PDB-4eu9: Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase (AarCH6-R228E) in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eu9

タイトル

Succinyl-CoA:acetate CoA-transferase (AarCH6-R228E) in complex with CoA and a covalent glutamyl-CoA thioester adduct

要素

Succinyl-CoA:acetate coenzyme A transferase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

succinyl-CoA:acetate CoA-transferase / acetate catabolic process / acetyl-CoA hydrolase activity / acetate CoA-transferase activity / succinyl-CoA catabolic process / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Acetobacter aceti (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.479 Å

データ登録者

Mullins, E.A. / Kappock, T.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Acetobacter aceti Succinyl-Coenzyme A (CoA):Acetate CoA-Transferase Reveal Specificity Determinants and Illustrate the Mechanism Used by Class I CoA-Transferases.
著者: Mullins, E.A. / Kappock, T.J.

履歴

登録	2012年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月7日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eu9.cif.gz	239.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eu9.ent.gz	187.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eu9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/4eu9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/4eu9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4eu3C 4eu4C 4eu5C 4eu6C 4eu7C 4eu8C 4euaC 4eubC 4eucC 4eudC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2nvv-2 5e5h-d 4eu3-d 4eu5-d 4eua-d 4eud-d 4eu6-d 5dw6-d 5dw4-d 3qar-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Succinyl-CoA:acetate coenzyme A transferase

B: Succinyl-CoA:acetate coenzyme A transferase

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.093, 110.099, 119.841
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Succinyl-CoA:acetate coenzyme A transferase 分子量: 56018.211 Da / 分子数: 2 / 変異: R228E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acetobacter aceti (バクテリア) / 株: 1023 / 遺伝子: aarC / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) 参照: UniProt: B3EY95, succinyl-CoA:acetate CoA-transferase
#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 0.9 M sodium citrate, 0.1 M imidazole, 25 mM 2-mercaptoethanol, and 2 mM succinyl-CoA, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月23日

放射

モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.479→50 Å / Num. all: 148137 / Num. obs: 148137 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.6 % / R_merge(I) obs: 0.079 / R_sym value: 0.079 / Χ²: 1.178 / Net I/σ(I): 38.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	Χ²	% possible all
1.48-1.51	12.9	0.574	4.4	7318	0.574	0.688	99.8
1.51-1.53	12.9	0.5	5.1	7281	0.5	0.737	99.8
1.53-1.56	13	0.428	6	7386	0.428	0.716	99.9
1.56-1.59	13.1	0.372	7	7296	0.372	0.719	100
1.59-1.63	13.1	0.333	7.7	7356	0.333	0.725	99.9
1.63-1.67	13.1	0.298	8.8	7300	0.298	0.736	99.9
1.67-1.71	13.2	0.257	10.1	7336	0.257	0.754	99.9
1.71-1.75	13.2	0.229	11.7	7360	0.229	0.781	100
1.75-1.81	13.3	0.198	13.5	7375	0.198	0.787	99.9
1.81-1.86	13.4	0.166	16.3	7372	0.166	0.826	100
1.86-1.93	13.5	0.146	20.4	7384	0.146	0.939	100
1.93-2.01	13.6	0.116	25.7	7357	0.116	0.963	100
2.01-2.1	13.7	0.109	31.3	7385	0.109	1.219	100
2.1-2.21	13.9	0.104	36.9	7393	0.104	1.594	100
2.21-2.35	13.8	0.104	40.9	7444	0.104	2.007	100
2.35-2.53	13.9	0.096	47.9	7406	0.096	2.263	100
2.53-2.79	14.2	0.086	55.3	7488	0.086	2.276	100
2.79-3.19	14.7	0.054	67.5	7509	0.054	1.566	100
3.19-4.02	14.8	0.037	87.2	7558	0.037	1.478	100
4.02-50	14.1	0.032	90.4	7833	0.032	1.357	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.479→30.998 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / SU ML: 0.14 / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1792	7386	4.99 %	RANDOM
R_work	0.1574	-	-	-
obs	0.1585	147934	99.83 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.035 Å² / k_sol: 0.373 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 67.11 Å² / B_iso mean: 15.2522 Å² / B_iso min: 4.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.2319 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.8218 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.5899 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.479→30.998 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7764	0	100	1326	9190

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8137
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.143	11064
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	1221
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1465
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.857	3143

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.4795-1.4963	0.2213	232	0.1914	4596	4828	4828	98
1.4963-1.5139	0.2494	251	0.1887	4577	4828	4828	100
1.5139-1.5324	0.2218	252	0.1783	4649	4901	4901	100
1.5324-1.5518	0.1952	254	0.1711	4645	4899	4899	100
1.5518-1.5722	0.2055	225	0.1678	4648	4873	4873	100
1.5722-1.5937	0.1926	234	0.167	4663	4897	4897	100
1.5937-1.6165	0.1977	248	0.16	4633	4881	4881	100
1.6165-1.6406	0.1997	238	0.1594	4663	4901	4901	100
1.6406-1.6662	0.2008	236	0.1624	4633	4869	4869	100
1.6662-1.6936	0.1952	262	0.1604	4684	4946	4946	100
1.6936-1.7228	0.1757	222	0.1535	4649	4871	4871	100
1.7228-1.7541	0.2069	270	0.158	4607	4877	4877	100
1.7541-1.7878	0.2038	254	0.1579	4657	4911	4911	100
1.7878-1.8243	0.1973	218	0.1629	4688	4906	4906	100
1.8243-1.864	0.1906	257	0.1602	4681	4938	4938	100
1.864-1.9073	0.1688	239	0.1524	4658	4897	4897	100
1.9073-1.955	0.1872	261	0.1572	4635	4896	4896	100
1.955-2.0079	0.1825	236	0.1592	4685	4921	4921	100
2.0079-2.0669	0.1813	253	0.1592	4674	4927	4927	100
2.0669-2.1336	0.1789	231	0.1552	4672	4903	4903	100
2.1336-2.2099	0.1742	258	0.1518	4666	4924	4924	100
2.2099-2.2983	0.1757	245	0.1583	4700	4945	4945	100
2.2983-2.4029	0.1987	252	0.1609	4700	4952	4952	100
2.4029-2.5295	0.1897	240	0.161	4683	4923	4923	100
2.5295-2.6879	0.1934	249	0.1731	4736	4985	4985	100
2.6879-2.8953	0.2075	247	0.1692	4737	4984	4984	100
2.8953-3.1864	0.1868	254	0.1651	4743	4997	4997	100
3.1864-3.6469	0.1366	250	0.1427	4767	5017	5017	100
3.6469-4.5923	0.1386	250	0.1292	4823	5073	5073	100
4.5923-31.0047	0.1622	268	0.1602	4996	5264	5264	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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