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- PDB-4ew7: The crystal structure of conjugative transfer PAS_like domain fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ew7
タイトルThe crystal structure of conjugative transfer PAS_like domain from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
要素Conjugative transfer: regulation
キーワードTRANSCRIPTION / alpha-beta-alpha structure / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / PSI-Biology / PAS-like fold / cytoplasmic / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins / PCSEP
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Plasmid transfer regulator TraJ, R1 plasmid / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / PYRUVIC ACID / SUCCINIC ACID / Conjugative transfer: regulation / Conjugative transfer: regulation
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Wu, R. / Jedrzejczak, R.P. / Brown, R.N. / Cort, J.R. / Heffron, F. / Nakayasu, E.S. / Adkins, J.N. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins (PCSEP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of conjugative transfer PAS_like domain from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
著者: Wu, R. / Jedrzejczak, R.P. / Brown, R.N. / Cort, J.R. / Heffron, F. / Nakayasu, E.S. / Adkins, J.N. / Joachimiak, A.
履歴
登録2012年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conjugative transfer: regulation
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1897
ポリマ－14,7721
非ポリマー4176
水75742
1
A: Conjugative transfer: regulation
ヘテロ分子

A: Conjugative transfer: regulation
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,37814
ポリマ－29,5452
非ポリマー83312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
Buried area3600 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area11570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.081, 57.081, 67.638
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Conjugative transfer: regulation


分子量: 14772.407 Da / 分子数: 1 / 断片: conjugative transfer PAS_like domain residues 5-128 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S (サルモネラ菌)
株: 588858 / 遺伝子: STM14_5595, traJ / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 MAGIC / 参照: UniProt: D0ZHW1, UniProt: A0A0F6AW83*PLUS

-
非ポリマー , 7種, 48分子

#2: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M DL, malic acid, pH 7.0, 20% PEG 3500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111, channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→50 Å / Num. all: 15181 / Num. obs: 15181 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 26.97 Å2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 1.67→1.7 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 659 / Rsym value: 0.452 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MLPHARE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.67→27.912 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.68 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2278 760 5.02 %
Rwork0.1949 --
obs0.1965 15152 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.573 Å2 / ksol: 0.408 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4536 Å2-0 Å20 Å2
2---1.4536 Å2-0 Å2
3---2.9071 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→27.912 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数924 0 26 42 992
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006981
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9761324
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.069362
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078138
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004177
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.67-1.79890.23871570.241828302987100
1.7989-1.97990.22921740.184628172991100
1.9799-2.26630.20591330.183529013034100
2.2663-2.85480.2281410.192829063047100
2.8548-27.9160.23141550.19592938309398
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.8135 Å / Origin y: 40.0919 Å / Origin z: 16.4219 Å
111213212223313233
T0.1527 Å20.0703 Å20.0458 Å2-0.0535 Å20.0061 Å2--0.1017 Å2
L2.5962 °20.4634 °20.3624 °2-2.2109 °20.0955 °2--3.2271 °2
S-0.1945 Å °-0.3513 Å °-0.5627 Å °0.1044 Å °0.0623 Å °-0.2958 Å °0.6728 Å °0.2579 Å °0.0271 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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