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- PDB-4eun: Crystal structure of a sugar kinase (Target EFI-502144 from Janib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eun
タイトルCrystal structure of a sugar kinase (Target EFI-502144 from Janibacter sp. HTCC2649), unliganded structure
要素thermoresistant glucokinase
キーワードTRANSFERASE / putative sugar kinase / Enzyme Function Initiative / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


gluconokinase / gluconokinase activity / carbohydrate metabolic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate kinase, thermoresistant glucokinase / Shikimate kinase/gluconokinase / Shikimate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Janibacter sp. HTCC2649 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a sugar kinase (Target EFI-502144 from Janibacter sp. HTCC2649), unliganded structure
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / ...著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2012年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: thermoresistant glucokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2673
ポリマ－22,0751
非ポリマー1922
水2,396133
1
A: thermoresistant glucokinase
ヘテロ分子

A: thermoresistant glucokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5346
ポリマ－44,1502
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
Buried area3990 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area14330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.088, 51.088, 119.616
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

SO4

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要素

#1: タンパク質 thermoresistant glucokinase / Carbohydrate kinase


分子量: 22074.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Janibacter sp. HTCC2649 (バクテリア)
株: HTCC2649 / 遺伝子: JNB_15458 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3TPB6, gluconokinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: シッティングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: protein (10 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 1 mM DTT), reservoir (0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0, 2.5 M ammonium sulfate), cryoprotection (reservoir + 20% glycerol), ...詳細: protein (10 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM sodium chloride, 10% glycerol, 1 mM DTT), reservoir (0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0, 2.5 M ammonium sulfate), cryoprotection (reservoir + 20% glycerol), SITTING DROP, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月19日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→44.244 Å / Num. all: 24591 / Num. obs: 24591 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.4 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.6-1.6910.30.76213643135270.762100
1.69-1.7910.50.5161.53498633340.516100
1.79-1.9110.70.2622.93367031610.262100
1.91-2.0710.70.14953147429520.149100
2.07-2.2610.60.0937.62889127180.093100
2.26-2.5310.60.0719.52645624950.071100
2.53-2.9210.50.05710.72306721990.057100
2.92-3.5810.40.04612.51953618870.046100
3.58-5.069.50.042141403714810.04298.5
5.06-119.6168.20.0414.968278370.0493.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345データ収集
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3T61

3t61


解像度: 1.6→35.569 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.8424 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2231 1252 5.1 %RANDOM
Rwork0.1853 ---
obs0.1872 24531 99.59 %-
all-24531 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.428 Å2 / ksol: 0.407 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 113.32 Å2 / Biso mean: 33.6069 Å2 / Biso min: 15.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.1648 Å2-0 Å2-0 Å2
2--4.1648 Å2-0 Å2
3----8.3295 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→35.569 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1332 0 10 133 1475
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061399
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9871910
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062214
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006251
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.328518
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.66410.27211270.233125332660100
1.6641-1.73980.30531420.223625422684100
1.7398-1.83160.26841370.20325772714100
1.8316-1.94630.241400.188725502690100
1.9463-2.09660.24091480.182425612709100
2.0966-2.30750.20191360.17525832719100
2.3075-2.64130.25791480.196125842732100
2.6413-3.32740.22091410.188426442785100
3.3274-35.57770.19441330.1742705283897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.674-0.35860.42853.91860.74623.20140.0073-0.01710.13570.0423-0.17320.2896-0.0207-0.25410.13260.3047-0.045-0.04190.0943-0.01230.2263-5.049835.160117.7235
26.87125.1763-5.36527.658-6.98969.16540.05390.13950.1756-0.12750.18610.2746-0.0178-0.5158-0.22410.3304-0.0183-0.03760.1215-0.02090.17061.657840.841919.0107
30.6930.13291.03021.7951-0.24525.0104-0.0680.13780.0316-0.12870.12720.0128-0.32120.2576-0.05470.2958-0.01740.0540.19790.01590.22417.486248.8054.1436
41.3831-0.30561.69482.195-2.49356.68990.02860.3592-0.19160.0260.1966-0.51550.59621.59640.1030.21980.0871-0.0580.0898-0.05110.270810.986335.964414.2763
51.41770.30780.84630.17180.58362.95930.20210.09-0.2290.18-0.0023-0.13460.2260.146-0.1690.29580.0166-0.05010.1226-0.03230.22832.172631.254111.8748
68.80550.3665-1.91842.19853.51997.3613-0.2353-0.50671.0353-0.12730.03010.499-1.0153-0.96760.22420.35160.1469-0.05750.3711-0.00660.3766-14.26944.69571.9428
74.97911.77492.7062.32411.41325.0578-0.1723-0.15440.1167-0.0491-0.03940.5174-0.09510.00270.17530.2887-0.0340.05870.23320.02130.243-4.140846.62532.2046
82.3949-1.2202-0.28552.17120.01872.24120.09130.2172-0.15070.2791-0.0383-0.11360.6642-0.31450.04070.3365-0.0494-0.09620.1543-0.09050.2863-7.175828.59487.1154
95.9645-0.80625.07994.7661-0.4834.5810.1998-1.6888-0.67071.3674-0.10510.28510.7325-1.8345-0.0960.5902-0.3010.02340.39840.07180.2604-10.376428.925223.0173
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 5:30)A5 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 31:40)A31 - 40
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 41:56)A41 - 56
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 57:77)A57 - 77
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 78:111)A78 - 111
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 112:121)A112 - 121
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 122:138)A122 - 138
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 139:156)A139 - 156
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 157:177)A157 - 177

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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