PDB-4exl: Crystal structure of phosphate ABC transporter, periplasmic phosp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4exl

タイトル

Crystal structure of phosphate ABC transporter, periplasmic phosphate-binding protein PstS 1 (PBP1) from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A

要素

Phosphate-binding protein pstS 1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / alpha and beta protein / Periplasmic binding protein-like II fold / phosphate ABC transporter / extracellular

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphate ion transport / phosphate ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Minasov, G. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of phosphate ABC transporter, periplasmic phosphate-binding protein PstS 1 (PBP1) from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A
著者: Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Kudritska, M. / Minasov, G. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2012年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4exl.cif.gz	430.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4exl.ent.gz	354.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4exl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4exl_validation.pdf.gz	452.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4exl_full_validation.pdf.gz	460.3 KB	表示
XML形式データ	4exl_validation.xml.gz	52.4 KB	表示
CIF形式データ	4exl_validation.cif.gz	80.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/4exl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/4exl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1twyS 4lat S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2gkd-d 3fer-1 1ma3-d 5vfn-d 3zsf-2 4knw-3 2qop-d 5tyi-1 4pq0-d 4icg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP91988

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphate-binding protein pstS 1

B: Phosphate-binding protein pstS 1

C: Phosphate-binding protein pstS 1

D: Phosphate-binding protein pstS 1

ヘテロ分子

113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphate-binding protein pstS 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphate-binding protein pstS 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Phosphate-binding protein pstS 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Phosphate-binding protein pstS 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.633, 76.501, 111.066
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.88, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Phosphate-binding protein pstS 1 / PBP 1 分子量: 28190.346 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 28-292 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: Canada MDR_19A / 遺伝子: pstS1, SpneCM_010100007640, SP_1400 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97Q31, UniProt: Q8DPB1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.22 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris-Cl pH8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月17日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→25 Å / Num. all: 108303 / Num. obs: 107654 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / R_sym value: 0.055 / Net I/σ(I): 26.86
反射シェル	解像度: 1.68→1.71 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / R_sym value: 0.432 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1TWY

1twy

解像度: 1.7→24.851 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2111	3395	1.83 %
R_work	0.1654	-	-
obs	0.1663	103395	90.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 51.302 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.0632 Å²	0 Å²	-1.9583 Å²
2-	-	1.0855 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.1488 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→24.851 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7784	0	13	1304	9101

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	8111
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.681	11096
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.528	2957
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.132	1301
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1446

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7243	0.3476	109	0.2938	7298	X-RAY DIFFRACTION	87
1.7243-1.75	0.3468	129	0.265	7255	X-RAY DIFFRACTION	87
1.75-1.7774	0.2868	141	0.2375	7363	X-RAY DIFFRACTION	87
1.7774-1.8065	0.2687	118	0.2351	7310	X-RAY DIFFRACTION	88
1.8065-1.8376	0.2424	137	0.2161	7395	X-RAY DIFFRACTION	88
1.8376-1.871	0.2675	150	0.1992	7376	X-RAY DIFFRACTION	88
1.871-1.907	0.2872	154	0.196	7391	X-RAY DIFFRACTION	89
1.907-1.9459	0.24	120	0.1915	7504	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9459-1.9882	0.2825	147	0.1812	7450	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9882-2.0345	0.2157	171	0.1719	7436	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0345-2.0853	0.1854	127	0.1654	7516	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0853-2.1417	0.2416	153	0.1709	7536	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1417-2.2046	0.1913	132	0.1679	7609	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2046-2.2758	0.2191	144	0.1568	7604	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2758-2.357	0.1968	145	0.1522	7608	X-RAY DIFFRACTION	91
2.357-2.4513	0.1873	145	0.1527	7668	X-RAY DIFFRACTION	92
2.4513-2.5628	0.2526	152	0.1674	7666	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5628-2.6977	0.1826	145	0.1817	7777	X-RAY DIFFRACTION	93
2.6977-2.8665	0.2667	135	0.1727	7703	X-RAY DIFFRACTION	92
2.8665-3.0875	0.2243	161	0.1764	7681	X-RAY DIFFRACTION	92
3.0875-3.3975	0.2037	140	0.1634	7720	X-RAY DIFFRACTION	92
3.3975-3.8875	0.1985	147	0.1394	7878	X-RAY DIFFRACTION	94
3.8875-4.8917	0.1435	145	0.1213	8042	X-RAY DIFFRACTION	96
4.8917-24.8535	0.1796	148	0.1577	7989	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0576	-0.8272	1.3169	3.7613	-0.6418	3.0957	0.1286	0.1349	-0.3222	-0.3571	0.0163	0.3101	0.2561	-0.2182	-0.0791	0.1192	0.0235	-0.0067	0.0845	0.0014	0.1537	9.9526	24.5355	52.9883
2	2.5402	0.7965	0.2289	1.7657	1.2642	3.0625	0.067	-0.3187	-0.0278	0.1574	-0.131	0.068	0.0545	-0.2154	0.0486	0.063	-0.0103	0.0114	0.1214	0.0139	0.0973	-6.6694	37.7555	75.3002
3	1.1812	-0.5279	-0.448	1.5939	0.9657	2.4171	-0.0035	-0.0905	-0.0511	-0.0178	0.0623	-0.1384	0.0471	0.227	-0.0549	0.0605	0.001	0.0011	0.1027	0.0269	0.1309	14.2794	34.7941	63.5727
4	2.0932	0.6913	-0.1314	2.734	-0.9621	1.0667	-0.103	0.1727	-0.0679	-0.207	0.0198	-0.1152	0.1235	-0.0199	0.0799	0.0754	-0.0029	0.0102	0.0813	-0.0107	0.1011	10.1685	61.4662	55.0135
5	2.3771	0.0279	-0.5254	1.3239	0.9673	3.2967	-0.0156	-0.1008	0.0069	0.0152	-0.0287	0.0398	-0.052	-0.1207	0.0425	0.1217	-0.0158	-0.018	0.0782	0.0072	0.1127	-5.5534	78.0905	76.0341
6	1.374	-0.2744	-0.6862	1.6245	1.2774	2.0712	0.0099	-0.0557	0.0074	0.006	0.0219	-0.1934	-0.1447	0.1627	-0.0475	0.0911	-0.0251	-0.0126	0.0719	0.0301	0.1405	15.0458	73.4752	64.6636
7	4.2675	0.1043	-1.2224	1.2752	0.5342	2.0188	0.1676	-1.4596	1.9711	0.1879	0.4305	-0.0386	-0.2825	0.5844	-0.1859	0.2407	0.025	-0.0234	0.35	-0.2125	0.3676	32.0873	29.0021	102.0352
8	3.2901	0.7036	0.2109	2.2746	1.5984	3.4062	0.0246	-0.247	0.0811	-0.1265	-0.1079	0.0582	-0.2246	-0.0718	0.0694	0.2064	0.0123	-0.0325	0.1433	-0.0173	0.0842	5.141	14.3972	99.5578
9	4.5718	1.2496	0.8466	2.2303	1.9517	2.3068	-0.0511	0.2315	0.1278	-0.0253	0.1837	-0.2102	0.0375	0.3497	-0.1192	0.2018	0.0228	-0.004	0.2049	0.0361	0.1255	28.1264	18.2831	91.389
10	2.4256	-1.1014	1.4139	1.5702	-0.2055	2.6649	0.1761	0.1057	0.4346	0.0295	0.0122	-0.1467	-0.2682	-0.3041	-0.1358	0.172	0.0849	0.0628	0.2741	0.1026	0.186	30.4319	67.0897	99.5135
11	3.2635	0.641	-0.3474	1.9233	1.434	2.1627	0.1492	-0.2498	-0.0988	-0.1655	-0.2023	0.0688	-0.2547	0.1794	0.0372	0.2162	-0.0007	-0.0412	0.2085	0.0313	0.0923	3.3061	51.637	98.4292
12	3.327	1.4328	1.6299	1.7982	1.5787	1.4836	0.0874	0.4751	0.087	-0.0535	0.0476	-0.1527	0.0195	0.1156	-0.1146	0.1593	0.0576	0.0208	0.2932	0.0853	0.1237	26.1566	55.3556	90.7406

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resi 30:107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resi 108:213
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resi 214:290
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resi 28:107
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and resi 108:213
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resi 214:289
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain C and resi 31:107
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain C and resi 108:213
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain C and resi 214:292
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain D and resi 31:107
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain D and resi 108:213
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain D and resi 214:289

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)