PDB-4eyk: Crystal structure of solute binding protein of ABC transporter fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eyk

タイトル

Crystal structure of solute binding protein of ABC transporter from Rhodopseudomonas palustris BisB5 in complex with 3,4-dihydroxy benzoic acid

要素

Twin-arginine translocation pathway signal

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / PSI-BIOLOGY / MCSG / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS /

transporter (運搬体タンパク質) / lignin degradation product

機能・相同性

機能・相同性情報

Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein /

Response regulator / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. /

Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Periplasmic binding protein-like I /

ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Chang, C. / Mack, J. / Zerbs, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Characterization of transport proteins for aromatic compounds derived from lignin: benzoate derivative binding proteins.
著者: Michalska, K. / Chang, C. / Mack, J.C. / Zerbs, S. / Joachimiak, A. / Collart, F.R.

履歴

登録	2012年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月12日	Group: Database references
改定 1.2	2012年10月24日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eyk.cif.gz	163.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eyk.ent.gz	136.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eyk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/4eyk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ey/4eyk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4evqC 4evrC 4evsC 4ey3C 4eygC 4f06C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ey3-d 4eyg-2 1el7-2 4eyg-1 4evs-d 2gf3-1 3bhk-2 1l9d-2 3qse-1 3m13-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC102213

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Twin-arginine translocation pathway signal

ヘテロ分子

40.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.611, 131.901, 130.042
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-553- HOH

#1: タンパク質	Twin-arginine translocation pathway signal 分子量: 39983.023 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-392 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) 株: BisB5 / 遺伝子: RPD_1586 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q13AR6
#2: 化合物	ChemComp-DHB / 3,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID / プロトカテク酸 / プロトカテク酸分子量: 154.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.79 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M SODIUM CITRATE, 20% ISO-PROPANOL,20% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月11日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 31877 / Num. obs: 31855 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 38.2
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.533 / Mean I/σ(I) obs: 3.27 / Num. unique all: 1595 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SHELXDE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.987 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.292 / ESU R Free: 0.113
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1824	1611	5.1 %	RANDOM
R_work	0.133	-	-	-
all	0.1356	31816	-	-
obs	0.1356	31816	99.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.51 Å² / B_iso mean: 37.0376 Å² / B_iso min: 19.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.85 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2732	0	15	252	2999

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.02	2898
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.269	1.977	3927
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.823	5	383
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.325	25.263	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.555	15	506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.351	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	434
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2198
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.88	3	2898
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	33.691	5	79
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	23.112	5	3009

LS精密化シェル

解像度: 1.904→1.953 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.24	112	-
R_work	0.173	1981	-
all	-	2093	-
obs	-	2093	96.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.204	-0.1263	-0.1245	0.101	0.2105	0.8667	-0.0259	0.0126	-0.0255	0.0418	-0.0183	0.0217	0.1764	-0.0819	0.0442	0.0727	-0.027	0.0098	0.0363	-0.0009	0.0169	16.5968	10.5068	83.1839
2	0.1032	0.0273	-0.0441	0.1353	0.0233	0.08	0.0058	-0.0061	0.0096	0.0046	-0.001	-0.0002	-0.0079	-0.0023	-0.0048	0.0436	-0.0016	0.0006	0.0336	-0.0012	0.0121	26.1959	38.2863	82.1175
3	0.0006	0.0003	-0.0012	0.043	-0.0316	0.0261	-0.0057	0.0032	0.0008	-0.0355	0.013	0.0064	0.0288	-0.0226	-0.0073	0.0535	-0.0129	-0.0049	0.0549	0.0028	0.0105	21.356	21.3557	65.0284
4	0.0505	-0.0945	-0.0362	0.1835	0.0304	0.3122	-0.0119	0.006	-0.0047	0.0197	-0.0069	0.0081	0.0819	0.0088	0.0188	0.0651	-0.0003	0.0058	0.034	0.0006	0.0128	28.6178	7.6562	77.0788
5	0.0088	-0.0051	-0.0104	0.0567	0.0315	0.0245	0.0012	0.0003	-0.002	0.0004	-0.001	-0.0073	0.0018	-0.0035	-0.0002	0.0454	0.0006	-0.0001	0.0381	0.0028	0.0147	31.9269	28.5535	71.3566

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	28 - 146
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	147 - 276
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	277 - 304
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	305 - 359
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	360 - 390

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)