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- PDB-4ew0: mouse MBD4 glycosylase domain in complex with a G:5hmU (5-hydroxy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ew0
タイトルmouse MBD4 glycosylase domain in complex with a G:5hmU (5-hydroxymethyluracil) mismatch
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*(5HU)P*GP*CP*TP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*GP*G)-3')
  • Methyl-CpG-binding domain protein 4
キーワードHYDROLASE/DNA / 5-hydroxymethyluracil / deamination / 5-methylcytosine / active DNA demethylation / Helix-hairpin-Helix / DNA glycosylase / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Cleavage of the damaged pyrimidine / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / response to radiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / DNA repair / DNA damage response / chromatin ...Cleavage of the damaged pyrimidine / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / response to radiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / DNA repair / DNA damage response / chromatin / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methyl-CpG-binding domain protein 4 / Methyl-CpG binding protein MeCP2/MBD4 / Hypothetical protein; domain 2 / Endonuclease III; domain 1 / DNA glycosylase / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily ...Methyl-CpG-binding domain protein 4 / Methyl-CpG binding protein MeCP2/MBD4 / Hypothetical protein; domain 2 / Endonuclease III; domain 1 / DNA glycosylase / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / DNA / DNA (> 10) / Methyl-CpG-binding domain protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Hashimoto, H. / Zhang, X. / Cheng, X.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Excision of thymine and 5-hydroxymethyluracil by the MBD4 DNA glycosylase domain: structural basis and implications for active DNA demethylation.
著者: Hashimoto, H. / Zhang, X. / Cheng, X.
履歴
登録2012年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月10日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-CpG-binding domain protein 4
B: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*GP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*(5HU)P*GP*CP*TP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5487
ポリマ－24,3033
非ポリマー2454
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area9570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.08, 110.23, 118.45
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-704-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methyl-CpG-binding domain protein 4 / Methyl-CpG-binding protein MBD4 / Mismatch-specific DNA N-glycosylase


分子量: 17563.209 Da / 分子数: 1 / 断片: glycosylase domain, UNP residues 411-554 / 変異: D534N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mbd4 / プラスミド: pXC1088 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Z2D7, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*GP*G)-3')


分子量: 3374.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oligonucleotide synthesis
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*(5HU)P*GP*CP*TP*GP*A)-3')


分子量: 3365.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oligonucleotide synthesis

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非ポリマー , 3種, 35分子

#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 25% polyethylene glycol 3350, 200 mM NaCl, 100 mM BIS-TRIS-HCl, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月11日 / 詳細: Si (220)
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→26.09 Å / Num. obs: 10704 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 59.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 2.39→2.48 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1021 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NGN

1ngn


解像度: 2.39→26.086 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2958 534 5 %random
Rwork0.2777 ---
obs0.2786 10680 99.54 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.304 Å2 / ksol: 0.308 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å2-0 Å20 Å2
2---6.1938 Å2-0 Å2
3---6.6038 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→26.086 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1189 445 13 31 1678
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041747
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7412465
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.385654
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045261
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003233
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.39-2.63430.43791290.41142464X-RAY DIFFRACTION99
2.6343-3.0150.40811320.36292504X-RAY DIFFRACTION100
3.015-3.79670.30611330.27392539X-RAY DIFFRACTION100
3.7967-26.08780.25191400.24492639X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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