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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4erh | ||||||
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タイトル | The crystal structure of OmpA domain of OmpA from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S | ||||||
![]() | Outer membrane protein A | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins / PCSEP | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / porin activity / pore complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tan, K. / Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Adkins, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins (PCSEP) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of OmpA domain of OmpA from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S 著者: Tan, K. / Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Adkins, J. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 94.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Experimentally unknown. The domain is predicted to be monomeric. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15960.742 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 205-349 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: ompA, STM14_1214 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.72 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M ammonium sulfate, 20% (w/v) PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月2日 / 詳細: mirror | |||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.52→49 Å / Num. all: 13436 / Num. obs: 13436 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 44.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 19.9 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.52→2.56 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Num. unique all: 687 / Rsym value: 0.023 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.764 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.52→48.462 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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