PDB-4ewn: Structure of HisF-D130V+D176V with bound rCdRP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ewn

タイトル

Structure of HisF-D130V+D176V with bound rCdRP

要素

Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF

キーワード

LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

imidazole glycerol-phosphate synthase / imidazoleglycerol-phosphate synthase activity / L-histidine biosynthetic process / lyase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.903 Å

データ登録者

Reisinger, B. / Bocola, M. / Rajendran, C. / List, F. / Sterner, R.

引用

ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2012
タイトル: A sugar isomerization reaction established on various (beta-alpha)8-barrel scaffolds is based on substrate-assisted catalysis
著者: Reisinger, B. / Bocola, M. / List, F. / Claren, J. / Rajendran, C. / Sterner, R.

履歴

登録	2012年4月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ewn.cif.gz	110 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ewn.ent.gz	85.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ewn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ewn_validation.pdf.gz	752.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ewn_full_validation.pdf.gz	755.9 KB	表示
XML形式データ	4ewn_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	4ewn_validation.cif.gz	16.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/4ewn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/4ewn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2a0n-d 4lef-4 6dc1-2 6dc1-5 6c7v-d 6rg0-2 6dc1-1 6k7z-1 1thf-d 6dc1-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

D: Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF

ヘテロ分子

28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.654, 112.517, 163.402
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222

#1: タンパク質	Imidazole glycerol phosphate synthase subunit HisF / IGP synthase cyclase subunit / IGP synthase subunit HisF / ImGP synthase subunit HisF / IGPS subunit HisF 分子量: 27721.957 Da / 分子数: 1 / 変異: D130V-D176V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: hisF, TM_1036 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9X0C6, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; オキソ酸の付加脱離
#2: 化合物	ChemComp-0VR / 1-(O-carboxy-phenylamino)-1-deoxy-D-ribulose-5-phosphate / 1-[(2-carboxyphenyl)amino]-1-deoxy-5-O-phosphono-D-ribitol 分子量: 351.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₈NO₉P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.56 %

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: Diamond(001) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→81.701 Å / Num. all: 21106 / Num. obs: 20607 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7.2_869) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.903→46.336 Å / SU ML: 0.77 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 34.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2365	1027	4.99 %	RANDOM
R_work	0.2038	-	-	-
obs	0.2055	20574	97.49 %	-
all	-	20802	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.42 Å² / k_sol: 0.32 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.608 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.1322 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.4758 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.903→46.336 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1872	0	23	66	1961

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1920
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.079	2590
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.642	708
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	306
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	328

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.903-2.0028	0.5406	130	0.5304	2473	X-RAY DIFFRACTION	88
2.0028-2.1283	0.3655	147	0.3668	2795	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1283-2.2926	0.344	142	0.2654	2745	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2926-2.5233	0.288	150	0.227	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5233-2.8884	0.2802	151	0.2187	2869	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8884-3.6389	0.2399	150	0.1868	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6389-46.3495	0.1673	157	0.1577	2968	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2774	-0.5818	-0.7549	6.7291	-1.6268	6.8869	0.0825	0.1165	0.1404	-0.4664	-0.3219	-1.0944	0.2781	0.9098	0.2311	0.3281	0.0768	-0.0197	0.391	-0.0282	0.4275	23.1011	9.8203	14.9068
2	8.7058	-1.097	1.5848	6.6742	-1.3881	6.2178	-0.0001	1.1208	-0.1775	-0.8054	-0.0424	-0.1816	0.5001	0.0265	0.1185	0.4537	-0.0243	-0.082	0.4086	-0.0678	0.265	12.5791	10.5156	5.3826
3	2.8518	0.4116	0.4839	6.4219	0.6379	4.5702	0.1311	0.1216	0.1392	-0.0498	0.1353	0.591	-0.1438	-0.4952	-0.1674	0.1734	0.0163	-0.0324	0.2844	0.0582	0.2914	2.6191	20.3795	16.7732
4	4.7392	-1.4184	1.8514	4.9364	-1.7911	5.905	-0.2108	-0.0059	-0.0025	0.5096	0.1819	-0.0577	-0.1327	0.1715	-0.0727	0.2723	-0.0638	-0.0115	0.2107	-0.0044	0.195	11.4274	11.5622	28.5963

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resseq 2:60)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resseq 61:94)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resseq 95:152)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resseq 153:250)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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