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- PDB-4f1j: Crystal structure of the MG2+ loaded VWA domain of plasmodium fal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f1j
タイトルCrystal structure of the MG2+ loaded VWA domain of plasmodium falciparum trap protein
要素Thrombospondin related anonymous protein
キーワードCELL ADHESION / Rossmann fold / DINUCLEOTIDE BINDING / MEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / von Willebrand factor, type A domain / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A ...Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / von Willebrand factor, type A domain / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thrombospondin related anonymous protein
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Pihlajamaa, T. / Knuuti, J. / Kajander, T. / Sharma, A. / Permi, P.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Structure of Plasmodium falciparum TRAP (thrombospondin-related anonymous protein) A domain highlights distinct features in apicomplexan von Willebrand factor A homologues.
著者: Pihlajamaa, T. / Kajander, T. / Knuuti, J. / Horkka, K. / Sharma, A. / Permi, P.
履歴
登録2012年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thrombospondin related anonymous protein
B: Thrombospondin related anonymous protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,11827
ポリマ－45,5322
非ポリマー1,58525
水7,044391
1
A: Thrombospondin related anonymous protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,66915
ポリマ－22,7661
非ポリマー90314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thrombospondin related anonymous protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,44912
ポリマ－22,7661
非ポリマー68311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.313, 89.313, 104.192
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 43 - 238 / Label seq-ID: 4 - 199

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Thrombospondin related anonymous protein / Thrombospondin-related adhesive protein


分子量: 22766.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: THROMBOSPONDIN RELATED ANONYMOUS PROTEIN (TRAP), TRAP
プラスミド: pRAT4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01502

-
非ポリマー , 5種, 416分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.1M BIS-TRIS, 0.2M MAGNESIUM SULFATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月24日
詳細: THE OPTICAL ELEMENTS CONSIST OF A VERTICALLY COLLIMATING MIRROR (M1, FOCUS AT INFINITY) FOLLOWED BY A BARTELS MONOCHROMATOR WITH DUAL CHANNEL CUT CRYSTALS (DCCM) IN (+--+) GEOMETRY, AND A ...詳細: THE OPTICAL ELEMENTS CONSIST OF A VERTICALLY COLLIMATING MIRROR (M1, FOCUS AT INFINITY) FOLLOWED BY A BARTELS MONOCHROMATOR WITH DUAL CHANNEL CUT CRYSTALS (DCCM) IN (+--+) GEOMETRY, AND A TOROIDAL MIRROR (M2) TO VERTICALLY AND HORIZONTALLY FOCUS THE BEAM AT THE SAMPLE POSITION (WITH 2:1 HORIZONTAL DEMAGNIFICATION)
放射モノクロメーター: BARTELS MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→50 Å / Num. all: 84445 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.271 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 14.72
反射 シェル解像度: 1.73→1.83 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.853 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.73→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.029 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21819 2235 5 %RANDOM
Rwork0.177 ---
all0.17905 44675 --
obs0.17905 42440 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.147 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3088 0 89 391 3568
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223271
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3991.9674427
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9323.0035366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1065417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.35525.302149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.89315576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.1091518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02598
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2717
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.22400
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.21563
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.21672
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0390.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2690.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2610.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2060.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.1130.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9211.52204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2211.5820
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24623271
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.19631330
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2084.51148
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1151medium positional0.090.5
1352loose positional0.375
1151medium thermal0.622
1352loose thermal1.1110
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.773 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 159 -
Rwork0.199 3020 -
obs-3020 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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