0130.03190.0127-0.0590.0224-0.01740.0080.0497-0.00950.31520.04780.03250.3328-0.0145-0.00025.2938-7.209736.9466
60.8433-0.3557-0.02020.1476-0.05970.1063-0.00280.0924-0.0624-0.0826-0.0606-0.0323-0.03130.11090.06330.48170.0390.05940.41380.00980.052730.04429.021713.0331
70.05150.28620.13320.9790.47590.17860.0396-0.0078-0.01060.0415-0.0055-0.05940.00520.0026-0.0340.30710.04480.05710.29640.00970.0104-6.878855.431449.2094
80.11890.11850.15920.4754-0.42491.3212-0.0124-0.083-0.02360.058-0.0497-0.07530.04920.10540.06210.50180.06360.060.4503-0.00850.0175-22.907660.103482.016
91.27880.1816-0.17040.57490.220.11890.01180.10430.08720.09660.01030.01860-0.0339-0.02210.30030.04690.04310.24450.02650.01013.055714.007139.8769
100.5097-0.2709-0.38860.15710.17631.39010.03170.1206-0.0254-0.0763-0.08520.0427-0.107-0.25880.05360.46080.020.02890.42150.01120.045118.649918.47846.8592
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 102
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 102
3X-RAY DIFFRACTION3F1 - 125
4X-RAY DIFFRACTION4F126 - 225
5X-RAY DIFFRACTION5H1 - 125
6X-RAY DIFFRACTION6H126 - 225
7X-RAY DIFFRACTION7K1 - 113
8X-RAY DIFFRACTION8K114 - 218
9X-RAY DIFFRACTION9L1 - 113
10X-RAY DIFFRACTION10L114 - 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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