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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4euy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of thioredoxin-like protein BCE_0499 from Bacillus cereus ATCC 10987 | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Unknown Function / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus cereus (セレウス菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Shabalin, I.G. / Kagan, O. / Chruszcz, M. / Grabowski, M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of thioredoxin-like protein BCE_0499 from Bacillus cereus 著者: Shabalin, I.G. / Kagan, O. / Chruszcz, M. / Grabowski, M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4euy.cif.gz | 46.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4euy.ent.gz | 36.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4euy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/4euy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/4euy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | biological unit is the same as asym. unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12531.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (セレウス菌) / 株: ATCC 10987 / 遺伝子: BCE_0499 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q73E61 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein: 0.3M NaCl, 10mM Hepes pH 7.5, 0.5 mM TCEP, Precipitant: 20% PEG3350, 0.2M tri-Li Citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月19日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97929 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 4254 / Num. obs: 4245 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 111 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Χ2: 1.224 / Net I/σ(I): 41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.2987 / WRfactor Rwork: 0.2122 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.807 / SU B: 30.558 / SU ML: 0.265 / SU R Cruickshank DPI: 0.4737 / SU Rfree: 0.3606 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.474 / ESU R Free: 0.361 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 204.62 Å2 / Biso mean: 104.5937 Å2 / Biso min: 63.12 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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