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万見
- PDB-2qop: Crystal structure of the transcriptional regulator AcrR from Esch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qop
タイトルCrystal structure of the transcriptional regulator AcrR from Escherichia coli
要素HTH-type transcriptional regulator acrR
キーワードTRANSCRIPTION / AcrB regulator / DNA-binding / Repressor / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


toxic substance binding / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator MAATS, C-terminal / MAATS-type transcriptional repressor, C-terminal region / : / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type ...Transcription regulator MAATS, C-terminal / MAATS-type transcriptional repressor, C-terminal region / : / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH-type transcriptional regulator AcrR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Li, M. / Gu, R. / Su, C.-C. / McDermott, G. / Yu, E.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the transcriptional regulator AcrR from Escherichia coli.
著者: Li, M. / Gu, R. / Su, C.C. / Routh, M.D. / Harris, K.C. / Jewell, E.S. / McDermott, G. / Yu, E.W.
履歴
登録2007年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator acrR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7981
ポリマ－24,7981
非ポリマー00
水63135
1
A: HTH-type transcriptional regulator acrR

A: HTH-type transcriptional regulator acrR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5952
ポリマ－49,5952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area4020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.218, 54.574, 73.726
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
詳細The dimer is generated by space group p2221

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator acrR / Potential acrAB operon repressor


分子量: 24797.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P0ACS9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 35% PEG 4000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.979249 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月15日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979249 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 6766 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 3.3 / Observed criterion σ(I): 3.3 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1041 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 85.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SnB位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.55→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 4 / σ(I): 4
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 250 -random
Rwork0.228 ---
all-5982 --
obs-5085 85.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1672 0 0 35 1707
拘束条件タイプ: p_bond_d / Dev ideal: 0.022

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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