PDB-4ery: X-ray structure of WDR5-MLL3 Win motif peptide binary complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ery

タイトル

X-ray structure of WDR5-MLL3 Win motif peptide binary complex

要素

Histone-lysine N-methyltransferase MLL3
WD repeat-containing protein 5

キーワード

Transcription/Transferase / WD40 / Win motif / MLL3 / beta propeller / 3-10 helix / lysine methyltransferase / RbBP5 / MLL1 / Ash2L / core complex / Histone / Transcription-Transferase complex

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-lysine4 N-methyltransferase / histone H3K4 monomethyltransferase activity / histone H3K4 trimethyltransferase activity / histone H3Q5ser reader activity / histone H3K4me1 reader activity / Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Dharmarajan, V. / Lee, J.-H. / Patel, A. / Skalnik, D.G. / Cosgrove, M.S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for WDR5 interaction (Win) motif recognition in human SET1 family histone methyltransferases.
著者: Dharmarajan, V. / Lee, J.H. / Patel, A. / Skalnik, D.G. / Cosgrove, M.S.

履歴

登録	2012年4月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月11日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ery.cif.gz	88.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ery.ent.gz	63.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ery.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ery_validation.pdf.gz	418.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ery_full_validation.pdf.gz	420 KB	表示
XML形式データ	4ery_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	4ery_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/4ery ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/4ery	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4erqC 4erzC 4es0C 4esgC 4ewrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4erq-3 6tki-d 2a0q-2 3kst-2 3uvk-d 5hdp-6 3d43-2 3smr-4 5mt9-1 6nwv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (3) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (3) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: WD repeat-containing protein 5

D: Histone-lysine N-methyltransferase MLL3

35.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.530, 68.250, 87.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein 分子量: 34303.914 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-334 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIG3, WDR5 / プラスミド: pHIS paralell / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 pLysS / 参照: UniProt: P61964
#2: タンパク質・ペプチド	Histone-lysine N-methyltransferase MLL3 / Homologous to ALR protein / Lysine N-methyltransferase 2C / KMT2C / Myeloid/lymphoid or mixed- ...Homologous to ALR protein / Lysine N-methyltransferase 2C / KMT2C / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 3 分子量: 1478.693 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 4703-4716 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NEZ4, histone-lysine N-methyltransferase
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.92 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG3350, Ammonium Sulfate, HEPES, pH 7.5, hanging drop, temperature 294K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CHESS

/ ビームライン: F1 / 波長: 0.917 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.917 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 12.3 % / Av σ(I) over netI: 58.92 / 数: 1028717 / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 3.01 / D res high: 1.22 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 83725 / % possible obs: 99.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.31	50	96.2	1	0.063	5.741	12.8
2.63	3.31	100	1	0.054	3.042	14
2.3	2.63	100	1	0.062	2.956	14.1
2.09	2.3	100	1	0.074	3.503	14
1.94	2.09	100	1	0.085	3.649	13.8
1.82	1.94	100	1	0.101	3.656	13.5
1.73	1.82	100	1	0.125	3.5	13.3
1.66	1.73	100	1	0.146	3.323	13.1
1.59	1.66	100	1	0.169	3.222	12.9
1.54	1.59	100	1	0.196	3.039	12.8
1.49	1.54	100	1	0.228	2.83	12.7
1.45	1.49	100	1	0.259	2.691	12.5
1.41	1.45	100	1	0.304	2.499	12.5
1.37	1.41	100	1	0.349	2.35	12.4
1.34	1.37	100	1	0.401	2.229	12.3
1.31	1.34	100	1	0.454	2.164	12.2
1.29	1.31	99.9	1	0.503	2.102	11.8
1.26	1.29	100	1	0.561	2.058	10.4
1.24	1.26	99.5	1	0.582	1.98	8.2
1.22	1.24	96.9	1	0.634	1.846	6.3

反射

解像度: 1.22→50 Å / Num. obs: 83725 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.3 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Χ²: 3.008 / Net I/σ(I): 11.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.22-1.24	6.3	0.634	4003	1.846	1	96.9
1.24-1.26	8.2	0.582	4124	1.98	1	99.5
1.26-1.29	10.4	0.561	4147	2.058	1	100
1.29-1.31	11.8	0.503	4155	2.102	1	99.9
1.31-1.34	12.2	0.454	4166	2.164	1	100
1.34-1.37	12.3	0.401	4172	2.229	1	100
1.37-1.41	12.4	0.349	4130	2.35	1	100
1.41-1.45	12.5	0.304	4167	2.499	1	100
1.45-1.49	12.5	0.259	4175	2.691	1	100
1.49-1.54	12.7	0.228	4143	2.83	1	100
1.54-1.59	12.8	0.196	4208	3.039	1	100
1.59-1.66	12.9	0.169	4189	3.222	1	100
1.66-1.73	13.1	0.146	4168	3.323	1	100
1.73-1.82	13.3	0.125	4188	3.5	1	100
1.82-1.94	13.5	0.101	4210	3.656	1	100
1.94-2.09	13.8	0.085	4229	3.649	1	100
2.09-2.3	14	0.074	4232	3.503	1	100
2.3-2.63	14.1	0.062	4268	2.956	1	100
2.63-3.31	14	0.054	4315	3.042	1	100
3.31-50	12.8	0.063	4336	5.741	1	96.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→43.94 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.55 / FOM work R set: 0.8732 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 19.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2091	3459	4.99 %
R_work	0.1866	-	-
obs	0.1878	69347	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.962 Å² / k_sol: 0.386 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 51.67 Å² / B_iso mean: 15.3737 Å² / B_iso min: 6.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.71 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.8112 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.8988 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→43.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2457	0	0	530	2987

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2514
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.178	3409
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	385
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	424
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.128	895

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3-1.3178	0.3457	126	0.2868	2625	2751	100
1.3178-1.3366	0.3057	135	0.2687	2617	2752	100
1.3366-1.3566	0.2927	137	0.2565	2614	2751	100
1.3566-1.3778	0.2642	137	0.242	2598	2735	100
1.3778-1.4004	0.2659	138	0.2408	2609	2747	100
1.4004-1.4245	0.2954	160	0.2305	2595	2755	100
1.4245-1.4504	0.243	127	0.2116	2631	2758	100
1.4504-1.4783	0.2263	135	0.2069	2595	2730	100
1.4783-1.5085	0.2567	123	0.2041	2627	2750	100
1.5085-1.5413	0.2211	136	0.2004	2611	2747	100
1.5413-1.5772	0.2308	160	0.1902	2597	2757	100
1.5772-1.6166	0.2222	141	0.1883	2617	2758	100
1.6166-1.6603	0.2069	135	0.1886	2647	2782	100
1.6603-1.7092	0.2051	141	0.1792	2612	2753	100
1.7092-1.7644	0.1829	129	0.1828	2632	2761	100
1.7644-1.8274	0.1977	118	0.1897	2641	2759	100
1.8274-1.9006	0.1998	141	0.1798	2621	2762	100
1.9006-1.9871	0.1909	131	0.1742	2665	2796	100
1.9871-2.0918	0.1793	135	0.1773	2646	2781	100
2.0918-2.2229	0.1978	153	0.1792	2654	2807	100
2.2229-2.3945	0.2178	137	0.1798	2649	2786	100
2.3945-2.6355	0.2092	149	0.1828	2685	2834	100
2.6355-3.0167	0.2006	145	0.1831	2677	2822	100
3.0167-3.8004	0.1988	136	0.1689	2727	2863	100
3.8004-43.94	0.1897	154	0.1765	2696	2850	95

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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