PDB-4erh: The crystal structure of OmpA domain of OmpA from Salmonella ente...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4erh

タイトル

The crystal structure of OmpA domain of OmpA from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S

要素

Outer membrane protein A

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins / PCSEP

機能・相同性

機能・相同性情報

: / porin activity / pore complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.52 Å

データ登録者

Tan, K. / Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Adkins, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins (PCSEP)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of OmpA domain of OmpA from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S
著者: Tan, K. / Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Adkins, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月1日	Group: Structure summary
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4erh.cif.gz	116.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4erh.ent.gz	92.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4erh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4erh_validation.pdf.gz	464.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4erh_full_validation.pdf.gz	468.2 KB	表示
XML形式データ	4erh_validation.xml.gz	14.2 KB	表示
CIF形式データ	4erh_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/4erh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/4erh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5nhx-d 2rnw-d 6v1h-d 6v16-1 6dps-4 6dps-3 2guz-3 4iqh-2 6bya-1 5eic-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC101566

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

その他のデータベース

TargetTrack: MCSG-APC101566

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Outer membrane protein A

B: Outer membrane protein A

ヘテロ分子

32.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Outer membrane protein A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Outer membrane protein A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
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3

A: Outer membrane protein A

ヘテロ分子

B: Outer membrane protein A

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
32.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	109.435, 109.435, 56.392
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

詳細

Experimentally unknown. The domain is predicted to be monomeric.

#1: タンパク質	Outer membrane protein A 分子量: 15960.742 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 205-349 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S (サルモネラ菌) 遺伝子: ompA, STM14_1214 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: D0ZTJ5, UniProt: A0A0F6AZN3*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.72 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M ammonium sulfate, 20% (w/v) PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97917, 0.97929

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月2日 / 詳細: mirror

放射

モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97917	1
2	0.97929	1

反射

解像度: 2.52→49 Å / Num. all: 13436 / Num. obs: 13436 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 44.69 Å² / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 19.9

反射シェル

解像度: 2.52→2.56 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.67 / Num. unique all: 687 / R_sym value: 0.023 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.52→48.462 Å / SU ML: 0.84 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2678	661	4.93 %	Random
R_work	0.2004	-	-	-
obs	0.2037	13403	99.81 %	-
all	-	13403	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.764 Å² / k_sol: 0.329 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.0396 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	6.0396 Å²	0 Å²
3-	-	-	-12.0792 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.52→48.462 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1965	0	33	53	2051

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2020
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.064	2720
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.273	767
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	308
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	356

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5198-2.7144	0.436	135	0.3112	2495	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7144-2.9875	0.3202	128	0.2569	2525	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9875-3.4197	0.3127	126	0.2169	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4197-4.308	0.2327	141	0.1842	2527	X-RAY DIFFRACTION	100
4.308-48.4709	0.2215	131	0.1665	2647	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8123	-2.3594	1.1134	3.3336	0.7752	2.9305	0.3658	-0.8413	0.8498	0.3935	-0.1427	-0.8469	-0.5527	0.2568	-0.6739	0.4177	0.0224	0.0066	0.4605	-0.1106	0.4358	23.1807	63.1916	17.5608
2	2.1065	-1.227	-0.1286	3.2969	-2.7785	6.6363	-0.1394	0.7646	-0.2975	-0.0632	0.3151	0.4275	-0.6573	-1.6583	-0.0992	0.3372	0.1068	-0.0819	0.6519	0.0219	0.2574	16.4871	53.5656	15.415
3	6.4	0.5771	-2.2665	4.0425	-0.5414	4.4647	0.1454	-0.1616	-0.0623	-0.0457	-0.3685	-0.1946	-0.1095	0.171	0.0046	0.2213	0.0219	-0.0799	0.2615	-0.019	0.1777	25.5572	55.4779	23.287
4	5.0815	1.4822	-0.6225	5.7701	-0.1207	7.6967	-0.1977	0.5999	-0.0816	-0.3579	0.0663	-0.4432	0.2754	0.3559	0.3213	0.3032	0.1299	0.0426	0.3009	-0.0016	0.2196	27.0807	51.4534	17.2594
5	8.9542	2.2407	-0.6356	5.4777	-1.0548	6.8375	0.5297	-0.6105	0.3113	0.5333	-0.3323	0.3193	-1.3676	-0.2404	-0.227	0.5521	0.0713	-0.0404	0.3321	-0.0211	0.2271	17.3396	63.3517	38.6089
6	5.3793	-0.1434	-2.623	2.45	-0.7369	4.4073	0.2267	-0.1592	0.3915	0.0083	-0.0566	0.1298	-0.9853	0.1909	-0.0495	0.3016	0.1703	-0.031	0.3992	0.0388	0.2855	18.6031	60.5501	27.4308
7	4.1163	-2.1647	0.2205	7.0528	-1.2205	2.1315	-0.3827	-0.2278	0.1667	-0.0301	0.3571	-0.1689	0.0346	-0.3112	0.0816	0.3669	-0.0219	0.0537	0.4696	-0.0971	0.2492	10.7743	77.804	32.3478
8	9.4058	-2.3409	5.9876	7.3415	-2.985	9.269	0.1068	-1.5119	0.0086	0.3716	-0.74	0.2502	0.8176	-0.946	0.5948	0.5445	0.0595	0.1178	0.7323	-0.0665	0.2277	8.0662	76.1572	42.3572
9	8.3022	-4.485	1.8843	5.3436	1.8541	3.2494	1.3757	-3.1559	-1.4926	1.8367	-0.2025	-0.867	-0.9663	2.0063	-1.6831	0.9904	-0.3028	-0.1259	1.2642	0.087	0.7211	24.6883	80.9677	51.4844
10	3.7312	1.4102	0.1826	2.8385	1.0461	3.6367	0.0765	0.4035	0.302	-0.1549	0.0751	-0.2545	0.4735	0.5841	-0.1389	0.2933	-0.025	-0.0014	0.3571	-0.0878	0.2802	17.9002	80.315	26.6362
11	6.4085	1.4477	-0.9499	3.8341	-1.4893	2.7598	-0.2994	0.2826	0.5492	0.9831	-0.0343	-0.2529	-0.3434	-0.5755	0.188	0.5036	-0.0281	-0.0068	0.1572	-0.0929	0.3261	13.2061	86.241	32.0299
12	5.8569	0.3079	0.1086	5.0604	1.3118	2.5751	-0.2389	-0.6326	0.3193	0.8222	-0.123	-0.6002	-0.2146	1.672	0.1168	0.5102	0.0308	-0.1077	0.5982	-0.0309	0.4626	20.4916	84.3677	35.8256
13	9.4595	0.6525	-3.0281	4.8093	0.1941	1.0019	-0.272	0.4038	-0.4001	-1.0311	-0.2045	-0.1011	0.0966	0.0882	0.286	0.5811	0.1143	0.0483	0.5075	0.14	0.3093	16.965	69.6758	14.1996
14	3.0115	1.3351	2.4095	3.375	-0.6623	6.0683	-0.2805	0.1351	-0.2995	-0.5648	0.0668	0.337	1.4102	0.2477	0.0987	0.5735	0.0909	0.0478	0.2201	-0.0262	0.2869	10.4946	71.6712	17.8687
15	0.6893	0.1591	0.4457	0.3571	-0.6643	2.9645	0.8305	-0.6675	0.2879	0.5357	-0.4738	-0.3405	1.4456	0.9644	0.0825	0.5714	0.0483	-0.1035	0.6427	-0.0473	0.4558	19.811	75.9573	37.9844

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 213:226)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 227:250)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 251:276)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 277:305)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 306:320)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 321:341)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 215:235)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 236:250)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 251:257)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 258:270)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 271:292)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 293:308)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 309:320)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 321:331)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 332:342)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)