PDB-4f2h: Structure of the minimal Ste5 VWA domain subject to autoinhibitio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4f2h

タイトル

Structure of the minimal Ste5 VWA domain subject to autoinhibition by the Ste5 PH domain

要素

Protein STE5

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Von Wildebrand Type A / Ste5ms / Coactivation of Fus3

機能・相同性

機能・相同性情報

mating projection tip membrane / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / invasive growth in response to glucose limitation / MAP-kinase scaffold activity / mating projection tip / negative regulation of MAPK cascade / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / kinase binding / G-protein beta-subunit binding / nucleus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.192 Å

データ登録者

Coyle, S.M. / Zalatan, J.G. / Lim, W.A.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Conformational control of the Ste5 scaffold protein insulates against MAP kinase misactivation.
著者: Zalatan, J.G. / Coyle, S.M. / Rajan, S. / Sidhu, S.S. / Lim, W.A.

履歴

登録	2012年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4f2h.cif.gz	88.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4f2h.ent.gz	67.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4f2h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4f2h_validation.pdf.gz	427.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4f2h_full_validation.pdf.gz	434.8 KB	表示
XML形式データ	4f2h_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	4f2h_validation.cif.gz	12.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/4f2h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/4f2h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fzeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4eyb-d 1b3d-d 4s0p-1 4rl0-d 1pui-d 3wp3-d 4dpe-d 3kz0-d 6iru-2 2xcu-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein STE5

23.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein STE5

登録者が定義した集合体
47.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Protein STE5

ソフトウェアが定義した集合体
94.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.840, 87.350, 100.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Protein STE5 分子量: 23683.568 Da / 分子数: 1 / 断片: VWA domain (UNP residues 583-787) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: STE5, NUL3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32917

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.25 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% PEG3350, 0.1 M calcium chloride, 25 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極	RIGAKU	1	1.5418
回転陽極	RIGAKU	2	1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2011年7月3日
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2011年7月5日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2		1

反射

解像度: 3.19→19.7 Å / Num. all: 4884 / Num. obs: 4395 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.75 % / R_sym value: 0.109 / Net I/σ(I): 25.4

反射シェル

解像度: 3.19→3.28 Å / 冗長度: 4.91 % / Mean I/σ(I) obs: 10.56 / R_sym value: 0.236 / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FZE

3fze

解像度: 3.192→19.694 Å / SU ML: 0.82 / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 24.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2566	220	5.01 %
R_work	0.183	-	-
obs	0.1869	4395	90.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 24.316 Å² / k_sol: 0.364 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.8312 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.7262 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.1051 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.192→19.694 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1536	0	0	0	1536

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1564
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.982	2115
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.983	577
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.174	249
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	262

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.192-4.0162	0.2752	109	0.1897	2068	X-RAY DIFFRACTION	92
4.0162-19.6945	0.2434	111	0.1778	2107	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.016	-0.0548	0.0422	0.1491	-0.1457	0.1009	-0.0665	0.0151	0.1211	-0.0006	-0.1625	-0.1534	-0.0768	0.1063	-0.2153	-0.4085	-0.3253	0.3095	-0.1621	0.2353	-0.1942	-4.1609	-35.1256	-9.1265
2	0.0084	-0.0052	-0.0037	0.0046	-0.0012	0.0023	-0.0143	0.0208	0.0099	0.0104	-0.0231	0.0247	0.0096	0.0108	-0.0029	0.1865	-0.1423	-0.0201	0.3608	0.1762	0.3672	-24.9042	-33.9512	-9.6874
3	0.0381	-0.0292	0.0347	0.1437	-0.0956	0.0869	0.2322	0.2135	0.4567	-0.034	0.1478	0.1945	-0.1653	0.0147	0.4718	0.019	0.0836	-0.0604	0.0541	0.1742	0.1743	-15.4067	-21.9166	-16.058
4	0.1473	-0.0538	-0.0356	0.0188	0.0024	0.0699	0.0377	0.2989	0.1415	-0.1338	-0.0599	0.0044	0.011	-0.0824	-0.0449	0.0853	0.0216	0.011	0.1862	0.071	0.1222	-7.7634	-29.5036	-21.7125
5	0.0405	-0.0085	0.0351	0.0251	0.0263	0.077	-0.0076	0.0409	-0.0141	-0.0616	-0.0935	-0.1298	-0.0224	-0.102	-0.0742	0.0606	-0.0008	0.0003	0.4256	0.206	0.1067	3.736	-29.8845	-23.0854
6	0.2149	-0.0957	0.0564	0.0543	-0.0369	0.0589	-0.1194	-0.0587	0.1072	0.0299	-0.0488	-0.1815	0.0302	-0.0738	-0.1276	0.1882	0.0076	0.0371	0.0157	0.0326	0.0337	-9.2705	-37.4946	-11.2567

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 584:616)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 617:626)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 627:692)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 693:721)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 722:734)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 735:774)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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