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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ew0 | ||||||
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タイトル | mouse MBD4 glycosylase domain in complex with a G:5hmU (5-hydroxymethyluracil) mismatch | ||||||
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![]() | HYDROLASE/DNA / 5-hydroxymethyluracil / deamination / 5-methylcytosine / active DNA demethylation / Helix-hairpin-Helix / DNA glycosylase / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Cleavage of the damaged pyrimidine / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / response to radiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / DNA repair / DNA damage response / chromatin ...Cleavage of the damaged pyrimidine / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / response to radiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / DNA repair / DNA damage response / chromatin / DNA binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hashimoto, H. / Zhang, X. / Cheng, X. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Excision of thymine and 5-hydroxymethyluracil by the MBD4 DNA glycosylase domain: structural basis and implications for active DNA demethylation. 著者: Hashimoto, H. / Zhang, X. / Cheng, X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 460.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 462.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 17563.209 Da / 分子数: 1 / 断片: glycosylase domain, UNP residues 411-554 / 変異: D534N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9Z2D7, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 BC
#2: DNA鎖 | 分子量: 3374.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oligonucleotide synthesis |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 3365.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oligonucleotide synthesis |
-非ポリマー , 3種, 35分子 ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-NI / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 25% polyethylene glycol 3350, 200 mM NaCl, 100 mM BIS-TRIS-HCl, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月11日 / 詳細: Si (220) |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.39→26.09 Å / Num. obs: 10704 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 59.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.39→2.48 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1021 / % possible all: 97.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1NGN 解像度: 2.39→26.086 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.98 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.304 Å2 / ksol: 0.308 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.39→26.086 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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