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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ez6 | ||||||
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タイトル | Bacillus DNA Polymerase I Large Fragment Complex 1 | ||||||
要素 |
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キーワード | Transferase/DNA / DNA Polymerase I / protein-DNA complex / closed form / Transferase-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Geobacillus kaustophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.64 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, W. / Beese, L.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Structures of a High-fidelity DNA Polymerase 著者: Wang, W. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011 タイトル: Structural evidence for the rare tautomer hypothesis of spontaneous mutagenesis. 著者: Wang, W. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ez6.cif.gz | 748.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ez6.ent.gz | 621.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ez6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ez6_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ez6_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4ez6_validation.xml.gz | 56.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ez6_validation.cif.gz | 87.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ez6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ez6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AD
#1: タンパク質 | 分子量: 67490.289 Da / 分子数: 2 断片: Bacillus Fragment (analogous to E. coli Klenow Fragment, unp residues 287-878) 変異: D598A, F710Y / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア) 遺伝子: polA, GK2730 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q5KWC1, DNA-directed DNA polymerase |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF
#2: DNA鎖 | 分子量: 2675.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Primer Strand #3: DNA鎖 | 分子量: 4016.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Template Strand |
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-非ポリマー , 4種, 1368分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM A STRAIN OF GEOBACILLUS SPECIES WHOSE SEQUENCE IS ...AUTHORS STATE THAT THE PROTEIN WAS ISOLATED FROM A STRAIN OF GEOBACILLU |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.53 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 48%-53% Saturated Ammonium Sulfate, 2.5% MPD, 10mM MgSO4, 100mM MES (pH 5.8), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.97121 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月23日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97121 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 166080 / % possible obs: 88.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 26.512 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 16.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 2HVI WITH INSERTION SITE BASE PAIR, METAL IONS, AND PROTEIN RESIDUES 681-721 DELETED 解像度: 1.64→46.87 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.26 / SU ML: 0.14 / σ(F): 2.35 / 位相誤差: 17.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→46.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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