PDB-4eyu: The free structure of the mouse C-terminal domain of KDM6B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eyu

タイトル

The free structure of the mouse C-terminal domain of KDM6B

要素

Lysine-specific demethylase 6B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / JMJC domain / Histone K27 trimethyl and dimethyl demethylase

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-trimethyl-L-lysine27 demethylase / HDMs demethylate histones / histone H3K27me2/H3K27me3 demethylase activity / endothelial cell differentiation / Oxidative Stress Induced Senescence / cardiac muscle cell differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / mesodermal cell differentiation / cell fate commitment / response to fungicide ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Cheng, Z.J. / Patel, D.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: A selective jumonji H3K27 demethylase inhibitor modulates the proinflammatory macrophage response.
著者: Kruidenier, L. / Chung, C.W. / Cheng, Z. / Liddle, J. / Che, K. / Joberty, G. / Bantscheff, M. / Bountra, C. / Bridges, A. / Diallo, H. / Eberhard, D. / Hutchinson, S. / Jones, E. / Katso, R. ...

履歴

登録	2012年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月15日	Group: Database references
改定 1.2	2012年8月29日	Group: Database references
改定 1.3	2017年8月9日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: audit_author / entity_src_gen ...audit_author / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / software Item: _audit_author.name
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eyu.cif.gz	202.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eyu.ent.gz	159.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eyu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4eyu_validation.pdf.gz	468.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4eyu_full_validation.pdf.gz	495.8 KB	表示
XML形式データ	4eyu_validation.xml.gz	37.6 KB	表示
CIF形式データ	4eyu_validation.cif.gz	51.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/4eyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/4eyu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2xueC 4askC 4ez4C 4ezhC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ezh-1 4ic7-2 5fy0-1 5fxw-1 5fy7-1 4ic7-1 2rc9-d 5fy1-2 5cer-5 6ags-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Lysine-specific demethylase 6B

B: Lysine-specific demethylase 6B

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Lysine-specific demethylase 6B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lysine-specific demethylase 6B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.977, 102.284, 145.302
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 1155:1168 or resseq 1321:1565 or resseq...
2	1	1	chain B and (resseq 1155:1168 or resseq 1321:1565 or resseq...

#1: タンパク質	Lysine-specific demethylase 6B / JmjC domain-containing protein 3 / Jumonji domain-containing protein 3 分子量: 54885.965 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1155-1641 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kdm6b, Jmjd3, Kiaa0346 / プラスミド: PET28 SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q5NCY0, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q5NCY0, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物	ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン分子量: 147.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₅NO₅ / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	REPLACEMENT OF THE ORIGINAL LOOP SEQUENCE OF ESEDEESEEPDSTTGTSPSSAPDPKN(RESIDUES 1296-1322) WITH ...REPLACEMENT OF THE ORIGINAL LOOP SEQUENCE OF ESEDEESEEPDSTTGTSPSSAPDPKN(RESIDUES 1296-1322) WITH RESIDUES OF LEVLFQGPTKAARKSAPATGGGSSGS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.21 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 8.2 詳細: 11% methanol, 6% MPD, 5% PEG 4K, 5% GLYCEROL, HEPES pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月11日 / 詳細: SI MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.297→50 Å / Num. obs: 55090 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.072

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→38.45 Å / SU ML: 0.65 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	2767	5.05 %
R_work	0.23	-	-
obs	0.232	54823	98.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.41 Å² / k_sol: 0.3 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-19.2897 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	36.0011 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-16.7114 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7309	0	24	178	7511

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	7518
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.145	10240
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.258	2722
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	1118
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1310

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2609	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2609	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.064

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2971-2.3367	0.4204	120	0.389	2159	X-RAY DIFFRACTION	83
2.3367-2.3792	0.477	120	0.3859	2523	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3792-2.4249	0.3484	145	0.3748	2543	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4249-2.4744	0.4257	127	0.3498	2525	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4744-2.5282	0.3768	139	0.3435	2568	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5282-2.587	0.3696	139	0.3193	2588	X-RAY DIFFRACTION	99
2.587-2.6517	0.3234	154	0.2918	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6517-2.7234	0.3459	147	0.2821	2601	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7234-2.8035	0.3997	147	0.2723	2603	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8035-2.8939	0.2681	144	0.254	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8939-2.9973	0.2989	146	0.2393	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9973-3.1173	0.2828	134	0.2354	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1173-3.2591	0.2548	127	0.2325	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2591-3.4308	0.2656	117	0.2151	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4308-3.6456	0.2475	160	0.2143	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6456-3.9268	0.2282	124	0.1981	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9268-4.3215	0.2399	138	0.1732	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3215-4.9457	0.1937	138	0.1598	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9457-6.2268	0.2104	146	0.2059	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2268-38.4515	0.2026	155	0.1904	2816	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.355	-1.0111	0.1951	1.3153	-0.561	0.6983	-0.1159	0.0221	-0.5512	-0.1336	0.2621	0.179	0.5292	0.034	-0.1611	0.5305	-0.1472	-0.0267	0.6287	-0.023	0.4653	-1.3459	-16.3905	-38.2808
2	2.8198	-1.3714	0.3558	2.3912	-1.3028	3.4527	0.0138	0.0762	-0.0523	-0.2032	0.1466	0.1402	-0.2268	-0.5851	-0.1786	0.3752	-0.1292	0.0269	0.6543	0.0343	0.2649	-7.1403	3.383	-45.0236
3	2.2516	-1.5776	0.3692	1.5777	-0.9977	1.8471	0.1738	0.2066	0.4868	-0.2852	-0.1589	-0.4517	-0.2193	0.8054	0.0537	0.4038	-0.2218	0.0397	0.7796	-0.0199	0.3855	18.846	2.9059	-49.6284
4	1.345	0.7084	0.1782	1.8283	-0.0965	0.614	-0.0801	0.3362	0.2094	-0.2933	0.2595	0.0221	-0.3699	0.2194	0.1502	0.696	-0.4175	0.0469	0.0458	0.0163	0.4532	6.8518	15.847	-57.6518
5	0.6243	-0.4738	0.3161	0.7565	-0.8331	4.3045	0.009	-0.4383	0.0293	0.1337	-0.0438	0.0394	-0.5177	-0.0488	-0.0712	0.3411	-0.0627	0.0221	0.4115	-0.0621	0.2908	-4.0373	7.2739	-36.8056
6	2.034	-1.0416	-0.0509	1.0145	-0.6487	2.5577	-0.0504	-0.1442	0.0083	0.0397	0.0218	-0.035	0.08	0.1725	-0.0375	0.2795	-0.1466	-0.0122	0.3571	-0.0152	0.2711	7.5085	-4.8284	-40.0428
7	2.2478	0.4497	0.412	1.7319	1.2671	4.9719	0.0856	-0.4459	0.2302	0.1037	-0.1567	-0.0537	-0.0886	0.3566	0.0438	0.3356	-0.1539	-0.0127	0.8343	0.0314	0.3521	3.5763	-0.6588	-9.434
8	1.2567	-0.7169	-0.1078	1.958	-0.9856	2.197	-0.0653	-0.1381	0.3474	0.1697	0.2432	-0.129	-0.3963	-0.0546	-0.202	0.5059	-0.224	0.023	0.8726	-0.1468	0.49	-42.0078	16.2392	-25.9582
9	1.7584	-0.078	0	3.935	-1.5368	1.733	0.0681	-0.175	0.1883	0.3132	0.2603	0.2217	-0.0823	-0.7608	-0.4359	0.3906	-0.1045	0.0481	1.0435	0.0301	0.3614	-50.3608	6.0706	-21.3539
10	3.4689	0.9932	0.65	2.4183	-0.9013	2.6138	0.0723	-0.1643	-0.34	-0.0113	0.0928	-0.0918	0.3057	0.0538	-0.2055	0.3807	-0.0667	0.0293	0.8189	-0.0692	0.3502	-32.5985	-10.4239	-15.8928
11	2.2741	0.7987	0.3059	3.3678	-1.3767	1.7183	-0.0289	-0.2509	-0.1292	0.223	0.2295	-0.1683	-0.0183	0.2401	-0.1082	0.3566	-0.059	0.0243	0.8297	-0.0758	0.335	-29.8327	-11.1757	-10.0358
12	1.3706	-0.9401	-0.4475	2.0998	-1.6409	4.2343	-0.1282	0.1625	-0.0618	-0.0172	0.1457	0.1344	0.451	-0.2663	0.0003	0.4392	-0.2864	0.0083	0.8998	-0.0453	0.4244	-45.5031	-7.4093	-27.4982
13	1.4263	-0.1338	0.6189	0.9361	-0.5783	2.556	-0.0448	-0.0878	0.123	-0.0153	0.1189	-0.0672	-0.1524	-0.0874	-0.0345	0.3581	-0.153	0.0264	0.8227	-0.0687	0.3876	-34.0149	4.7673	-24.3472
14	1.7458	-1.4751	-0.6595	1.5981	1.4412	4.4083	0.1155	0.3008	-0.0876	-0.05	-0.147	-0.0444	-0.0968	0.2662	0.075	0.3128	-0.1538	-0.0007	0.7277	0.077	0.3697	-38.3205	1.7006	-53.2272
15	0.3106	0.468	0.255	1.0323	0.2976	3.5064	-0.0966	0.1133	-0.21	0.0809	-0.009	-0.0683	0.3729	0.2921	0.0052	0.341	-0.0692	0.029	0.8857	0.1039	0.3445	-37.3771	-1.5586	-58.1316

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1157:1203 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 1204:1239 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 1240:1268 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 1269:1298 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 1299:1374 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 1375:1503 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 1504:1636 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 1157:1196 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 1197:1228 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 1229:1257 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 1258:1297 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 1298:1374 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 1375:1503 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 1504:1589 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN B AND RESID 1594:1638 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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