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- PDB-4f2a: Crystal structure of cholestryl esters transfer protein in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f2a
タイトルCrystal structure of cholestryl esters transfer protein in complex with inhibitors
要素Cholesteryl ester transfer protein
キーワードLIPID TRANSPORT/INHIBITOR / Cholestryl Ester Transfer Protein / high-density lipoprotein / low-density lipoprotein / Cholestryl Ester Transfer Protein-INHIBITOR complex / LIPID TRANSPORT-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


triglyceride binding / positive regulation of phospholipid transport / triglyceride transport / LDL remodeling / regulation of cholesterol efflux / phospholipid transporter activity / phosphatidylcholine metabolic process / very-low-density lipoprotein particle remodeling / phospholipid homeostasis / high-density lipoprotein particle remodeling ...triglyceride binding / positive regulation of phospholipid transport / triglyceride transport / LDL remodeling / regulation of cholesterol efflux / phospholipid transporter activity / phosphatidylcholine metabolic process / very-low-density lipoprotein particle remodeling / phospholipid homeostasis / high-density lipoprotein particle remodeling / phosphatidylcholine binding / cholesterol transfer activity / reverse cholesterol transport / cholesterol transport / high-density lipoprotein particle / low-density lipoprotein particle remodeling / triglyceride homeostasis / HDL remodeling / positive regulation of cholesterol transport / triglyceride metabolic process / lipid transport / cholesterol binding / lipid homeostasis / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis / vesicle / lipid binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cholesteryl ester transfer / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 2 / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 2 / Lipid-binding serum glycoprotein, C-terminal / Lipid-binding serum glycoprotein, conserved site / LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain / LBP / BPI / CETP family signature. / BPI/LBP/CETP N-terminal domain / BPI/LBP/CETP C-terminal domain / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 ...Cholesteryl ester transfer / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 2 / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 2 / Lipid-binding serum glycoprotein, C-terminal / Lipid-binding serum glycoprotein, conserved site / LBP / BPI / CETP family, C-terminal domain / LBP / BPI / CETP family signature. / BPI/LBP/CETP N-terminal domain / BPI/LBP/CETP C-terminal domain / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 / Lipid-binding serum glycoprotein, N-terminal / Bactericidal permeability-increasing protein, alpha/beta domain superfamily / LBP / BPI / CETP family, N-terminal domain / Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 / Super Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0SF / CHOLESTERYL OLEATE / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / TRIETHYLENE GLYCOL / Cholesteryl ester transfer protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Liu, S. / Qiu, X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of cholesteryl ester transfer protein in complex with inhibitors.
著者: Liu, S. / Mistry, A. / Reynolds, J.M. / Lloyd, D.B. / Griffor, M.C. / Perry, D.A. / Ruggeri, R.B. / Clark, R.W. / Qiu, X.
履歴
登録2012年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references
改定 1.22012年11月14日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cholesteryl ester transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6738
ポリマ－53,0981
非ポリマー3,5767
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.772, 69.915, 187.145
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Cholesteryl ester transfer protein / Lipid transfer protein I


分子量: 53097.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CETP / 細胞株 (発現宿主): DG44
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P11597
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 6分子

#3: 化合物 ChemComp-2OB / CHOLESTERYL OLEATE / (3BETA,9BETA,14BETA,17ALPHA)-CHOLEST-5-EN-3-YL (9Z)-OCTADEC-9-ENOATE / コレステロ-ルオレア-ト


分子量: 651.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H78O2
#4: 化合物 ChemComp-PCW / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / (Z,Z)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-7-[(1-OXO-9-OCTADECENYL)OXY]-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM-4-OXIDE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 787.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85NO8P / コメント: DOPC, リン脂質*YM
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-0SF / (2R)-3-{[4-(4-chloro-3-ethylphenoxy)pyrimidin-2-yl][3-(1,1,2,2-tetrafluoroethoxy)benzyl]amino}-1,1,1-trifluoropropan-2-ol


分子量: 567.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H21ClF7N3O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.97 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 16759 / Num. obs: 12770 / % possible obs: 76.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 45.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.11.2 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 3.11→38.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9077 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8523 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2389 614 4.82 %RANDOM
Rwork0.1828 ---
obs0.1855 12746 75.53 %-
原子変位パラメータBiso mean: 102.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.9719 Å20 Å20 Å2
2---18.576 Å20 Å2
3---39.5479 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.736 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.11→38.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3712 0 234 0 3946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014079HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.355540HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1499SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes92HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes592HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4079HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.44
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion550SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4619SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.11→3.41 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 43 3.3 %
Rwork0.2467 1261 -
all0.248 1304 -
obs--75.53 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.638 Å / Origin y: 4.1221 Å / Origin z: -39.1618 Å
111213212223313233
T-0.0202 Å20.0724 Å20.0287 Å2-0.1058 Å20.1036 Å2--0.074 Å2
L0.8626 °2-0.2622 °2-0.7761 °2-0.8601 °20.8209 °2--4.2696 °2
S0.0343 Å °0.0759 Å °-0.0948 Å °0.0343 Å °-0.0695 Å °0.1987 Å °-0.134 Å °-0.2909 Å °0.0351 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|5 - A|476 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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