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- PDB-4euc: Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase (AarCH6-E294A) in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4euc
タイトルSuccinyl-CoA:acetate CoA-transferase (AarCH6-E294A) in complex with dethiaacetyl-CoA
要素Succinyl-CoA:acetate coenzyme A transferase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


succinyl-CoA:acetate CoA-transferase / acetate catabolic process / acetate CoA-transferase activity / succinyl-CoA catabolic process / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / transferase activity
類似検索 - 分子機能
Succinate CoA transferase / Acetyl-CoA hydrolase/transferase, N-terminal / Acetyl-CoA hydrolase/transferase C-terminal domain / Acetyl-CoA hydrolase/transferase, C-terminal domain superfamily / Acetyl-CoA hydrolase/transferase / Acetyl-CoA hydrolase/transferase N-terminal domain / Acetyl-CoA hydrolase/transferase C-terminal domain / NagB/RpiA transferase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0RQ / Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Acetobacter aceti (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.644 Å
データ登録者Mullins, E.A. / Kappock, T.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Acetobacter aceti Succinyl-Coenzyme A (CoA):Acetate CoA-Transferase Reveal Specificity Determinants and Illustrate the Mechanism Used by Class I CoA-Transferases.
著者: Mullins, E.A. / Kappock, T.J.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2008
タイトル: A specialized citric acid cycle requiring succinyl-coenzyme A (CoA):acetate CoA-transferase (AarC) confers acetic acid resistance on the acidophile Acetobacter aceti
著者: Mullins, E.A. / Francois, J.A. / Kappock, T.J.
履歴
登録2012年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月7日Group: Database references
改定 1.22016年6月8日Group: Other
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinyl-CoA:acetate coenzyme A transferase
B: Succinyl-CoA:acetate coenzyme A transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,7018
ポリマ－111,9772
非ポリマー1,7256
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7670 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area31190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.490, 104.052, 120.134
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRGLYGLYchain A and (resseq 2:127 or resseq 129:199 or resseq...AA2 - 1272 - 127
12PHEPHEVALVALchain A and (resseq 2:127 or resseq 129:199 or resseq...AA129 - 199129 - 199
13ALAALAASPASPchain A and (resseq 2:127 or resseq 129:199 or resseq...AA201 - 236201 - 236
14THRTHRMETMETchain A and (resseq 2:127 or resseq 129:199 or resseq...AA238 - 309238 - 309
15ILEILEASNASNchain A and (resseq 2:127 or resseq 129:199 or resseq...AA311 - 329311 - 329
16METMETSERSERchain A and (resseq 2:127 or resseq 129:199 or resseq...AA331 - 505331 - 505
21THRTHRGLYGLYchain B and (resseq 2:127 or resseq 129:199 or resseq...BB2 - 1272 - 127
22PHEPHEVALVALchain B and (resseq 2:127 or resseq 129:199 or resseq...BB129 - 199129 - 199
23ALAALAASPASPchain B and (resseq 2:127 or resseq 129:199 or resseq...BB201 - 236201 - 236
24THRTHRMETMETchain B and (resseq 2:127 or resseq 129:199 or resseq...BB238 - 309238 - 309
25ILEILEASNASNchain B and (resseq 2:127 or resseq 129:199 or resseq...BB311 - 329311 - 329
26METMETSERSERchain B and (resseq 2:127 or resseq 129:199 or resseq...BB331 - 505331 - 505

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Succinyl-CoA:acetate coenzyme A transferase


分子量: 55988.254 Da / 分子数: 2 / 変異: E294A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acetobacter aceti (バクテリア) / 株: 1023 / 遺伝子: aarC / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3)
参照: UniProt: B3EY95, succinyl-CoA:acetate CoA-transferase
#2: 化合物 ChemComp-0RQ / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(3R)-2,2-dimethyl-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-4-[[3-oxidanylidene-3-(4-oxidanylidenepentylamino)propyl]amino]butyl] hydrogen phosphate / dethiaacetyl-coenzyme A


分子量: 791.532 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 0.9 M sodium citrate, 0.1 M imidazole, 25 mM 2-mercaptoethanol, and 10 mM dethiaacetyl-CoA, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月3日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.644→50 Å / Num. all: 29835 / Num. obs: 29835 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rsym value: 0.14 / Χ2: 1.416 / Net I/σ(I): 33.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym valueΧ2% possible all
2.65-2.714.90.7546.214410.7540.982100
2.7-2.7414.80.6387.615040.6381.03100
2.74-2.814.90.5997.914210.5991.034100
2.8-2.8514.90.5159.414980.5151.056100
2.85-2.9214.90.4341214670.4341.129100
2.92-2.9814.90.38513.114630.3851.13100
2.98-3.0614.90.3611414800.3611.138100
3.06-3.1414.90.31516.614510.3151.199100
3.14-3.2314.90.23920.914800.2391.267100
3.23-3.3414.90.2124.614890.211.355100
3.34-3.4614.90.18226.414850.1821.425100
3.46-3.614.90.15133.414670.1511.606100
3.6-3.7614.90.13336.414910.1331.66100
3.76-3.9614.80.11842.514980.1181.718100
3.96-4.2114.70.10445.714890.1041.827100
4.21-4.5314.60.09152.115140.0911.897100
4.53-4.9914.60.08452.115060.0841.811100
4.99-5.7114.50.08349.815180.0831.506100
5.71-7.1914.30.07749.815350.0771.465100
7.19-5012.90.06760.916380.0672.10799.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.644→43.531 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.63 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.68 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2256 1489 5 %RANDOM
Rwork0.1679 ---
obs0.1709 29775 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.053 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 114.82 Å2 / Biso mean: 46.5757 Å2 / Biso min: 18.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.008 Å20 Å2-0 Å2
2--7.7252 Å20 Å2
3----13.7332 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.644→43.531 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7676 0 106 205 7987
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097930
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06610744
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711174
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051422
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1873028
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3787X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
12B3787X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.045
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs
2.6443-2.72960.29661330.2221253026632663
2.7296-2.82710.2751320.2134251026422642
2.8271-2.94030.30171340.2013254726812681
2.9403-3.07410.25961330.1959253826712671
3.0741-3.23610.27991340.1878253026642664
3.2361-3.43880.25891340.1848256426982698
3.4388-3.70420.23861350.1769254626812681
3.7042-4.07670.21641350.1562258127162716
4.0767-4.6660.1711370.1368259427312731
4.666-5.87640.19771380.1531261427522752
5.8764-43.53710.19741440.1515273228762876

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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