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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4eu2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 20s proteasome with novel inhibitor K-7174 | ||||||
要素 | (Proteasome component ...) x 14 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Proteasome inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Ub-specific processing proteases / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.509 Å | ||||||
データ登録者 | Kikuchi, J. / Shibayama, N. / Yamada, S. / Wada, T. / Nobuyoshi, M. / Izumi, T. / Akutsu, M. / Kano, Y. / Ohki, M. / Sugiyama, K. ...Kikuchi, J. / Shibayama, N. / Yamada, S. / Wada, T. / Nobuyoshi, M. / Izumi, T. / Akutsu, M. / Kano, Y. / Ohki, M. / Sugiyama, K. / Park, S.-Y. / Furukawa, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: Homopiperazine derivatives as a novel class of proteasome inhibitors with a unique mode of proteasome binding. 著者: Kikuchi, J. / Shibayama, N. / Yamada, S. / Wada, T. / Nobuyoshi, M. / Izumi, T. / Akutsu, M. / Kano, Y. / Sugiyama, K. / Ohki, M. / Park, S.Y. / Furukawa, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4eu2.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4eu2.ent.gz | 1008.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4eu2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4eu2_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4eu2_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4eu2_validation.xml.gz | 225.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4eu2_validation.cif.gz | 308.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/4eu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/4eu2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Proteasome component ... , 14種, 28分子 AOBPCQDRESFTGUHVIWJXKYLZM1N2
#1: タンパク質 | 分子量: 27072.818 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 10-250 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex #2: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex #3: タンパク質 | 分子量: 27050.416 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 2-245 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex #4: タンパク質 | 分子量: 26903.330 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 3-243 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex #5: タンパク質 | 分子量: 26544.789 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 9-250 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex #6: タンパク質 | 分子量: 25502.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex #7: タンパク質 | 分子量: 26892.482 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 5-248 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex #8: タンパク質 | 分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex #9: タンパク質 | 分子量: 23987.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex #10: タンパク質 | 分子量: 22496.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex #11: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex #12: タンパク質 | 分子量: 23353.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex #13: タンパク質 | 分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex #14: タンパク質 | 分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex |
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-非ポリマー , 2種, 1015分子
#15: 化合物 | ChemComp-WPI / #16: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.75 % / Mosaicity: 0.496 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 4.5% (v/v) 2-methyl1-2,4-pentanediol(MPD), 36mM magnesium acetate, 90mM MES pH7.2, 10%(v/v) DMSO, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月17日 / 詳細: Si111 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 313772 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 2.826 / Net I/σ(I): 12.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.509→45.701 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8153 / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 26.32 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 14.453 Å2 / ksol: 0.288 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 142.22 Å2 / Biso mean: 38.8345 Å2 / Biso min: 10.36 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.509→45.701 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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