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- PDB-4eyy: Crystal Structure of the IcmR-IcmQ complex from Legionella pneumophila -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eyy
タイトルCrystal Structure of the IcmR-IcmQ complex from Legionella pneumophila
要素
  • IcmQ
  • IcmR
キーワードPROTEIN BINDING / Protein heterodimer / ADPRT-like fold / NAD-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Dot/Icm secretion system IcmQ, C-terminal domain / : / IcmR, middle region / ADP-ribosylation fold / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Farelli, J.D. / Gumbart, J. / Akey, I.V. / Amyot, W. / Hempstead, A.D. / Head, J.F. / McKnight, C.J. / Isberg, R.R. / Akey, C.W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: IcmQ in the Type 4b secretion system contains an NAD+ binding domain.
著者: Farelli, J.D. / Gumbart, J.C. / Akey, I.V. / Hempstead, A. / Amyot, W. / Head, J.F. / McKnight, C.J. / Isberg, R.R. / Akey, C.W.
履歴
登録2012年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月16日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: IcmR
Q: IcmQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4762
ポリマ－34,4762
非ポリマー00
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area14550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.948, 113.411, 49.465
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11R-214-

HOH

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要素

#1: タンパク質 IcmR


分子量: 12961.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / 遺伝子: icmR, lpg0443 / プラスミド: pQE70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 (REP4) / 参照: UniProt: Q5ZYC9
#2: タンパク質 IcmQ


分子量: 21514.600 Da / 分子数: 1 / Mutation: K57Q, K59Q, R67Q, R71Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
株: Corby / 遺伝子: icmQ, LPC_2899 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 (REP4) / 参照: UniProt: A5IHF0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.856.15
2
結晶化温度: 294 K
詳細: Protein concentration 8 mg/ml. Selenomethionine-incorporated protein for SAD phasing. 1:1 ratio of protein to 24% PEG 1500, 0.1 M sodium citrate pH 5.9, 1 mM DTT and 1% ethylene glycol. ...詳細: Protein concentration 8 mg/ml. Selenomethionine-incorporated protein for SAD phasing. 1:1 ratio of protein to 24% PEG 1500, 0.1 M sodium citrate pH 5.9, 1 mM DTT and 1% ethylene glycol. Cryoprotected in mother liquor + 30% ethylene glycol and frozen in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
PH範囲: 5.9; 7.5

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンNSLS X2510.9789
シンクロトロンNSLS X2521
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2010年2月1日
ADSC QUANTUM 3152CCD2010年2月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SI 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97891
211
反射解像度: 2.4→19.754 Å / Num. obs: 15596 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 45.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.208 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→19.75 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 1560 10 %
Rwork0.217 --
obs0.222 15596 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.51 Å2 / ksol: 0.17 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.0117 Å20 Å2-0 Å2
2--3.2307 Å20 Å2
3----18.2423 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1920 0 0 118 2038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0171943
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7212621
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.992737
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.162308
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006335
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.47740.33241390.29481254X-RAY DIFFRACTION99
2.4774-2.56570.36281410.28121259X-RAY DIFFRACTION99
2.5657-2.66820.33931390.28291249X-RAY DIFFRACTION99
2.6682-2.78930.3021380.25091252X-RAY DIFFRACTION100
2.7893-2.9360.29771420.25361274X-RAY DIFFRACTION100
2.936-3.11920.28021410.25271267X-RAY DIFFRACTION100
3.1192-3.3590.31781420.24951275X-RAY DIFFRACTION100
3.359-3.6950.27981430.22391287X-RAY DIFFRACTION100
3.695-4.22520.22441440.19671299X-RAY DIFFRACTION100
4.2252-5.30610.20121470.18091318X-RAY DIFFRACTION100
5.3061-19.75430.24311440.17971302X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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