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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ew4 | |||||||||
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タイトル | mouse MBD4 glycosylase domain in complex with DNA containing a ribose sugar | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / stable intermediate / N-glycosidic bond / Helix-hairpin-Helix / DNA glycosylase / HYDROLASE-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Cleavage of the damaged pyrimidine / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / response to radiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / DNA repair / DNA damage response / chromatin ...Cleavage of the damaged pyrimidine / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / response to radiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / DNA repair / DNA damage response / chromatin / DNA binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.791 Å | |||||||||
データ登録者 | Hashimoto, H. / Zhang, X. / Cheng, X. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012 タイトル: Excision of thymine and 5-hydroxymethyluracil by the MBD4 DNA glycosylase domain: structural basis and implications for active DNA demethylation. 著者: Hashimoto, H. / Zhang, X. / Cheng, X. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ew4.cif.gz | 59.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ew4.ent.gz | 39.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ew4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4ew4_validation.pdf.gz | 443.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4ew4_full_validation.pdf.gz | 445.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4ew4_validation.xml.gz | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4ew4_validation.cif.gz | 11.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/4ew4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/4ew4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 17564.195 Da / 分子数: 1 / 断片: glycosylase domain, UNP residues 411-554 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mbd4 / プラスミド: pXC1064 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Z2D7, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 BC
#2: DNA鎖 | 分子量: 3374.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oligonucleotide synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 3225.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oligonucleotide synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 20分子
#4: 化合物 | ChemComp-NI / |
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#5: 化合物 | ChemComp-UNX / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.12 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 25% polyethylene glycol 3350, 200 mM NaCl, 100 mM BIS-TRIS-HCl, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月11日 / 詳細: Si (220) |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.791→27.4 Å / Num. obs: 6818 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 78.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 29.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.791→2.94 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 657 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1NGN 解像度: 2.791→27.4 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.71 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.141 Å2 / ksol: 0.295 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.791→27.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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