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万見
- PDB-4f2j: Crystal structure of ZNF217 bound to DNA, P6522 crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f2j
タイトルCrystal structure of ZNF217 bound to DNA, P6522 crystal form
要素
  • 5'-D(*TP*TP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*A)-3'
  • Zinc finger protein 217
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/DNA / Zinc Finger / Transcription Factor / DNA Binding / Nucleus / METAL BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone deacetylase complex / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription ...histone deacetylase complex / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Zinc finger protein 217
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Vandevenne, M.S. / Jacques, D.A. / Guss, J.M. / Mackay, J.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: New insights into DNA recognition by zinc fingers revealed by structural analysis of the oncoprotein ZNF217
著者: Vandevenne, M.S. / Jacques, D.A. / Artuz, C. / Nguyen, C.D. / Kwan, A.H. / Segal, D.J. / Matthews, J.M. / Crossley, M. / Guss, J.M. / Mackay, J.P.
履歴
登録2012年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*TP*TP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*A)-3'
C: Zinc finger protein 217
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1044
ポリマ－12,9732
非ポリマー1312
水00
1
A: 5'-D(*TP*TP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*A)-3'
C: Zinc finger protein 217
ヘテロ分子

A: 5'-D(*TP*TP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*A)-3'
C: Zinc finger protein 217
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2078
ポリマ－25,9454
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area5120 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area13010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.928, 56.928, 242.542
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*TP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*CP*A)-3'


分子量: 6123.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Zinc finger protein 217 / transcription factor ZnF217


分子量: 6848.725 Da / 分子数: 1 / Fragment: Zinc fingers 6 and 7 (UNP RESIDUES 469-523) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZNF217, ZABC1 / プラスミド: pMAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: O75362
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)Mosaicity (°)
14.3771.870.834
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, ハンギングドロップ法720% PEG 3350, 0.2M Sodium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
2932蒸気拡散法, ハンギングドロップ法720% PEG 3350, 0.2M Sodium sulfate, 10mM Trimethyllead acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器
タイプID検出器日付
MAR scanner 345 mm plate1IMAGE PLATE2011年9月6日
MAR scanner 345 mm plate2IMAGE PLATE2011年9月15日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1OSMIC VARIMAXSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2OSMIC VARIMAXSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 10.4 % / Av σ(I) over netI: 28.64 / 数: 79317 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.06 / D res high: 2.63 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 7637 / % possible obs: 99.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
7.135099.810.0470.91313.6
5.667.1310010.0761.09814.8
4.955.6610010.1071.05715.3
4.54.9510010.1321.16515.2
4.174.510010.1461.01715.6
3.934.1710010.1741.06615.4
3.733.9310010.2271.08115.9
3.573.7310010.2421.02816
3.433.5710010.371.08115.3
3.313.4399.210.2291.0927.2
3.213.3198.110.1311.046.1
3.123.2198.910.1941.0776
3.043.1298.110.3811.0595.9
2.963.0499.210.5281.0925.9
2.892.9699.210.6281.0836.1
2.832.8999.210.6291.075.8
2.782.8399.210.6621.0946
2.722.7810010.7361.0845.7
2.682.7299.710.5411.0755.9
2.632.6899.510.4471.0335.9
反射解像度: 2.64→99 Å / Num. all: 7517 / Num. obs: 7517 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 3.235 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.64-2.681.80.1883440.9231,295
2.68-2.731.80.2483680.8831,299.5
2.73-2.791.80.3053480.841,299.4
2.79-2.841.80.2323790.9191,299
2.84-2.91.70.2813490.9131,299.1
2.9-2.971.80.2653700.9681,298.9
2.97-3.051.80.2083520.9921,299.2
3.05-3.131.70.1493690.8871,298.9
3.13-3.221.80.0683640.9571,298.6
3.22-3.321.70.0433680.9751,298.7
3.32-3.441.70.0353570.7951,298.1
3.44-3.583.30.2343873.2211,299.2
3.58-3.743.50.0943641.381,299.5
3.74-3.943.40.0923771.3751,299.2
3.94-4.193.30.083841.721,299
4.19-4.513.30.0683781.8841,299.2
4.51-4.973.30.0653932.3981,298.7
4.97-5.683.20.0593982.9431,298.8
5.68-7.163.10.0514123.7711,298.3
7.16-992.80.10845620.0351,294

-
位相決定

位相決定手法: 単一同系置換・異常分散
Phasing dmFOM : 0.57 / FOM acentric: 0.55 / FOM centric: 0.62 / 反射: 7411 / Reflection acentric: 5383 / Reflection centric: 2028
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
4.7-7.50.880.90.851026653373
3.8-4.70.80.810.781237882355
3.3-3.80.670.680.651245938307
2.8-3.30.380.370.3921831680503
2.6-2.80.250.250.2413481076272

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE2.15位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.64→48.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / WRfactor Rfree: 0.2778 / WRfactor Rwork: 0.2563 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7219 / SU B: 32.121 / SU ML: 0.285 / SU R Cruickshank DPI: 0.3269 / SU Rfree: 0.2467 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.327 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2643 344 4.6 %RANDOM
Rwork0.2523 ---
obs0.2529 7467 99.04 %-
all-7467 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.69 Å2 / Biso mean: 96.517 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.31 Å22.66 Å20 Å2
2--5.31 Å20 Å2
3----7.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→48.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数449 406 2 0 857
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.021917
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02515
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3182.4891319
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.12531253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.45551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.74721.11127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.0561579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.995155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2137
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02723
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2632258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5692104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8193411
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.1224659
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.1856908
LS精密化 シェル解像度: 2.64→2.709 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.42 22 -
Rwork0.422 508 -
all-530 -
obs--99.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.14615.13179.12874.69985.332114.58240.05140.1885-0.3932-0.03940.05190.03581.21670.1555-0.10340.49270.20840.00150.3269-0.08220.53531.225638.213338.23
27.42510.0596-2.55389.3964.346827.8988-0.3465-0.50840.0928-0.1847-0.42590.7424-0.2368-2.07780.77230.4751-0.1111-0.16240.6739-0.17640.563418.155742.250730.4185
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 19
2X-RAY DIFFRACTION2C471 - 522
3X-RAY DIFFRACTION2C601 - 602

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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