PDB-4ezv: Crystal structure of the substrate binding domain of E.coli DnaK ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ezv

タイトル

Crystal structure of the substrate binding domain of E.coli DnaK in complex with PR-bombesin in space group P21212

要素

Chaperone protein DnaK
Proline rich bombesin-related protein

キーワード

CHAPERONE/PEPTIDE BINDING PROTEIN / chaperone / peptide binding / CHAPERONE-PEPTIDE BINDING PROTEIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

stress response to copper ion / sigma factor antagonist activity / : / protein unfolding / cellular response to unfolded protein / neuropeptide signaling pathway / inclusion body / heat shock protein binding / protein folding chaperone / ATP-dependent protein folding chaperone ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)
Bombina maxima (カエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Zahn, M. / Straeter, N.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural studies of DnaK in complex with proline rich antimicrobial peptides reveal two different peptide binding modes
著者: Zahn, M. / Straeter, N.

履歴

登録	2012年5月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ezv.cif.gz	184.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ezv.ent.gz	149.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ezv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ezv_validation.pdf.gz	447.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ezv_full_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示
XML形式データ	4ezv_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	4ezv_validation.cif.gz	27.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ezv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ezv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ezsC 4ezuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ezy-1 4ezr-1 4ezs-1 4ezt-1 4ezu-1 4ezz-1 1dkx-2 4f00-1 3c20-d 1dkz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (11)

登録構造単位

A: Chaperone protein DnaK

B: Chaperone protein DnaK

C: Proline rich bombesin-related protein

D: Proline rich bombesin-related protein

51.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chaperone protein DnaK

B: Chaperone protein DnaK

C: Proline rich bombesin-related protein

D: Proline rich bombesin-related protein

A: Chaperone protein DnaK

B: Chaperone protein DnaK

C: Proline rich bombesin-related protein

D: Proline rich bombesin-related protein

ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Chaperone protein DnaK

C: Proline rich bombesin-related protein

B: Chaperone protein DnaK

D: Proline rich bombesin-related protein

ソフトウェアが定義した集合体
51.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

4

A: Chaperone protein DnaK

C: Proline rich bombesin-related protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

B: Chaperone protein DnaK

D: Proline rich bombesin-related protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.134, 148.756, 64.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Chaperone protein DnaK / HSP70 / Heat shock 70 kDa protein / Heat shock protein 70 分子量: 23820.777 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 389-607 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0014, dnaK, groP, grpF, JW0013, seg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6Y8
#2: タンパク質・ペプチド	Proline rich bombesin-related protein 分子量: 2040.453 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 46-60 / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence occurs naturally in Bombina maxima. C-terminus is amidated. 由来: (合成) Bombina maxima (カエル) / 参照: UniProt: Q8QFP2
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.97 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 2.8 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月19日
放射	モノクロメーター: Si - 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→25 Å / Num. obs: 37117 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.066
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.471 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 9.197 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25899	1150	3.1 %	RANDOM
R_work	0.20957	-	-	-
obs	0.21115	35866	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.427 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.94 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3491	0	0	146	3637

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.02	3604
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.962	1.961	4876
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.824	5	475
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.652	26.386	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.448	15	686
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.588	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.136	0.2	566
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	2682
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	76	-
R_work	0.266	2379	-
obs	-	-	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.683	1.0438	0.1111	6.0936	2.3284	1.3515	-0.053	0.1013	-0.0935	0.1838	0.2155	-0.2527	0.1516	0.0613	-0.1625	0.1314	-0.0197	-0.0382	0.1332	-0.0412	0.0805	-16.9719	7.3063	-13.244
2	2.2979	0.7798	-0.5286	4.2504	0.1083	1.5121	-0.0226	0.0594	-0.0373	0.2667	0.1952	-0.3246	-0.0861	0.0962	-0.1726	0.0829	0.0009	-0.0412	0.0921	-0.0531	0.0741	-11.7881	20.0334	-9.2197
3	2.4062	2.4666	-1.4544	7.3389	-1.1566	3.2358	-0.2406	0.0264	-0.2837	-0.0768	0.3236	-0.6579	0.5144	0.3449	-0.083	0.1267	0.0545	-0.0586	0.0776	-0.0554	0.1203	-10.2491	10.262	-8.2964
4	0.1874	0.0076	-0.3317	17.9406	-2.0042	1.6506	0.0853	-0.0154	0.0248	0.1239	0.0364	0.1459	-0.1592	-0.0046	-0.1217	0.0837	0.0156	0.0702	0.0877	-0.0036	0.101	-27.523	31.9771	-5.3466
5	2.5807	0.4237	-0.8071	3.958	-0.7288	2.8782	0.106	-0.1292	0.2011	0.0934	-0.0945	0.022	-0.3009	-0.0403	-0.0115	0.1926	0.0632	0.079	0.094	-0.0384	0.1036	-32.0598	43.1845	-5.2423
6	7.7684	15.9065	-11.2043	32.5917	-22.9513	16.1721	-0.4112	0.3933	0.5774	-1.2067	1.0317	1.185	0.8704	-0.5761	-0.6205	0.6173	-0.0116	0.1214	0.4259	0.1859	0.5975	-51.1791	2.7421	-11.0377
7	0.7997	0.3623	0.0066	3.473	1.0862	1.4722	-0.0706	-0.0293	0.0659	0.0392	0.1381	0.2349	-0.0063	-0.1288	-0.0675	0.0417	0.0465	0.0057	0.1079	0.0692	0.0849	-41.524	24.1659	-20.326
8	3.8758	6.3246	0.622	10.4191	0.9863	1.0631	0.1078	-0.0738	-0.0915	0.079	-0.1568	-0.1262	-0.0048	0.043	0.049	0.1056	0.0107	0.0073	0.1267	0.0191	0.1463	-24.1975	23.6903	-25.3305
9	2.6133	1.5385	-0.7015	5.5757	0.0804	3.4124	0.0144	0.1049	0.0013	-0.1772	0.1231	-0.3104	-0.1802	0.0482	-0.1375	0.0999	-0.0333	0.0594	0.1282	0.0711	0.1191	-11.7194	37.1378	-28.071
10	3.5897	3.7206	0.4699	20.0896	9.9063	16.781	0.3154	-0.9977	-0.0659	1.8182	0.0232	-1.2785	0.5892	0.4182	-0.3386	0.4121	-0.0893	-0.091	0.5135	-0.0416	0.2201	-7.5706	44.0596	-15.2834

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	389 - 421
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	422 - 484
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	485 - 517
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	518 - 558
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	559 - 607
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	389 - 394
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	395 - 512
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	513 - 552
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	553 - 594
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	595 - 604

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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