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- PDB-4eu2: Crystal structure of 20s proteasome with novel inhibitor K-7174 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eu2
タイトルCrystal structure of 20s proteasome with novel inhibitor K-7174
要素(Proteasome component ...) x 14
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Proteasome inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Ub-specific processing proteases / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. ...Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WPI / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 ...Chem-WPI / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-7 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit alpha type-4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.509 Å
データ登録者Kikuchi, J. / Shibayama, N. / Yamada, S. / Wada, T. / Nobuyoshi, M. / Izumi, T. / Akutsu, M. / Kano, Y. / Ohki, M. / Sugiyama, K. ...Kikuchi, J. / Shibayama, N. / Yamada, S. / Wada, T. / Nobuyoshi, M. / Izumi, T. / Akutsu, M. / Kano, Y. / Ohki, M. / Sugiyama, K. / Park, S.-Y. / Furukawa, Y.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Homopiperazine derivatives as a novel class of proteasome inhibitors with a unique mode of proteasome binding.
著者: Kikuchi, J. / Shibayama, N. / Yamada, S. / Wada, T. / Nobuyoshi, M. / Izumi, T. / Akutsu, M. / Kano, Y. / Sugiyama, K. / Ohki, M. / Park, S.Y. / Furukawa, Y.
履歴
登録2012年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteasome component C7-alpha
B: Proteasome component Y7
C: Proteasome component Y13
D: Proteasome component PRE6
E: Proteasome component PUP2
F: Proteasome component PRE5
G: Proteasome component C1
H: Proteasome component PRE3
I: Proteasome component PUP1
J: Proteasome component PUP3
K: Proteasome component C11
L: Proteasome component PRE2
M: Proteasome component C5
N: Proteasome component PRE4
O: Proteasome component C7-alpha
P: Proteasome component Y7
Q: Proteasome component Y13
R: Proteasome component PRE6
S: Proteasome component PUP2
T: Proteasome component PRE5
U: Proteasome component C1
V: Proteasome component PRE3
W: Proteasome component PUP1
X: Proteasome component PUP3
Y: Proteasome component C11
Z: Proteasome component PRE2
1: Proteasome component C5
2: Proteasome component PRE4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)707,18834
ポリマ－703,77628
非ポリマー3,4126
水18,1771009
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120330 Å2
ΔGint-337 kcal/mol
Surface area214130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.264, 301.363, 143.964
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Proteasome component ... , 14種, 28分子 AOBPCQDRESFTGUHVIWJXKYLZM1N2

#1: タンパク質 Proteasome component C7-alpha / Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component Y8 / ...Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component Y8 / Proteinase YSCE subunit 7 / SCL1 suppressor protein


分子量: 27072.818 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 10-250 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質 Proteasome component Y7 / Macropain subunit Y7 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y7 / Proteinase YSCE subunit 7


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex
#3: タンパク質 Proteasome component Y13 / Macropain subunit Y13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y13 / Proteinase YSCE subunit 13


分子量: 27050.416 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 2-245 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex
#4: タンパク質 Proteasome component PRE6 / Macropain subunit PRE6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE6 / Proteinase YSCE subunit PRE6


分子量: 26903.330 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 3-243 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex
#5: タンパク質 Proteasome component PUP2 / Macropain subunit PUP2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP2 / Proteinase YSCE subunit PUP2


分子量: 26544.789 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 9-250 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex
#6: タンパク質 Proteasome component PRE5 / Macropain subunit PRE5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE5 / Proteinase YSCE subunit PRE5


分子量: 25502.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex
#7: タンパク質 Proteasome component C1 / Macropain subunit C1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C1 / Proteinase YSCE subunit 1


分子量: 26892.482 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 5-248 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex
#8: タンパク質 Proteasome component PRE3 / Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteinase YSCE subunit PRE3


分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質 Proteasome component PUP1 / Macropain subunit PUP1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP1 / Proteinase YSCE subunit PUP1


分子量: 23987.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex
#10: タンパク質 Proteasome component PUP3 / Macropain subunit PUP3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP3


分子量: 22496.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 Proteasome component C11 / Macropain subunit C11 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C11 / Proteinase YSCE subunit 11


分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質 Proteasome component PRE2 / Macropain subunit PRE2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE2 / Proteinase YSCE subunit PRE2


分子量: 23353.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質 Proteasome component C5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C5


分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質 Proteasome component PRE4 / Macropain subunit PRE4 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE4 / Proteinase YSCE subunit PRE4


分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex

-
非ポリマー , 2種, 1015分子

#15: 化合物
ChemComp-WPI / 1,4-bis[(4E)-5-(3,4,5-trimethoxyphenyl)pent-4-en-1-yl]-1,4-diazepane / K-7174


分子量: 568.744 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H48N2O6
#16: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1009 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.75 % / Mosaicity: 0.496 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 4.5% (v/v) 2-methyl1-2,4-pentanediol(MPD), 36mM magnesium acetate, 90mM MES pH7.2, 10%(v/v) DMSO, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MAR225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月17日 / 詳細: Si111
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 313772 / % possible obs: 88.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 2.826 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.541.90.28127880.856172.3
2.54-2.5920.273134210.877176.1
2.59-2.642.10.261138270.911177.9
2.64-2.692.10.25141731.003180
2.69-2.752.30.237143240.97181.2
2.75-2.822.40.243146011.212182.4
2.82-2.892.50.207147881.09183.5
2.89-2.962.60.197150371.121185
2.96-3.052.70.181152701.26186.3
3.05-3.152.90.162156621.396188.3
3.15-3.263.10.144160261.52190.5
3.26-3.393.40.127162801.676191.8
3.39-3.553.60.11166331.954194
3.55-3.733.80.103168762.163195.2
3.73-3.9740.088169362.376195.4
3.97-4.274.20.086171333.14196.6
4.27-4.74.40.098172845.712197.4
4.7-5.384.50.106174246.962198.1
5.38-6.784.40.077175523.391198.5
6.78-504.80.044177373.517198.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.509→45.701 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8153 / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 26.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2547 15839 5.05 %RANDOM
Rwork0.2019 ---
all0.2046 ---
obs0.2046 313700 87.6 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 14.453 Å2 / ksol: 0.288 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 142.22 Å2 / Biso mean: 38.8345 Å2 / Biso min: 10.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.3445 Å2-0 Å2-4.2365 Å2
2---16.6043 Å2-0 Å2
3---4.2597 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.509→45.701 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49446 0 246 1009 50701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00850577
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17868385
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0787663
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058805
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.28718664
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5089-2.53740.3683010.32066021632253
2.5374-2.56730.40464430.34338317876073
2.5673-2.59860.37684610.32818489895075
2.5986-2.63150.37674690.32358710917977
2.6315-2.66610.35594430.30438930937378
2.6661-2.70260.32934820.30749012949480
2.7026-2.74120.35394680.29349170963881
2.7412-2.78210.32294960.28259188968482
2.7821-2.82560.33444900.2699333982383
2.8256-2.87190.32634950.26339413990883
2.8719-2.92140.31194900.24319508999884
2.9214-2.97460.30175420.243695691011185
2.9746-3.03180.30675230.238296991022286
3.0318-3.09360.27495230.229298341035787
3.0936-3.16090.27745410.228599481048988
3.1609-3.23440.28375440.2154102201076490
3.2344-3.31520.26485070.2021103181082591
3.3152-3.40490.25475470.1911104341098192
3.4049-3.5050.25085450.1803105941113993
3.505-3.61810.23145470.1714107051125294
3.6181-3.74740.23946060.1712107971140396
3.7474-3.89730.2256180.1613107411135995
3.8973-4.07460.26200.1587108531147396
4.0746-4.28930.20515760.1499109491152597
4.2893-4.55780.19945800.1413110541163497
4.5578-4.90930.1945670.1434111211168898
4.9093-5.40260.22036000.1676111561175698
5.4026-6.18280.26915920.1981111781177098
6.1828-7.78340.21166000.167112491184999
7.7834-45.7090.17996230.1637113511197499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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