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- PDB-4esv: A New Twist on the Translocation Mechanism of Helicases from the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4esv
タイトルA New Twist on the Translocation Mechanism of Helicases from the Structure of DnaB with its Substrates
要素
  • 5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
  • 5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
  • Replicative helicase
キーワードHYDROLASE/DNA / RecA Fold / Helicase / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA 5'-3' helicase / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA helicase activity / isomerase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
DNAb Helicase; Chain A / DNAb Helicase; Chain A / DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. ...DNAb Helicase; Chain A / DNAb Helicase; Chain A / DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAFLUOROALUMINATE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Replicative DNA helicase DnaB
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Itsathitphaisarn, O. / Wing, R.A. / Eliason, W.K. / Wang, J. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: The Hexameric Helicase DnaB Adopts a Nonplanar Conformation during Translocation.
著者: Itsathitphaisarn, O. / Wing, R.A. / Eliason, W.K. / Wang, J. / Steitz, T.A.
履歴
登録2012年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.22018年6月6日Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / software / Item: _software.classification
改定 1.32024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
V: 5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
W: 5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
A: Replicative helicase
B: Replicative helicase
C: Replicative helicase
D: Replicative helicase
E: Replicative helicase
F: Replicative helicase
G: Replicative helicase
H: Replicative helicase
I: Replicative helicase
J: Replicative helicase
K: Replicative helicase
L: Replicative helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)623,32052
ポリマ－616,51714
非ポリマー6,80438
水905
1
V: 5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
A: Replicative helicase
B: Replicative helicase
C: Replicative helicase
D: Replicative helicase
E: Replicative helicase
F: Replicative helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,97330
ポリマ－308,4107
非ポリマー3,56223
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area43410 Å2
ΔGint-327 kcal/mol
Surface area104070 Å2
手法PISA
2
W: 5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
G: Replicative helicase
H: Replicative helicase
I: Replicative helicase
J: Replicative helicase
K: Replicative helicase
L: Replicative helicase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,34822
ポリマ－308,1067
非ポリマー3,24215
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)149.124, 180.321, 279.128
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
12A
22B
32C
42D
52E
62F
13G
23H
33I
43J
53L
14G
24H
34I
44J
54K
64L
15B
25C
35D
45E
55F
16G
26H
36I
46K
56J
17A
27B
37C
47D
57E
67F
18G
28H
38I
48J
58K
68L
19A
29B
39C
49D
59E
69F
110G
210H
310I
410J
510L
111A
211C
311D
411E
511F
112A
212C
312D
412E
512F

NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111AA15 - 9415 - 94
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122AA246 - 263246 - 263
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522EE246 - 263246 - 263
622FF246 - 263246 - 263
132AA265 - 272265 - 272
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532EE265 - 272265 - 272
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142AA274 - 277274 - 277
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152AA279 - 319279 - 319
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172AA366 - 387366 - 387
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572EE366 - 387366 - 387
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182AA389 - 397389 - 397
282BB389 - 397389 - 397
382CC389 - 397389 - 397
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682FF389 - 397389 - 397
113GG15 - 7715 - 77
213HH15 - 7715 - 77
313II15 - 7715 - 77
413JJ15 - 7715 - 77
513LL15 - 7715 - 77
123GG79 - 9479 - 94
223HH79 - 9479 - 94
323II79 - 9479 - 94
423JJ79 - 9479 - 94
523LL79 - 9479 - 94
114GG183 - 202183 - 202
214HH183 - 202183 - 202
314II183 - 202183 - 202
414JJ183 - 202183 - 202
514KK183 - 202183 - 202
614LL183 - 202183 - 202
124GG204 - 277204 - 277
224HH204 - 277204 - 277
324II204 - 277204 - 277
424JJ204 - 277204 - 277
524KK204 - 277204 - 277
624LL204 - 277204 - 277
134GG279 - 319279 - 319
234HH279 - 319279 - 319
334II279 - 319279 - 319
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634LL279 - 319279 - 319
144GG322 - 387322 - 387
244HH322 - 387322 - 387
344II322 - 387322 - 387
444JJ322 - 387322 - 387
544KK322 - 387322 - 387
644LL322 - 387322 - 387
154GG389 - 401389 - 401
254HH389 - 401389 - 401
354II389 - 401389 - 401
454JJ389 - 401389 - 401
554KK389 - 401389 - 401
654LL389 - 401389 - 401
164GG403 - 441403 - 441
264HH403 - 441403 - 441
364II403 - 441403 - 441
464JJ403 - 441403 - 441
564KK403 - 441403 - 441
664LL403 - 441403 - 441
115BB161 - 167161 - 167
215CC161 - 167161 - 167
315DD161 - 167161 - 167
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515FF161 - 167161 - 167
125BB171 - 172171 - 172
225CC171 - 172171 - 172
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135BB174 - 176174 - 176
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116GG161 - 176161 - 176
216HH161 - 176161 - 176
316II161 - 176161 - 176
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516JJ161 - 176161 - 176
117AA141 - 149141 - 149
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119AA101 - 103101 - 103
219BB101 - 103101 - 103
319CC101 - 103101 - 103
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129AA105 - 134105 - 134
229BB105 - 134105 - 134
329CC105 - 134105 - 134
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139AA136 - 139136 - 139
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639FF136 - 139136 - 139
1110GG101 - 103101 - 103
2110HH101 - 103101 - 103
3110II101 - 103101 - 103
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5110LL101 - 103101 - 103
1210GG105 - 134105 - 134
2210HH105 - 134105 - 134
3210II105 - 134105 - 134
4210JJ105 - 134105 - 134
5210LL105 - 134105 - 134
1310GG136 - 139136 - 139
2310HH136 - 139136 - 139
3310II136 - 139136 - 139
4310JJ136 - 139136 - 139
5310LL136 - 139136 - 139
1111AA410 - 441410 - 441
2111CC410 - 441410 - 441
3111DD410 - 441410 - 441
4111EE410 - 441410 - 441
5111FF410 - 441410 - 441
1112AA398 - 409398 - 409
2112CC398 - 409398 - 409
3112DD398 - 409398 - 409
4112EE398 - 409398 - 409
5112FF398 - 409398 - 409

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 VW

#1: DNA鎖 5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量: 4213.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量: 3909.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#3: タンパク質
Replicative helicase / DnaB


分子量: 50699.445 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: dnaB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X4C9, DNA helicase

-
非ポリマー , 5種, 43分子

#4: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物
ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.59 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 4-7% PEG3350, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C11.11
シンクロトロンNSLS X2521.2545,1.2300,1.2549
シンクロトロンNSLS X29A31.11
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2011年4月4日
ADSC QUANTUM 3153CCD2011年6月17日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Rosenbaum-Rock double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.111
21.25451
31.231
41.25491
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 124032 / Num. obs: 124032 / % possible obs: 88.3 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Χ2: 1.136 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
3.2-3.422.897461.1151,2,387.6
3.42-3.552.997551.1341,2,387.40.738
3.55-3.72397581.1421,2,387.50.547
3.72-3.91397941.1631,2,387.60.378
3.91-4.163.198081.1891,2,387.70.251
4.16-4.483.198761.1911,2,388.10.157
4.48-4.933.1100301.1941,2,389.10.116
4.93-5.643.1100981.1711,2,389.40.122
5.64-7.13102061.0691,2,389.50.094
7.1-503.1104980.9971,2,389.30.044

-
位相決定

位相決定手法: 単一同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
SHELXモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCデータ収集
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.2→47.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 64.177 / SU ML: 0.509 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.613 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 5442 5 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.245 108863 87.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 331.2 Å2 / Biso mean: 140.749 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å2-0 Å2
2--0.03 Å2-0 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→47.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39351 540 392 5 40288
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02240847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5062.00255365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.34455038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.96724.6721873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.808157319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.87415342
X-RAY DIFFRACTIONCHIRAL-CEN RESTRAINTS (A**3)0.1130.26455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02130127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.266625229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.949840660
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.329815618
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.1941214705
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A316TIGHT POSITIONAL0.030.05
1B316TIGHT POSITIONAL0.030.05
1C316TIGHT POSITIONAL0.030.05
1D316TIGHT POSITIONAL0.030.05
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1F316TIGHT POSITIONAL0.030.05
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1B279MEDIUM POSITIONAL0.040.5
1C279MEDIUM POSITIONAL0.040.5
1D279MEDIUM POSITIONAL0.040.5
1E279MEDIUM POSITIONAL0.040.5
1F279MEDIUM POSITIONAL0.030.5
1A316TIGHT THERMAL3.582.5
1B316TIGHT THERMAL3.512.5
1C316TIGHT THERMAL2.222.5
1D316TIGHT THERMAL2.862.5
1E316TIGHT THERMAL2.242.5
1F316TIGHT THERMAL3.52.5
1A279MEDIUM THERMAL3.810
1B279MEDIUM THERMAL3.4210
1C279MEDIUM THERMAL2.2310
1D279MEDIUM THERMAL2.8410
1E279MEDIUM THERMAL2.1610
1F279MEDIUM THERMAL3.2810
2A791TIGHT POSITIONAL0.050.05
2B791TIGHT POSITIONAL0.050.05
2C791TIGHT POSITIONAL0.060.05
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2F791TIGHT POSITIONAL0.040.05
2A701MEDIUM POSITIONAL0.060.5
2B701MEDIUM POSITIONAL0.060.5
2C701MEDIUM POSITIONAL0.060.5
2D701MEDIUM POSITIONAL0.050.5
2E701MEDIUM POSITIONAL0.050.5
2F701MEDIUM POSITIONAL0.050.5
2A791TIGHT THERMAL3.012.5
2B791TIGHT THERMAL5.282.5
2C791TIGHT THERMAL4.182.5
2D791TIGHT THERMAL1.982.5
2E791TIGHT THERMAL2.342.5
2F791TIGHT THERMAL1.972.5
2A701MEDIUM THERMAL2.9710
2B701MEDIUM THERMAL5.4710
2C701MEDIUM THERMAL3.8910
2D701MEDIUM THERMAL2.0610
2E701MEDIUM THERMAL2.2210
2F701MEDIUM THERMAL1.9510
3G312TIGHT POSITIONAL0.030.05
3H312TIGHT POSITIONAL0.030.05
3I312TIGHT POSITIONAL0.040.05
3J312TIGHT POSITIONAL0.030.05
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3G274MEDIUM POSITIONAL0.030.5
3H274MEDIUM POSITIONAL0.040.5
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3J274MEDIUM POSITIONAL0.040.5
3L274MEDIUM POSITIONAL0.030.5
3G312TIGHT THERMAL2.322.5
3H312TIGHT THERMAL3.112.5
3I312TIGHT THERMAL3.252.5
3J312TIGHT THERMAL2.92.5
3L312TIGHT THERMAL6.492.5
3G274MEDIUM THERMAL2.310
3H274MEDIUM THERMAL2.9810
3I274MEDIUM THERMAL3.2510
3J274MEDIUM THERMAL2.8310
3L274MEDIUM THERMAL6.4910
4G988TIGHT POSITIONAL0.020.05
4H988TIGHT POSITIONAL0.030.05
4I988TIGHT POSITIONAL0.030.05
4J988TIGHT POSITIONAL0.020.05
4K988TIGHT POSITIONAL0.020.05
4L988TIGHT POSITIONAL0.020.05
4G925MEDIUM POSITIONAL0.030.5
4H925MEDIUM POSITIONAL0.030.5
4I925MEDIUM POSITIONAL0.030.5
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4K925MEDIUM POSITIONAL0.030.5
4L925MEDIUM POSITIONAL0.030.5
4G988TIGHT THERMAL3.612.5
4H988TIGHT THERMAL3.72.5
4I988TIGHT THERMAL3.352.5
4J988TIGHT THERMAL4.052.5
4K988TIGHT THERMAL3.182.5
4L988TIGHT THERMAL1.522.5
4G925MEDIUM THERMAL3.510
4H925MEDIUM THERMAL3.7710
4I925MEDIUM THERMAL3.3810
4J925MEDIUM THERMAL3.8610
4K925MEDIUM THERMAL2.9410
4L925MEDIUM THERMAL1.6410
5B40TIGHT POSITIONAL0.030.05
5C40TIGHT POSITIONAL0.030.05
5D40TIGHT POSITIONAL0.030.05
5E40TIGHT POSITIONAL0.030.05
5F40TIGHT POSITIONAL0.040.05
5B41MEDIUM POSITIONAL0.040.5
5C41MEDIUM POSITIONAL0.030.5
5D41MEDIUM POSITIONAL0.030.5
5E41MEDIUM POSITIONAL0.030.5
5F41MEDIUM POSITIONAL0.040.5
5B40TIGHT THERMAL4.312.5
5C40TIGHT THERMAL2.162.5
5D40TIGHT THERMAL1.972.5
5E40TIGHT THERMAL4.942.5
5F40TIGHT THERMAL1.422.5
5B41MEDIUM THERMAL3.4810
5C41MEDIUM THERMAL1.6210
5D41MEDIUM THERMAL1.9810
5E41MEDIUM THERMAL4.3110
5F41MEDIUM THERMAL1.7910
6G52TIGHT POSITIONAL0.040.05
6H52TIGHT POSITIONAL0.050.05
6I52TIGHT POSITIONAL0.020.05
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6J52TIGHT POSITIONAL0.020.05
6G53MEDIUM POSITIONAL0.050.5
6H53MEDIUM POSITIONAL0.020.5
6I53MEDIUM POSITIONAL0.020.5
6K53MEDIUM POSITIONAL0.020.5
6J53MEDIUM POSITIONAL0.020.5
6G52TIGHT THERMAL1.342.5
6H52TIGHT THERMAL5.322.5
6I52TIGHT THERMAL4.822.5
6K52TIGHT THERMAL1.482.5
6J52TIGHT THERMAL1.532.5
6G53MEDIUM THERMAL1.5110
6H53MEDIUM THERMAL4.6510
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6K53MEDIUM THERMAL1.510
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7A36TIGHT POSITIONAL0.030.05
7B36TIGHT POSITIONAL0.030.05
7C36TIGHT POSITIONAL0.030.05
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7F36TIGHT POSITIONAL0.020.05
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7C39MEDIUM POSITIONAL0.030.5
7D39MEDIUM POSITIONAL0.030.5
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7F39MEDIUM POSITIONAL0.030.5
7A36TIGHT THERMAL4.562.5
7B36TIGHT THERMAL3.622.5
7C36TIGHT THERMAL1.022.5
7D36TIGHT THERMAL2.642.5
7E36TIGHT THERMAL4.142.5
7F36TIGHT THERMAL2.192.5
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7B39MEDIUM THERMAL2.6810
7C39MEDIUM THERMAL1.0110
7D39MEDIUM THERMAL2.1410
7E39MEDIUM THERMAL3.9810
7F39MEDIUM THERMAL1.810
8G36TIGHT POSITIONAL0.020.05
8H36TIGHT POSITIONAL0.030.05
8I36TIGHT POSITIONAL0.020.05
8J36TIGHT POSITIONAL0.030.05
8K36TIGHT POSITIONAL0.020.05
8L36TIGHT POSITIONAL0.020.05
8G39MEDIUM POSITIONAL0.030.5
8H39MEDIUM POSITIONAL0.030.5
8I39MEDIUM POSITIONAL0.030.5
8J39MEDIUM POSITIONAL0.030.5
8K39MEDIUM POSITIONAL0.030.5
8L39MEDIUM POSITIONAL0.030.5
8G36TIGHT THERMAL1.112.5
8H36TIGHT THERMAL1.252.5
8I36TIGHT THERMAL2.392.5
8J36TIGHT THERMAL2.412.5
8K36TIGHT THERMAL1.642.5
8L36TIGHT THERMAL2.212.5
8G39MEDIUM THERMAL1.0110
8H39MEDIUM THERMAL1.3310
8I39MEDIUM THERMAL2.210
8J39MEDIUM THERMAL2.410
8K39MEDIUM THERMAL1.5210
8L39MEDIUM THERMAL1.710
9A148TIGHT POSITIONAL0.040.05
9B148TIGHT POSITIONAL0.050.05
9C148TIGHT POSITIONAL0.040.05
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9A153MEDIUM POSITIONAL0.060.5
9B153MEDIUM POSITIONAL0.060.5
9C153MEDIUM POSITIONAL0.060.5
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9E153MEDIUM POSITIONAL0.050.5
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9C148TIGHT THERMAL2.822.5
9D148TIGHT THERMAL1.892.5
9E148TIGHT THERMAL4.972.5
9F148TIGHT THERMAL4.522.5
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9B153MEDIUM THERMAL2.9710
9C153MEDIUM THERMAL2.9910
9D153MEDIUM THERMAL1.9310
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9F153MEDIUM THERMAL4.2510
10G148TIGHT POSITIONAL0.030.05
10H148TIGHT POSITIONAL0.030.05
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10L148TIGHT POSITIONAL0.030.05
10G153MEDIUM POSITIONAL0.040.5
10H153MEDIUM POSITIONAL0.040.5
10I153MEDIUM POSITIONAL0.050.5
10J153MEDIUM POSITIONAL0.040.5
10L153MEDIUM POSITIONAL0.030.5
10G148TIGHT THERMAL2.072.5
10H148TIGHT THERMAL1.462.5
10I148TIGHT THERMAL3.882.5
10J148TIGHT THERMAL3.442.5
10L148TIGHT THERMAL4.242.5
10G153MEDIUM THERMAL1.6610
10H153MEDIUM THERMAL1.510
10I153MEDIUM THERMAL3.8210
10J153MEDIUM THERMAL3.2510
10L153MEDIUM THERMAL4.8510
11A128TIGHT POSITIONAL0.060.05
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11D128TIGHT POSITIONAL0.040.05
11E128TIGHT POSITIONAL0.040.05
11F128TIGHT POSITIONAL0.040.05
11A129MEDIUM POSITIONAL0.070.5
11C129MEDIUM POSITIONAL0.060.5
11D129MEDIUM POSITIONAL0.040.5
11E129MEDIUM POSITIONAL0.040.5
11F129MEDIUM POSITIONAL0.050.5
11A128TIGHT THERMAL2.192.5
11C128TIGHT THERMAL3.542.5
11D128TIGHT THERMAL1.622.5
11E128TIGHT THERMAL2.542.5
11F128TIGHT THERMAL2.362.5
11A129MEDIUM THERMAL2.4510
11C129MEDIUM THERMAL3.7510
11D129MEDIUM THERMAL1.8210
11E129MEDIUM THERMAL2.5210
11F129MEDIUM THERMAL2.3710
12A48TIGHT POSITIONAL0.040.05
12C48TIGHT POSITIONAL0.040.05
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12F48TIGHT POSITIONAL0.040.05
12A60MEDIUM POSITIONAL0.040.5
12C60MEDIUM POSITIONAL0.050.5
12D60MEDIUM POSITIONAL0.030.5
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12F60MEDIUM POSITIONAL0.050.5
12A48TIGHT THERMAL1.32.5
12C48TIGHT THERMAL2.812.5
12D48TIGHT THERMAL1.292.5
12E48TIGHT THERMAL1.752.5
12F48TIGHT THERMAL1.542.5
12A60MEDIUM THERMAL1.2810
12C60MEDIUM THERMAL2.4210
12D60MEDIUM THERMAL1.1810
12E60MEDIUM THERMAL1.4410
12F60MEDIUM THERMAL1.5710
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.286 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 344 -
Rwork0.354 6962 -
all-7306 -
obs--80.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.46560.7758-3.90490.2468-0.90784.8255-0.0305-0.1752-0.1992-0.17690.1525-0.04670.17760.184-0.1220.88590.02220.13070.9139-0.12140.6993122.40937.61752.014
20.28140.0172-0.31250.97260.26120.48760.04640.1752-0.02470.1073-0.0698-0.06190.0319-0.01860.02350.76450.05320.1620.826-0.11990.8917130.31761.5377.085
39.2722.5673-7.01441.0358-1.96495.3635-0.30330.33130.6031-0.29070.67810.30520.4369-0.1881-0.37480.6523-0.0047-0.04891.18670.18280.64986.30532.12278.844
43.5138-0.1277-0.99020.4001-0.13530.46740.12090.39750.28190.1535-0.0382-0.04990.01330.2202-0.08270.61840.12730.05661.07940.10910.8212130.80121.87990.345
50.7524-0.0832-0.75851.56480.41231.089-0.12230.03520.01720.0740.2083-0.1598-0.0042-0.4638-0.0860.63740.0694-0.07740.98250.13780.900656.94740.526100.462
60.908-0.2797-0.3391.1036-0.22520.45860.1115-0.0908-0.088-0.1149-0.03720.28020.02820.1978-0.07420.6986-0.0052-0.03790.8310.1230.9099103.37517.205107.998
71.34143.2083-0.19597.8504-0.58870.1126-0.30350.1526-0.5349-0.35270.4723-1.0218-0.1266-0.1189-0.16880.90560.21860.05650.4493-0.09641.34276.33281.38998.675
80.6448-0.4848-0.12081.90520.49810.1749-0.0667-0.1892-0.06360.23410.1140.2838-0.07240.0957-0.04730.7172-0.00270.13410.99250.00570.764390.13740.995126.332
92.3066-1.5598-1.25211.38551.20861.16240.3101-0.0676-0.0994-0.2317-0.0065-0.2042-0.4530.0077-0.30361.04830.22090.09860.4913-0.26381.015593.456113.41486.36
100.71490.7894-0.50621.2795-0.24150.70770.177-0.16090.14650.0261-0.02930.0114-0.2164-0.0463-0.14770.84760.01640.12930.8842-0.25620.7812101.36971.655124.949
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130.4231.11661.3232.97293.49394.3146-0.0619-0.04860.1545-0.0492-0.16790.45080.02050.08430.22981.1319-0.0860.06820.5846-0.26130.7926106.75358.61519.746
141.4545-0.6982-0.03290.39690.13561.74660.14230.43790.37760.1547-0.204-0.1330.09420.03150.06170.93180.20330.1030.89110.15280.7568133.28560.282-6.882
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173.15781.96510.63221.54360.59040.27260.28990.1808-0.1728-0.0617-0.2424-0.034-0.0066-0.1985-0.04750.66850.05230.05270.676-0.15581.169895.452-7.399-26.575
180.4583-0.29080.40890.2317-0.32860.53280.26370.10660.0347-0.2016-0.09910.11130.53780.2869-0.16471.2380.79540.10810.6680.16560.416785.13940.905-36.664
193.67381.2149-0.59360.4128-0.20810.13510.21660.08820.2690.1228-0.03370.1663-0.00410.1289-0.18290.47090.11490.24170.9888-0.04021.059139.313.804-26.781
200.426-0.513-0.49310.68550.66250.64060.18590.2625-0.0697-0.0225-0.14530.0112-0.0018-0.0763-0.04061.64331.397-0.19571.1986-0.18190.1191105.70123.249-54.807
211.5409-1.8327-0.94432.36811.59721.7966-0.0357-0.3050.05610.06320.3364-0.13640.09240.0634-0.30070.77360.17380.2210.7586-0.23681.0412173.27215.726-15.639
220.83360.1160.61050.01820.08790.53080.21880.6175-0.16680.05620.0472-0.02130.03670.3374-0.26610.98041.02350.15541.6465-0.06140.1849137.81328.841-53.078
231.903-1.8939-4.48481.9844.744711.4015-0.00930.16530.1740.1626-0.17920.02010.6503-0.31420.18841.33830.68750.56851.0346-0.0670.5514149.15337.02715.882
241.0193-0.1462-0.49730.07280.09270.75270.28910.55520.08790.0481-0.0968-0.1097-0.23550.0255-0.19230.65950.37980.22811.47220.28220.5126150.25649.376-30.437
250.0594-0.1966-0.26730.72690.98841.43740.0558-0.004-0.0735-0.05710.04680.0932-0.2281-0.0186-0.10250.6560.1118-0.00891.0379-0.04330.9397111.00350.726103.52
260.57880.3628-1.00470.2325-0.63511.83320.1985-0.14290.07170.0913-0.06360.0744-0.14610.4565-0.13491.11760.2728-0.04771.1587-0.03180.926117.95845.706-33.494
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2A183 - 441
3X-RAY DIFFRACTION2A502
4X-RAY DIFFRACTION2A161 - 170
5X-RAY DIFFRACTION3B15 - 149
6X-RAY DIFFRACTION4B183 - 441
7X-RAY DIFFRACTION4B161 - 178
8X-RAY DIFFRACTION5C15 - 149
9X-RAY DIFFRACTION6C183 - 441
10X-RAY DIFFRACTION6C501
11X-RAY DIFFRACTION6C161 - 179
12X-RAY DIFFRACTION7D15 - 149
13X-RAY DIFFRACTION8D183 - 441
14X-RAY DIFFRACTION8D501
15X-RAY DIFFRACTION8D161 - 179
16X-RAY DIFFRACTION9E15 - 149
17X-RAY DIFFRACTION10E183 - 441
18X-RAY DIFFRACTION10E501
19X-RAY DIFFRACTION10E161 - 178
20X-RAY DIFFRACTION11F15 - 149
21X-RAY DIFFRACTION12F183 - 441
22X-RAY DIFFRACTION12F501
23X-RAY DIFFRACTION12F161 - 176
24X-RAY DIFFRACTION13G15 - 149
25X-RAY DIFFRACTION14G183 - 441
26X-RAY DIFFRACTION14G501
27X-RAY DIFFRACTION15H15 - 149
28X-RAY DIFFRACTION16H183 - 441
29X-RAY DIFFRACTION16H161 - 179
30X-RAY DIFFRACTION17I15 - 149
31X-RAY DIFFRACTION18I183 - 441
32X-RAY DIFFRACTION18I501
33X-RAY DIFFRACTION18I161 - 176
34X-RAY DIFFRACTION19J15 - 149
35X-RAY DIFFRACTION20J183 - 441
36X-RAY DIFFRACTION20J501
37X-RAY DIFFRACTION20J161 - 176
38X-RAY DIFFRACTION21K15 - 149
39X-RAY DIFFRACTION22K183 - 441
40X-RAY DIFFRACTION22K501
41X-RAY DIFFRACTION22K161 - 176
42X-RAY DIFFRACTION23L15 - 149
43X-RAY DIFFRACTION24L183 - 441
44X-RAY DIFFRACTION24L501
45X-RAY DIFFRACTION24L161 - 176
46X-RAY DIFFRACTION25V1 - 13
47X-RAY DIFFRACTION26W1 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る